Beilstein - baza danych - Polski Serwis Naukowy

Ten artykuł dotyczy bazy danych. Zapoznaj się również z: inne znaczenia tego słowa.

Elsevier - jedno z największych światowych wydawnictw naukowych. Publikuje głównie książki z dziedziny nauk medycznych i ścisłych. Jest ono częścią grupy Reed Elsevier i ma siedzibę w Amsterdamie oraz filie w USA, Wielkiej Brytanii i kilku innych krajach.

Temperatura wrzenia – temperatura, przy której ciśnienie powstającej pary (ciśnienie pary nasyconej) jest równe ciśnieniu otoczenia, skutkiem czego parowanie następuje w całej objętości cieczy (dana substancja wrze).

Od 2007 roku baza ta jest prowadzona jako wspólne przedsięwzięcie Beilstein Institut i Elsevier MDL. W roku 2008 baza zawierała informacje o 10 853 341 związkach organicznych, 22 416 526 reakcjach i 2 198 835 cytowanych publikacjach Do 1960 r. gromadzone dane pochodziły z Beilstein Handbook, a od 1960 z ok. 100 najważniejszych chemicznych czasopism naukowych. Dla związków opublikowanych po 1980 r. dostępne są rozszerzone dane bibliograficzne (z tytułem i streszczeniem pracy oraz bezpośrednim odnośnikiem do pełnej publikacji on-line). Baza zajmuje ok. 38 GB i jest aktualizowana kwartalnie. Baza ta jest też sprzężona z bazą Gmelin, która zawiera podobne informacje o ok. 400 000 związków nieorganicznych. Informacja o każdym ze związków składa się z:

Lepkość (tarcie wewnętrzne) - właściwość płynów i plastycznych ciał stałych charakteryzująca ich opór wewnętrzny przeciw płynięciu. Lepkością nie jest opór przeciw płynięciu powstający na granicy płynu i ścianek naczynia. Lepkość jest jedną z najważniejszych cech płynów (cieczy i gazów).

Środowisko przyrodnicze (środowisko naturalne) − całokształt ożywionych i nieożywionych składników przyrody, ściśle ze sobą powiązanych, otaczających organizmy żywe. W jego ramach można wyróżnić następujące elementy:

wzoru strukturalnego,

wszelkich nazw zwyczajowych i handlowych,

spisu wszystkich reakcji z udziałem danego związku dostępnych w bazie,

dokładnego opisu własności fizycznych (jak temperatura topnienia, wrzenia, gęstość, lepkość, przenikalność elektryczna, rozpuszczalność, dane spektralne itd.),

opisu aktywności farmakologicznej, toksyczności i wpływu na środowisko naturalne,

zbioru odnośników do publikacji i patentów opisujących wszelkie syntezy i reakcje z udziałem danego związku.

Baza ta jest dostępna w formie „wyciągów na żądanie” sporządzanych przez pracowników MDL (np. zbiór wszystkich terpenów o własnościach rakotwórczych) oraz bezpośrednio przez internet.

Terpeny, izoprenoidy – organiczne związki chemiczne o wzorze ogólnym (C5H8)n, których główny szkielet powstał w wyniku połączenia pięciowęglowych jednostek izoprenowych, dlatego liczba atomów węgla w cząsteczce terpenów jest podzielna przez pięć. Izoprenoidy zaliczane są w większości do lipidów.

Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego (ICM) to instytucja, której zadaniem jest udostępnianie wielkich mocy obliczeniowych środowisku naukowemu z całej Polski. Jest to także instytucja spełniająca funkcję głównego, krajowego centrum udostępniania kilkunastu naukowych baz danych.

Korzystanie przez internet jest płatne (roczny abonament) i wymaga zainstalowania specjalnego oprogramowania o nazwie CrossFire Beilstein Commander, łączącego się z serwerami bazy danych poprzez specjalnie opracowany protokół XFire. Oprogramowanie to umożliwia szukanie związków chemicznych po wzorze strukturalnym, nazwie systematycznej, handlowej i zwyczajowej, a także wyszukiwanie związków o zadanych właściwościach. Istnieje też możliwość wyszukiwania całych grup związków spełniających określone kryteria (np: posiadających określony fragment strukturalny) oraz reakcji z udziałem wielu substratów i produktów.

Produkt reakcji to cząsteczka związku chemicznego lub inne indywidum chemiczne (np. jon), wynik reakcji chemicznej. Często jest to pojęcie umowne - gdy produkty i substraty reakcji są w stanie równowagi chemicznej, w skali mikroskopowej reakcja biegnie w obie strony z jednakową szybkością.

Aktywność biologiczna lub farmakologiczna - termin określający wpływ danej substancji bądź leku na organizm pacjenta (w szczególności człowieka), związany między innymi z własnościami fizykochemicznymi, chemicznymi i przestrzennymi tej substancji. Substancje uważa się za aktywną biologicznie, jeżeli wywiera jakikolwiek wpływ na tkankę pacjenta, natomiast aktywność farmakologiczna wskazuje zwykle na korzystne skutki substancji i możliwość jej zastosowania jako leku.

Baza ta zawiera informację o znaczniej mniejszej liczbie związków chemicznych niż serwis Chemical Abstracts, prowadzony przez American Chemical Society, ale o każdym umieszczonym w bazie związku posiada niemal komplet dostępnych aktualnie informacji, które otrzymuje się w wygodnej do zastosowania formie. Baza gromadzi informacje tylko o tych związkach chemicznych, które zostały wyodrębnione w formie czystej, a ich struktura została dobrze potwierdzona badaniami spektroskopowymi.

Beilstein (pełna nazwa: Beilstein CrossFire plus Reactions) – chemiczna baza danych gromadząca dane o wszelkich organicznych związkach chemicznych. Powstała ona na bazie tworzonego od 1779 r. Beilstein Handbook of Organic Chemistry i innych wydawnictw niemieckiego Beilstein Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften.

American Chemical Society (ACS) to stowarzyszenie naukowe z siedzibą w Stanach Zjednoczonych, zajmujące się wspieraniem różnych zagadnień związanych z chemią i naukami pokrewnymi. Stowarzyszenie zostało założone w 1876 roku na Uniwersytecie Nowojorskim. Aktualnie ACS liczy 160000 członków rozproszonych po całym świecie. ACS wydaje czasopismo Journal of the American Chemical Society.

W Polsce bazę tę prenumeruje kilkanaście wydziałów chemicznych politechnik i uniwersytetów oraz niektóre instytuty PAN, a jej dostarczaniem zajmuje się Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego (ICM) Uniwersytetu Warszawskiego.

W styczniu 2009 firma Elsevier uruchomiła nową bazę danych Reaxys, łączącą bazy Beilstein, Gmelin i Patent Chemistry Database. Dostęp do bazy Reaxys możliwy jest za pomocą standardowej przeglądarki internetowej po zakupieniu licencji. Od roku 2011 dostęp do baz danych poprzez CrossFire został zakończony.

Toksyczność – cecha związków chemicznych polegająca na powodowaniu zaburzeń funkcji lub śmierci komórek żywych, organów lub organizmów po dostaniu się w ich pobliże. Związki chemiczne mogą wywierać działanie toksyczne po wchłonięciu ich drogą doustną, oddechową lub po absorpcji przez skórę.

PubChem jest bazą danych związków chemicznych zarządzaną przez National Center for Biotechnology Information (NCBI). który jest częścią National Library of Medicine, który z kolei jest instytucją podległą United States National Institutes of Health (NIH). Baza powstała w 2004 r., a jej głównym celem jest przyspieszenie badań nad lekami poprzez obniżenie kosztów dostępu do informacji.

Zobacz też

PubChem

Przypisy

CrossFire Beilstein Database 2008/03, Elsevier Information Systems GmbH.
Informator: zakres i zasady udostępniania zasobów licencyjnych Wirtualnej Biblioteki Nauki w roku 2011. ICM. [dostęp 2011-02-05].
Norah Xiao. Electronic Resources Reviews: Reaxys. „Issues in Science and Technology Librarianship”. 58 (Summer), 2009.

Linki zewnętrzne

Archiwalna strona CrossFire Beilstein (ang.). Elsevier Information Systems GmbH, lipiec 2008. [dostęp 2011-02-06].

Oficjalna strona Reaxys (ang.). [dostęp 2011-02-04].

Informacja ICM o bazie Beilstein (pol.). [dostęp 2011-02-04].