Mam dwa pytania odnośnie cyklu Krebsa i łańcucha transportu elektronów:
1. Cykl Krebsa: sukcynylo-CoA przechodzi w bursztynian, CoA się odłącza, a w tle zachodzi fosforylacja substratowa (GDP => GTP, a następnie GTP oddaje (?) Pi ADP, a zatem ADP => ATP), i znowu mi brakuje w zasadzie jednej cząsteczki wody (jeden H do CoA, reszta (O i H) do bursztynianu. A skoro w fosf. substr. woda nie bierze udziału...
2. Transport elektronów: W uproszczeniu z jednej cząsteczki NADH powstają trzy cz. ATP. Z jednej cząsteczki FADH powstają dwie cz. ATP. (Wydaje mi się, że ma to związek z poziomem energetycznym H w FADH - tzn. jest niższy niż NADH i FADH pojawia się nijako później w tym cyklu, dostarczając energii tylko do syntezy 2 cz. ATP - ale nie jestem pewien)

Uff, trochę to skomplikowane... Dzięki Wymiennik, rysunek już jest, ale i tak mam wrażenie, że nikt nie lubi biochemii..... ;p

Patrz tutaj.
Link do zdjęcia musisz umieść pomiędzy znacznikami URL - nacisńij dwa razy ten guziczek pod treścią tematu i pomiędzy te dwa znaczniki wstaw link.


wymiennik

bursztynylo-CoA + Pi + GTP -> bursztynian + GTP + CoA

Kosztem wysokoenergetycznego wiazania tioestrowego w bursztynylo-CoA tworzy sie jedno wysokoenergetyczne wiazanie fosforanowe w formie GTP.

Zuzywane sa 2 czasteczki wody- w trakcie syntezy cytrynianu i uwodnienia fumaranu.

Calość:

acetylo-CoA + 3NAD+ + FAD + GDP + Pi + 2H2O -> 2 CO2 + 3NADH + FADH2 + GTP + 2H+ + CoA.

Najlepiej jest otworzyc Biochemie Streyra i dokladnie przeczytac caly rozdzial

Rozumiem, ale cytrynian był nijako trochę wcześniej, tzn. przed reakcją sukcynylo-CoA -> bursztynian, a fumaran uwadnia się nieco później. A chyba więcej cząsteczek wody nie bierze w cyklu kwasu cytrynowego udziału... Nie wiem też, czy się dobrze rozumiemy (pewnie piszę trochę niejasno, więc to raczej moja wina) - głownie zastanawiałem się skąd się wzięła jedna cząsteczka wodoru i jedna cząsteczka tlenu więcej w bursztynianie, niż była w sukcynylo-CoA. A oprócz tego, potrzebna jest chyba jeszcze jedna cząsteczka H dla sukcynylo-CoA - do utworzenia grupy HS.

Chyba też, muszę wyjaśnić jedną rzecz - mam roczne zaległości z chemii..... (zmienił nam się nauczyciel od chemii, a że klasa niemiecka..... oczywiście to także moja wina, ale efekt jest taki, że muszę to nadrobić i to chyba niestety w wakacje )

Co do Biochemii Streyra - to pierwszy raz o niej słyszę - ale widocznie muszę się nią bardziej zainteresować.... (do tej pory używałem głownie: podręczników szkolnych, słynnej Biologii Villeego, Berga etc. i sfatygowanego egzemplarza 'Zarysu chemii fizjologicznej' Harpera z 1983 )

Aha, i została jeszcze druga część mojego pytania (ta o łańcuchu transportu elektronów)....

Nie wiem czy masz moze zestaw zadan z omegi (B.Bukała) i tam jest to opisane tak:

Synteza ATP jest miejscem , w ktorym energia powstała dzieki roznicy stezen protonow po obu stronach wew.blony mitochondrialnej jest przetworzona na energie wiazan wysokoneregetycznych czasteczek ATP.

Synteze ATP napedzaja 3H+ przechodzace przez syntazę ATP.
w czasie utleniania:
*NADH sa syntetyzowane 2,5 czasteczki ATP
a utlenianie:
*FADH2 jest zwiazane z synteza 1,5 czasteczki ATP

Wodor z cytozolowego NADH wytworzonego w glikolizie musi zostac przetransportowany przez zwen.błone mitoch. Odbywa sie to przez specjalny system przenoszenia, w trakcie ktorego dochodzi do straty energii w ilosci 1 czast ATP na czasteczke NADH + H+. tak wiec , na jedna czasteczke cytozolowego NADH przypada tylko 1,5 czasteczki zsyntetyzowanego ATP, zamiast 2,5 czasteczki ATP, jak w przypadku, gdy kazda czasteczka NADH pochodzi z wnetrza mitochondrium, tj. z cyklu cytrynowego lub utlenienia kwasow tłuszczowych.

Cytat

Nie wiem czy masz moze zestaw zadan z omegi (B.Bukała)

Nie mam. Warto? Na razie czekam na tą nieszczęsną Biochemię Streyr'a. .

Cytat

Synteze ATP napedzaja 3H+ przechodzace przez syntazę ATP.

Trzy? Nie wiem, zawsze widzę łańcuch transportu elektronów rozpatrywany na 1 cząsteczce NADH + H+, a zatem chyba dwóch H+ (protonach) i jednocześnie oczywiście na dwóch H- (elektronach). Sorry, nie rozumiem skąd te 3H+.
.

Cytat

NADH sa syntetyzowane 2,5 czasteczki ATP

Z tego co pamiętam (zaraz jeszcze się upewnię ) to wygląda to tak:

NADH + H+ + 3ADP + 3Pi + 1/2O2 ---> NAD+ + 3ATP + H2O
Więc coś się stało z połówką cząsteczki ATP?

Cytat

FADH2 jest zwiazane z synteza 1,5 czasteczki ATP

Analogicznie do NADH reakcja jest chyba taka:

FADH2 + 2ADP + 2Pi + 1/2O2 ---> FAD + 2ATP + H2O
Znowu brakuje 0,5 ATP.

Cytat

w trakcie ktorego dochodzi do straty energii w ilosci 1 czast ATP na czasteczke NADH + H+

Owszem ale trzeba wyjaśnić, że nie wszędzie, tj. do straty energii nie dochodzi w komórkach wątroby, serca i nerek. Dlaczego? W Biologii Villee'go pisze coś o specjalnym sposobie przerzutu elektronów przez wewnętrzną błonę mitochondrium - ale nic więcej - muszę o tym jeszcze gdzieś doczytać.

Uff... ale Ty potrafisz człowieka wymęczyć .

A nie wiesz może czegoś o tej stechiometrii cyklu Krebsa? (patrz wyżej)

(wiem, że reakcje powinny być w TeX'ie, ale jakoś nie chce działać )

Mich@l napisał:

Cytat

Uff... ale Ty potrafisz człowieka wymęczyć .

Ja sie tak musiałam meczyc nocami z ta Bukała
Nigdy nie rozumiałam co ta babka ma na mysli
Ja tez tego nie rozumiem...ale wczytam sie dzis w to, i jutro napisze jeszcze co i jak:))


przemyslałam co trza- nic nie zrozumiałam
ale nic, probjemy dalej.
Dlaczego 3H+?
Łancuch oddechowy obejmuje 3 wielkie kompleksy białkowe zanurzone w wew.błonie mitochndrialnej, okreslane jako:
- dehydrogenaza NADH
- kompleks cytochromow bc1
- oksydaza cytochromowa
kazdy z nich " oddaje" H+

Cytat

Trzy? Nie wiem, zawsze widzę łańcuch transportu elektronów rozpatrywany na 1 cząsteczce NADH + H+, a zatem chyba dwóch H+ (protonach) i jednocześnie oczywiście na dwóch H- (elektronach).

masz oczywiscie racje, ale moze mowimy o innym momencie w łancuchu.
Co do tych 2,5 i 1,5 - tez mam takie reakcje jak Ty, tzn znam, ale w najnowszych cwieczeniach z omegi jest napisane " pomiary prowadzone w ostatnich latach wykazały ze w czasie utlenienia"..etc... reszte znasz

Cytat

Owszem ale trzeba wyjaśnić, że nie wszędzie, tj. do straty energii nie dochodzi w komórkach wątroby, serca i nerek. Dlaczego? W Biologii Villee'go pisze coś o specjalnym sposobie przerzutu elektronów przez wewnętrzną błonę mitochondrium - ale nic więcej - muszę o tym jeszcze gdzieś doczytać.

pisze pisze, ale to wyjatek.
A czemu z FADH 2 ATP a z NADH 3? wydaje mi sie ze Twoja teoria jest słuszna, przynajmniej z tego co wyczytałam na ten temat ( bardzo niewiele tego było) tez bym tak wnioskowała. Spr. strukture ale ona niewiele mowi- oba maja 2 P w swojej czasteczce, wiec naprawde tylko ten H jest tu jakims wytłumaczeniem.

Cytat

Łancuch oddechowy obejmuje 3 wielkie kompleksy białkowe zanurzone w wew.błonie mitochndrialnej, okreslane jako: - dehydrogenaza NADH - kompleks cytochromow bc1 - oksydaza cytochromowa kazdy z nich oddaje H+

Aha.... Rozumiem to tak, że jak 1e- jak sobie przejdzie przez łańcuch i połączy się szczęśliwie z H+ to dostarczy energii do 'przepompowania' 3 wesołych protonów przez wewn. błonę mitochondrium?

Dzięki. A jak z tą stechiometrią (brakujący tlen i wodór)? (ale ja jestem uparty)

tak mi sie wydaje.
ale głowy za to nie dam;)

tylko napisałes ze elektrony łacza sie z H, a przeciez sa przekazane na tlen czasteczkowy:
4e- + 4H+ +O2 --> 2H2O.
a moze tu cos znajdziesz ciekawego.

Cytat

tylko napisałes ze elektrony łacza sie z H, a przeciez sa przekazane na tlen czasteczkowy: 4e- + 4H+ +O2 --> 2H2O.

Ok, może wyraziłem się błędnie/niejasno - tlen jest końcowym akceptorem elektronów, które następnie łączą się z protonami --> powstaje wodór, który z tlenem tworzy . Dobrze?

Cytat

1. Cykl Krebsa: sukcynylo-CoA przechodzi w bursztynian, CoA się odłącza, a w tle zachodzi fosforylacja substratowa (GDP => GTP, a następnie GTP oddaje (?) Pi ADP, a zatem ADP => ATP), i znowu mi brakuje w zasadzie jednej cząsteczki wody (jeden H do CoA, reszta (O i H) do bursztynianu. A skoro w fosf. substr. woda nie bierze udziału...

Pozostaje nadal (ignorowane ) moje pierwsze zapytanie....