Od momentu ogłoszenia, raport dotyczący śmierci arcyksięcia wzbudzał liczne wątpliwości. Krótko przed śmiercią w 1989 roku, ostatnia cesarzowa Austrii Zyta Maria Parmeńska udzieliła wywiadu, w którym wyjawiła, że arcyksiążę i jego kochanka zostali zamordowani w ramach spisku mającego na celu uciszyć Rudolfa, po tym jak odmówił udziału w zorganizowanej przez francuski rząd, próbie obalenia swego konserwatywnego i popierającego Niemcy ojca. Gdyby plan ów się powiódł, arcyksiążę objął by tron jako cesarz liberalny i profrancuski. Zyta nie podała żadnych dowodów potwierdzających autentyczność tej rewelacji, toteż za życia cesarzowej nie potraktowano jej poważnie.

W grudniu 1992 szczątki Marii Vetsery zostały wykradzione z cmentarza w Heiligenkreuz. Po ich odnalezieniu policja, chcąc mieć pewność, że należały one do baronówny, zleciła w Wiedeńskim Instytucie Medycznym ich przebadanie. Jakkolwiek potwierdzono ich tożsamość, zauważono, że czaszka nie nosi śladów po kuli, która to, wystrzelona przez Rudolfa, miała być przyczyną śmierci Marii. Zasugerowano natomiast, że Vetsera prawdopodobnie została zabita przez serię silnych ciosów w głowę.

W związku z poczynionym odkryciem przeanalizowano raport z sekcji zwłok arcyksięcia, sporządzony tuż po jego śmierci. Jego ciało nosiło ślady walki.

Alfred Wysocki w swojej książce wydanej w 1956 roku pisał

Arcyksiążę Rudolf w 1889 roku.

Oficjalny raport państwowy mówi, że Rudolf zastrzelił Vetserę na jej własną prośbę, nim sam popełnił samobójstwo. Nie wspomina ani słowem o poczynionych po latach odkryciach, co budzi oczywiste przypuszczenia – coś starano się ukryć. Nigdy jednak nie będzie możliwe dokładne ustalenie tego, co naprawdę wydarzyło się w Mayerling. Zgromadzone fakty pozwalają jedynie na snucie skrajnie różnych teorii.

Jedna z nich głosi, że nim doszło do tragedii, między arcyksięciem a jego kochanką doszło do kłótni, a w jej następstwie do szamotaniny. Rudolf zabił Marię, zaś następnie sam pozbawił się życia. Innymi słowy – raczej klasyczne morderstwo niż podwójne samobójstwo kochanków.

Druga teoria zakłada uczestnictwo osób trzecich, owych tajemniczych morderców, którzy pobili Vetserę na śmierć, a następcę tronu zastrzelili. Ta ostatnia teoria nosi znamiona podobieństwa do tej głoszonej przez cesarzową Zytę, która jako żona następcy tronu w latach 1914-1916, była w bliskich stosunkach z ojcem Rudolfa, Franciszkiem Józefem. Od niego właśnie i od innych ważnych na dworze austro-węgierskim osobistości mogła zaczerpnąć informacji dotyczących jednego z najbardziej tajemniczych epizodów w europejskiej historii.

Należy jednak pamiętać, jak ciężkie dla cesarza musiało być ogłoszenie, że jego jedyny syn i następca wraz ze swą kochanką popełnił samobójstwo w stanie "braku psychicznej równowagi". Jeśli istniałyby jakiekolwiek dowody na to, że para została zamordowana, z pewnością podano by taką (znacznie wygodniejszą dla monarchii) wersję wydarzeń do publicznej wiadomości. O ileż lepiej wyglądałaby w oczach współczesnych postać arcyksięcia – niewinnej ofiary spisku, niż arcyksięcia „szalonego” mordercy i samobójcy. Z drugiej strony zagraniczne źródła owego spisku mogłyby negatywnie wpłynąć na relacje zagraniczne Austrii.

Skutki śmierci arcyksięcia Rudolfa

Śmierć jedynego syna sprawiła, że małżeństwo Franciszka Józefa i Elżbiety zupełnie się rozpadło. Cesarzowa pogrążyła się w melancholii i wyrzutach sumienia, które nie opuściły jej aż do śmierci. Nowym następcą tronu austro-węgierskiego został arcyksiążę Karol Ludwik, brat cesarza, a po jego śmierci Franciszek Ferdynand. Zabójstwo tego ostatniego w 1914 pociągnęło za sobą łańcuch zdarzeń zwany I wojną światową.

Gdyby Rudolf przeżył jeszcze kilka lat, nie jest wykluczone, że Franciszek Józef byłby abdykował, zostawiając tron cesarzowi znacznie bardziej liberalnemu i przeciwnemu sojuszowi z Niemcami.

Stało się jednak inaczej. Tron otrzymał bratanek Franciszka Józefa, Karol I Habsburg – ostatni cesarz austriacki. I choć starał się, nie był w stanie zakończyć wojny i uchronić monarchii Habsburgów przed jej ostatecznym upadkiem.