Tablica pamiątkowa na ścianie siedziby JAK w Moskwie.

W dniach 18-20 lutego 1943 odbyło się w Moskwie drugie plenum JAK. Wielu jego członków zaczynało sobie zdawać sprawę, że Komitet stanowi dla władz jedynie tubę propagandową i narzędzie dla pozyskiwania pomocy od Zachodu. Chcieli rozszerzenia działalności organizacji oraz podnieśli sprawę kolaboracji i współudziału obywateli radzieckich na okupowanych terenach w ludobójstwie Żydów. Wyrażali zaniepokojenie gwałtownym wzrostem aktów antysemityzmu wśród ludności na wyzwolonych terenach. 2 kwietnia 1944 w moskiewskim Domu Związków Zawodowych odbył się trzeci masowy wiec JAK, na którym ponownie zaatakowano antysemityzm w ZSRR i uwypuklono tragedię narodu żydowskiego na tle innych nacji. Okres ten był już czasem wielkich zwycięstw Armii Czerwonej nad Niemcami i zauważalnego wzrostu produkcji zbrojeniowej ZSRR ponad poziom produkcji III Rzeszy. Dla ścisłego kierownictwa ZSRR zaczynało być jasne, że wojnę będzie można wygrać bez pomocy z zagranicy, wobec czego JAK przestał być potrzebny, a nawet, ze względu na swoje oświadczenia skierowane przeciwko antysemityzmowi w ZSRR, zaczynał się stawać niewygodny. Z ostateczną rozprawą poczekano jednak do końca wojny; w sierpniu 1946 JAK został podporządkowany KC partii, w listopadzie tego samego roku główny ideolog partii – Susłow skierował do przedstawicieli ścisłego kierownictwa partii memoriał w którym ocenił działanie JAK jako "syjonistyczne i nacjonalistyczne", a w styczniu 1947 wraz z Aleksandrowem zaproponował zamknięcie JAK. W marcu 1948, coraz bardziej ograniczany Komitet dobił minister bezpieczeństwa – Abakumow, który w specjalnym raporcie do kierownictwa ZSRR określał przywódców JAK jako "nacjonalistów wzorujących się na Amerykanach". Poparcie Stalina dla utworzenia państwa Izrael i wynikająca z tego potrzeba posiadania przychylności międzynarodowej społeczności żydowskiej wciąż jednak odwlekły wyrok na JAK.

21 listopada 1948 na posiedzeniu Biura Politycznego KC podjęto decyzję o rozwiązaniu Żydowskiego Komitetu Antyfaszystowskiego. Wcześniej, 12 stycznia 1948 na osobisty rozkaz Stalina został w Mińsku zamordowany przewodniczący Komitetu Salomon Michoels. W styczniu 1949 "Prawda" rozpoczęła antysemicką kampanię przeciwko tzw. "kosmopolitom", a pod koniec 1949 prawie wszyscy członkowie kierownictwa JAK znaleźli się w więzieniu. Oskarżeni o szpiegostwo na rzecz USA i nacjonalistyczną działalność antyradziecką, podani wielomiesięcznym przesłuchaniom i torturom, prawie wszyscy przyznali się do winy i oskarżyli siebie nawzajem. W kilku równoległych procesach w latach 1948-1952 osądzono w sumie 110 osób powiązanych z JAK. 10 z nich skazano na karę śmierci (wyrok wykonano w 12 sierpnia 1952), 20 – na 25 lat łagru, 3 – na 20 lat, 11 – na 15 lat, 50 – na 10 lat, 2 – na 8 lat, 1 – na 7 lat i 2 – na 5 lat. 5 osób zmarło w trakcie śledztwa. W listopadzie 1955 Sąd Najwyższy ZSRR uchylił wszystkie wyroki, nie dopatrując się w działalności oskarżonych znamion przestępstwa. Wszystkich zrehabilitowano w 1989 roku.

Najwybitniejsi przedstawiciele JAK