Pomimo rzekomej suwerenności Birma znajdowała się w rzeczywistości pod japońską okupacją. Japończycy zachowywali się brutalnie i bezwzględnie, dlatego dosyć szybko większość Birmańczyków zaczęła występować przeciwko nim. Te nastroje dotarły także do BNA. Pomiędzy 1943 i 1944 r. dowództwo BNA nawiązało kontakty z różnymi birmańskimi grupami politycznymi, w tym też komunistami. W sierpniu 1944 r. Aung San wygłosił przemówienie radiowe, w którym nazwał niepodległość Birmy fikcją. Jednakże Japończycy nie zareagowali, gdyż bardzo cenili jego działalność. Jeszcze w tym samym miesiącu Aung San założył wraz z komunistami tajną Organizację Antyfaszystowską (AFO), w której przejął kierownictwo wojskowe. Za jej pośrednictwem, a także zorganizowanej przez Japończyków Arakańskiej Armii Obronnej, dotarł do ruchu oporu sponsorowanego przez Brytyjczyków pod nazwą Force 136. W grudniu 1944 r. AFO przekazało aliantom gotowość zorganizowania na obszarze Birmy powstania antyjapońskiego, w którym wzięłaby udział również BNA. Brytyjczycy nie byli jednak pewni, czy jest to dogodny moment do takiego wystąpienia i czy należy wesprzeć BNA. Pomimo tego na pocz. 1945 r. doszło w centralnej Birmie do pierwszych wystąpień przeciwko wycofującym się Japończykom. Pod koniec marca został zajęty Rangun opuszczony bez walki przez wojska japońskie. 27 marca otwarcie zadeklarowano wojnę z Japończykami. Oddziały BNA zostały rozmieszczone po całym terytorium kraju z podziałem na 10 regionalnych dowództw. Przejęły one kontrolę nad większością głównych miast. Część z nich otrzymywała broń i jedzenie od wojsk alianckich działających w ich rejonie. Brytyjczycy mieli niejednoznaczny stosunek do Aung Sana. W odróżnieniu od Force 136 niektórzy wyżsi oficerowie z Dowództwa Azji Południowo-Wschodniej chcieli go postawić przed sądem za jego przedwojenną działalność; był wówczas ścigany listem gończym.

Współpraca z aliantami

15 maja 1945 r. Aung San spotkał się z gen. Williamem Slimem, dowódcą brytyjskiej 14 Armii działającej na obszarze Birmy. Miał nadzieję, że BNA zostanie zaakceptowana jako formacja aliancka. Jednakże Brytyjczycy zażądali rozbrojenia jej na obszarach, gdzie walki się już zakończyły. Oficerowie i zołnierze mieli wejść w skład nowej Armii Birmańskiej podległej Brytyjczykom. Aung San zgodził się na to i BNA została przemianowana na Patriotyczne Oddziały Birmańskie. Wzięły one jeszcze udział w wyzwalaniu południowej części Birmy. Po zakończeniu działań wojennych część b. żołnierzy BNA wstąpiło do stworzonej przez Aung Sana milicji podporządkowanej partii PVO.

Istnieją kontrowersje co do liczebności Birmańskiej Armii Narodowej. W literaturze spotyka się informacje mówiące, że liczyła ona ok. 50 tys. ludzi w 1943 r. i aż ok. 200 tys. ludzi pod koniec swojego istnienia. Najprawdopodobniej nigdy jednak nie osiągnęła takiego stanu liczebnego, a powyższe liczby istniały tylko na papierze.