Okres walki zbrojnej z reżimem gen. Francisco Franco można podzielić na kilka okresów. Pierwszy zaraz po zakończeniu wojny domowej w 1939 roku, do końca lat 40. XX wieku. W tym okresie anarchiści byli jedną z części antyfrankistowskiej partyzantki (uczestniczyły w niej również ugrupowania lewicowo-republikańskie i komunistyczne), działania zbrojne toczyły się tylko w Hiszpanii. Okres ten charakteryzuje duża liczba ofiar, zarówno po stronie partyzantów, jak i służb bezpieczeństwa frankistowskiej Hiszpanii, walki przybierały często charakter regularnych bitew.

Po wycofaniu się w 1948 roku oddziałów większości ugrupowań komunistycznych i lewicowych oraz podpisaniu w 1949 roku sojuszu gospodarczo-wojskowego pomiędzy Hiszpanią i USA, charakter działań zbrojnej opozycji anarchistycznej zmienił się. Unikały one starć z wojskiem koncentrując się na atakach na konkretne osoby, napadach rabunkowych itp.

Ostatnim okresem są lata 1960-1975 kiedy rozpoczyna działalność druga generacja zbrojnego ruchu oporu, w dużej części niebiorąca udziału w wojnie domowej. Ten okres charakteryzuje "umiędzynarodowienie", zarówno składu grup, jak i zakresu działań. Ataki tych grup miały charakter terrorystyczny - większość z nich odbywała się poza granicami Hiszpanii i dotyczyła celów pośrednich (ataki na lotniska, biura turystyczne, ambasady itp.), jednocześnie zmniejsza się również liczba ofiar. Ataki anarchistów w tym okresie miały raczej charakter propagandowy, a grupy dbały o to aby w ich atakach nikt nie został ranny. Jednocześnie "poluzowaniu" ulega frankistowska dyktatura i mniejsza liczba opozycjonistów otrzymuje wyroki śmierci. Po śmierci Franco, anarchiści rozpoczynają odbudowę organizacji anarchistycznych w kraju, nie podejmując już działań zbrojnych na szerszą skalę.

Po wojnie domowej

Pierwszego kwietnia 1939 roku generał Francisco Franco ogłosił oficjalnie koniec wojny domowej w Hiszpanii. Anarchiści, stanowili w tej wojnie jedną z głównych pod względem liczebności sił, które przeciwstawiły się zamachowi stanu przeciwników Republiki. Po zakończeniu działań wojennych odbudowanie ruchu anarchistycznego w istniejącej przed wojną formie nie było możliwe. Jak podaje Franciszek Ryszka: " 'Pierwsza' Hiszpania, która poparła rebelię, miała zapewniony spokój i poczucie bezpieczeństwa. Ta 'druga', zastraszona i zdemoralizowana, zadręczała się swoją polityczną przeszłością. Najbliżsi przebywali w więzieniu, na wygnaniu bądź ponieśli śmierć w obronie Republiki. Tym Hiszpanom pozostało milczeć lub zaprzeć się swoich politycznych przekonań. Niektórzy wybierali służalczą postawę wobec reżimu w nadziei na spokój i oddalenie zagrożenia".

Hiszpańscy anarchiści we Francji

 Osobny artykuł: Hiszpański Sojusz Demokratyczny.

Członkowie jednego z oddziałów partyzanckich we Francji.

W ostatnim okresie i po zakończeniu wojny domowej ok. 500 tysięcy osób opuściło Hiszpanię. Duża część trafiła do obozów internowania we Francji. Po zajęciu Francji przez III Rzeszę w 1940 roku, uczestniczyli oni w działaniach francuskiego ruchu oporu. Kiedy Niemcy przegrały wojnę, uchodźcy hiszpańscy rozpoczęli przygotowania do powrotu z bronią w ręku do swojego kraju. Panowało powszechne przekonanie, że alianci po zwycięstwie nad Trzecią Rzeszą zajmą się teraz rządami generała Franco. Już w czasie trwania walk we Francji, anarchiści ukrywali broń i organizowali infrastrukturę mającą później służyć walce z Franco. Dzięki temu ruch oporu w Hiszpanii zyskał po wojnie duże wsparcie.

Hiszpański Ruch Wolnościowy

 Osobny artykuł: Hiszpański Ruch Wolnościowy.

W 1939 roku z inicjatywy anarchistów którzy opuścili Hiszpanię powstał Hiszpański Ruch Wolnościowy (MLE). W jego skład weszły trzy główne organizacje anarchistyczne: Krajowa Konfederacja Pracy (CNT), Iberyjska Federacja Anarchistyczna i Iberyjska Federacja Młodzieży Wolnościowej (FIJL). Celem organizacji było koordynowanie działań hiszpańskich organizacji anarchistycznych, które działały w podziemiu w samej Hiszpanii, jak i w ośrodkach emigracyjnych na całym świecie.

Anarchistyczna partyzantka w Hiszpanii 1939-1944

Mimo represji, do jakich dochodziło pod rządami Franco, część anarchistów, którzy z przymusu bądź własnego wyboru pozostali na terenie Hiszpanii, przeszło do działań partyzanckich przeciwko nowym władzom. W działaniach partyzanckich, poza anarchistami, brały udział wszystkie ugrupowania, które w czasie wojny domowej walczyły po stronie republiki.

Pierwsze anarchistyczne grupy partyzantów powstały już w ostatniej fazie wojny domowej, na terenach wiejskich. Pierwsza faza walki partyzanckiej trwała od 1939 do 1944 roku. W tym okresie prowadzone były akcje przeciwko mniejszym oddziałom frankistowskim oraz działania tzw. małego sabotażu. Walki partyzanckie toczyły się głównie w rejonie Kordowy i Grenady. Najbardziej znane grupy anarchistyczne z tego okręgu to: grupa braci Munoz zwana "Los Jubiles"; oddział Francisco Corchado Silveira (pseudonim Lazarete); grupa pod dowództwem Perico (pseudonim El Manco); grupa dowodzona przez człowieka o przydomku El Portugue; grupa Manuela Fernandeza (pseudonim El Secretario) oraz Norberta Castillejo Jimenez’a (pseudonim Veneno).

Inne rejony aktywnej działalności to: Andaluzja (wokół górskich rejonów Ronda, Betica i Penibetica); od wyżyn Cuenca aż do granicy francuskiej przy Huesca wraz z dużą częścią prowincji Teruel; Sierra de Guadarrama i Sierra de Gredos otaczające prowincje Madryt, Segowia i Ávila, wzgórza wokół Toledo; Sierra Morena poprzez prowincję Badajoz, od Huelva na zachodzie do Albacete na wschodzie; Nawarra oraz Asturia.

W operacjach przeciwko partyzantom brały udział regularne jednostki wojskowe oraz hiszpańska Legia Cudzoziemska, przy wsparciu artylerii i lotnictwa. Brak danych co do strat partyzantów w tym okresie, natomiast straty Guardia Civil w walce z partyzantką mogły sięgnąć nawet tysiąca zabitych.

Próba inwazji na Hiszpanię

Największa operacja partyzancka została przeprowadzona w październiku 1944 roku z inicjatywy liderów Hiszpańskiej Partii Komunistycznej (KPH) we Francji. Podjęli oni próbę bezpośredniej inwazji przez Pireneje, powołania na terenie Hiszpanii tymczasowego rządu republikańskiego oraz wywołania w kraju powszechnego powstania przeciwko Franco. Obiektem ataku miała być dolina Arán. W akcji wzięło udział ponad 4 tys. partyzantów, większość należała do KPH, ale duży odsetek stanowili również anarchiści i niezależni socjaliści. 3 października dokonano pierwszego ataku na dolinę, drugi nastąpił cztery dni później. Wojska hiszpańskie były doskonale zorientowane w zamiarach atakujących i dobrze przygotowały się do obrony. W walkach zginęło ponad 200 partyzantów, a 800 wzięto do niewoli, przy symbolicznych stratach armii Franco. W tej sytuacji Santiago Carillo, lider KPH, odwołał oddziały z powrotem do Francji. Część z partyzantów nie usłuchała rozkazu i przeniknęła w głąb Hiszpanii, wzmacniając istniejące tam oddziały lub działając na własną rękę.