W latach 1942 – 1943 dowodził lotnictwem we wschodniej części Morza Śródziemnego. Pod koniec 1942 otrzymał specjalny rozkaz od Hitlera nakazujący mu przejąć odpowiedzialność za dostarczanie transportów do Afryki Północnej.

W lipcu 1943 stanął na czele nowo powstałej na Półwyspie Apenińskim Grupy Armii "C". Dowodził nią do 10 marca 1945. Po przejęciu przez Erwina Rommla dowodzenia nad jednostkami walczącymi we Włoszech w 1943 złożył dymisję. Początkowo miał zostać wysłany do Norwegii, jednak pozostał we Włoszech. W październiku na Półwyspie Apenińskim rozpoczęła się tzw. "Włoska kampania" prowadzona przez aliantów. Jako naczelny dowódca południowej części Armii miał bronić południowej części Włoch. XI Korpus przeznaczył do obrony stolicy, zaś 10 Armię (tj. XIV i LXXVI Korpusy) zgromadził pod dowództwem gen. von Vietinghoffa. Vietinghoff otrzymał od Hitlera rozkaz, aby Salerno stanowiło centrum organizacji obrony. Do jej obrony przeznaczono dwie z sześciu dywizji 10 Armii: 16 dywizję pancerną i 26 dywizję grenadierów pancernych dopiero co przybyłe do Włoch. Cztery pozostałe natomiast wymknęły się z Sycylii. Te spośród nich, które poniosły najcięższe straty, czyli: dywizję "Hermann Göring" i 15 dywizję grenadierów pancernych przeniesiono w okolice Neapolu by uzupełnić braki. 1 dywizja spadochronowa ochraniała płw. Sarentyński z portami w Bari i Tarencie.

29 dywizja grenadierów pancernych zajęła pozycję na południu, by bronić przesmyku Catrovillari. Do Kalabrii przerzucono także 26 dywizję pancerną która swoje czołgi pozostawiła w Rzymie na wypadek buntu Włochów. 16 dywizję natomiast umieszczono w okolicy Salerno. 27 lipca Kesselring wydał rozkaz o ewakuacji wojsk niemieckich z Sycylii.

3 września o godz. 5:00 5 Dywizja brytyjska i 1 Dywizja kanadyjska (ze składu 8 Armii) wylądowały na pustej plaży wolnej od min i zasieków. Przed zapadnięciem zmroku posunęły się już o 8 km w głąb ląduu. 10 września Bernard Law Montgomery dotarł z z 8 Armią brytyjską do linii Pizzo – Catanzaro i nawiązał łączność z oddziałami 5 Armii amerykańskiej. Tak przebiegała operacja pod kryptonimem "Baytown".

9 września wojska aliantów rozpoczęły przeprowadzanie desantu w okolicach Salerno. Tego też dnia trzy bataliony Rangersów zdobyły przełęcz Chiunzi, jednostki brytyjskie natomiast wylądowały w okolicach przełęczy Vietri. Oddziały Kesselringa błyskawicznie rozpoczęły działania bojowe, dzięki czemu Brytyjczycy zatrzymali się na przełęczy La Molina. Tego też dnia włoska marynarka wojenna przyłączyła się do aliantów i wspólnymi siłami zajęto Tarent (operacja "Slapstick"). 11 września Kesselring wydał rozkaz by LXXVI Korpus pancerny powstrzymujący 8 Armię brytyjską skierował część swych oddziałów na Salerno. 17 września Vietinghoff zgodnie z niemiecką tradycją, by zamaskować swój odwrót, ponownie zaatakował. Zatem oddziały Kesselringa rozpoczęły przemieszczać się ku północy kraju.

Ich pierwszym etapem miało być Volturno – leżące ok. 30 km na północ od Neapolu. Kesselring chciał, by utrzymano się tam aż do połowy października. I tak 1 dnia tego miesiąca 5 Armia Amerykańska zdobyła Neapol i tylko dzięki ogromnemu trudowi w dwa dni później Niemcom udało się odbić wyspę Kos. 8 listopada Brytyjska 8 Armia przeprawiła się przez Sangro i do 30 listopada nie udało jej się ruszyć dalej. W następnym miesiącu (dn. 2 – 6) Amerykańska 5 Armia zdobyła Monte Camino, a 10 grudnia Brytyjska 8 Armia przekraczyła rzekę Moro. Błotniste drogi i podmokły teren opóźniły znacznie marsz 5 Armii. 12 października nocą alianci podjęli atak na Volturno. Po zażartych walkach w chłodzie i deszczu 5 Armia zatrzymała się 17 października, zaś 5 listopada jej oddziały ruszyły ponownie na Linię Bernhardta. Jednak zajadły opór Niemców zmusił aliantów do wycofania się. 21 listopada Kesselring otrzymał nominację na stanowisko Naczelnego Dowódcy Sił Osi we Włoszech.

2 grudnia brytyjski X Korpus i amerykański II korpus podjęły atak na teren broniony przez 15 dywizję pancerną. Bitwę tę nazwano "Rain Coat" gdyż polegała na uciążliwych wspinaczkach żołnierzy. Dopiero 3 grudnia Brytyjczykom udało się osiągnąć szczyt Monte Camino. Od strony Adriatyku sytuacja też nie wyglądała najlepiej. Po zdobyciu Bari, Brindisi i lotniska w Foggii (27. 09) 8 Armia dotarła do rzeki Sangro. 28 grudnia jej oddziałom udaje się sforsować Moro. Pod koniec 1943 Montgomery został zmuszony przekazać dowództwo nad 8 Armią Oliviero'wi Leese. Alianci wkraczając do Neapolu zastali jedynie ruiny portu.

17 stycznia rozpoczął się pierwszy etap bitwy pod Monte Cassino, która została zapoczątkowana o godz. 21.00 przez brytyjską 5 dywizję piechoty. W ten to sposób rozpoczął się szereg walk zakończonych operacją "Diadem", czyli zdobyciem klasztoru przez oddziały polskie. 20 stycznia Amerykański II Korpus rozpoczął natarcie na Cassino przez rzekę Rapido.

15–22 marca dywizje hinduska i nowozelandzka zdobyły część Cassino, a w dwa miesiące później (11-14 maja) Francuzi okrążyli miasteczko od południowej strony. Ostatecznie klasztor został zdobyty wskutek natarcia polskiego II Korpusu 18 maja 1944. Po klęsce Niemców pod Monte Cassino oddziały niemieckie wycofały się spod Rzymu w kierunku Linii Gustawa znajdującej się w Toskanii. Kesselring planował przesunięcie sił głównych na Linię Hitlera. Tak więc w okresie od 19 do 23 maja na odcinku Aquina – Pontecorvo niemiecką obronę organizowały 19 i 90 dywizja grenadierów pancernych, które miały powstrzymać napór brytyjskiej 8 Armii. Natarcie francuskich oddziałów miała natomiast powstrzymywać 26 dywizja piechoty oraz część 305 dywizji piechoty. 23 maja oddziały francuskie rozpoczęły atak, co spowodowało odwrót niemieckich oddziałów do przełęczy Frosinone - Ceccano. 29 maja po ciężkich walkach Ceccano zostało zdobyte przez 2 marokańską dywizję piechoty. Do walki z Francuzami i Amerykanami Kesselring rzucił wszystkie rezerwy. Zatem 25 maja niemiecka 10 Armia znalazła się w bardzo złym położeniu, gdyż oddziały kanadyjskie przekroczyły rzekę Melf, a tyły niemieckiej Armii zostały zagrożone przez Francuzów. Tymczasem w nocy z 25 na 26 maja Amerykanie przełamali niemiecką obronę zajmując Cisternę. Jeszcze tego samego dnia Hitler rozkazał wycofanie sił oddziałom 10 i 14 Armii na Linię Cezara. Wobec ataku wojsk amerykańskich Kesselring wydał rozkaz o ewakuacji wojsk niemieckich z Rzymu. 2 czerwca wojska niemieckie wycofały się z Rzymu, choć zgodę na to otrzymał od Hitlera dopiero następnego dnia. W nocy z 4 na 5 czerwca wojska alianckie zajęły Rzym (na 5 dni przed czwartą rocznicą wypowiedzenia wojny przez Mussoliniego). W ostatniej chwili jednak Kesselring wysunął wobec Watykanu propozycję zakomunikowania aliantom, iż Rzym został uznany za miasto otwarte.

Podczas zimy 1943/44 działania włoskiej partyzantki wzmogły się. Kesselring podjął zbrodniczą decyzję o drastycznych krokach odwetowych (rozstrzelaniu zakładników). W nocy z 23 na 24 marca 1944 uczestniczył w masakrze 335 zakładników w Rzymie. 2 września 1944 padła Piza, a następnie Rimini i w ten sposób przełamano Linię Gotów. Kesselringowi udało się zatrzymać aliancką ofensywę tylko ze względu na obfite opady śniegu i deszczu. Na skutek odniesienia poważnych obrażeń podczas wypadku Kesselring został ewakuowany do Niemiec.

Front zachodni

21 marca 1945 objął stanowisko po von Rundstedzie i od tego momentu był Głównodowodzącym Zachodniego Frontu III Rzeszy. Z powodu całkowitego chaosu oraz dużej przewagi wroga nie był w stanie zatrzymać zachodnich aliantów. Do niewoli dostał się 5 maja 1945.