Przez cały XVI i XVII w. Francja popierała tendencje odśrodkowe w Rzeszy. Na przełomie XVII i XVIII w. trzej potężni elektorzy cesarscy zostali królami na terytoriach poza granicami Rzeszy, co znacznie wzmocniło ich pozycję. Elektor hanowerski Jerzy I odziedziczył Wielką Brytanię, elektor saski Fryderyk August I został wybrany królem w Rzeczypospolitej Obojga Narodów, a elektor brandenburski Fryderyk III przybrał sobie tytuł królewski jako władca Prus.

W II połowie XVIII w. cesarz Józef II Habsburg próbował odnowić autorytet cesarski w Rzeszy, a także powiększyć terytoria bezpośrednio podlegające cesarzowi poprzez aneksję Bawarii. W 1777 wywołało to wojnę o sukcesję bawarską między Habsburgami a Prusami i Józef musiał z tych planów zrezygnować. W 1785 pod wodzą króla pruskiego Fryderyka II powstał Związek Książęcy (Fürstenbund), konfederacja książąt przeciw próbom ograniczenia ich praw.

W 1803 Rzesza Niemiecka znalazła się pod hegemonią Napoleona Bonaparte. Kierowany przez jego sojusznika, arcybiskupa Moguncji Karola Teodora Dalberga Sejm przeprowadził liczne reformy, głównie mechaniczną likwidację większości małych państewek niemieckich. Jednocześnie przyznano nowe tytuły elektorskie (Hesja-Kassel, Wirtembergia, Badenia i Salzburg).

11 sierpnia 1804, wobec fiaska prób uzyskania od książąt Rzeszy dziedziczności tytułu cesarza rzymskiego, Franciszek II Habsburg przyjął dziedziczny tytuł cesarza Austrii, jako Franciszek I. W ten sposób formalnie powstało Cesarstwo Austrii, obejmujące wszystkie dziedziczne posiadłości Habsburgów. Była to również odpowiedź na przyjęcie przez Napoleona tytułu cesarza Francuzów. Przez niecałe dwa lata Franciszek był określany jako "cesarz Niemiec i Austrii" i jako podwójny cesarz, "dwucesarz" (niem. Doppelkaiser).

W 1805 władcy Bawarii i Wirtembergii, pod protektoratem Napoleona, przyjęli tytuły królewskie, a cesarz rzymski Franciszek II Habsburg musiał zadowolić się deklaracją, że nie opuszczają w ten sposób Rzeszy. 12 lipca 1806 większość państw niemieckich utworzyła nowy Związek Reński, którego Napoleon został oficjalnym protektorem. Poza związkiem zostały tylko Austria, Prusy, Brunszwik i Hesja-Kassel. Po bitwie pod Austerlitz w tym samym roku Franciszek II został przymuszony przez Francuzów do zrzeczenia się godności cesarza rzymskiego i króla niemieckiego (abdykował 6 sierpnia 1806) oraz zwolnienia swoich wasali ze zobowiązań wobec Cesarstwa. Dzięki temu Napoleon mógł, jako władca Francji i hegemon Niemiec, kreować się na dziedzica dawnego państwa Franków. W ten sposób Święte Cesarstwo Rzymskie Narodu Niemieckiego przestało istnieć po ponad ośmiu wiekach funkcjonowania.

Dynastie

Choć tytuł cesarza był nominalnie elekcyjny, de facto Rzeszą na przestrzeni wieków rządziły następujące, często rywalizujące między sobą dynastie: