Pewnego dnia, w połowie września 1485 roku do miasteczka Villa-Réal przybywa Wielki Inkwizytor Tomas Torquemada w otoczeniu dwustu kilkudziesięciu konnych i pieszych familiantów, czyli domowników Świętej Inkwizycji (zwanych również Milicją Chrystusową). Wywołuje to popłoch mieszkańców. Na jego powitanie nie zjawiają się przedstawiciele władz świeckich (don Juan de Santangel - dowódca, kapitan królewskiego regimentu, który jednak posyła Manuela de Hojeda. Wysłannik usprawiedliwia swego dowódcę chorobą). Podczas modlitwy w kościele Torquemada spotyka młodego dominikanina Diego Manente, przeciwnika Inkwizycji, który zwierza mu się ze swoich poglądów, myśląc, że rozmawia z kimś innym. Gdy zakonnik dowiaduje się, z kim ma do czynienia podnosi rękę, by zabić inkwizytora, lecz powstrzymuje się. Spotkanie kończy się wspólną modlitwą. Wielki Inkwizytor widząc bunt i szczerość Diega decyduje się wziąć go pod opiekę i nazajutrz niespodziewanie mianuje go swoim osobistym sekretarzem. Po objęciu tego stanowiska Diego przechodzi gwałtowną przemianę – z przeciwnika staje się fanatycznym zwolennikiem Inkwizycji. Zostaje mianowany sekretarzem Królewskiej Rady Inkwizycyjnej. Ofiarami jego donosów staje się dowódca straży Torquemady - don Carlos de Sigura (umiera pijąc zatrute przez Torquemadę wino) oraz przyjaciel Diego - Mateo Dara, któremu w przeszłości zwierzał się z wrogości wobec inkwizycji.

Wielki Inkwizytor wymusza na Królu i Królowej dekret nakazujący wygnanie Żydów z Hiszpanii. W pierwszej połowie września 1498 ciężko chory Torquemada udaje się w podróż z Valladolid do Toledo w celu wyjaśnienia zawiłej sprawy Lorenza Pereza - rzemieślnika postawionego przed Święty Trybunał, oskarżonego o szerzenie bezbożnych poglądów: jakoby nie istniały diabły, demony oraz inne istoty piekielne, które zdolne by były zawładnąć ludzką duszą. Po pierwszym przesłuchaniu zmieniono powód oskarżenia na posądzenie o: szerzenie poglądów niezgodnych z naukami Kościoła oraz o udział w rozległym spisku, który miał za cel obalenie przemocą istniejących w Królestwie Katolickim władz świeckich i duchownych. Perez przyznał się do winy oraz ujawnił listę osób, które wciągnął do rzekomego spisku. Wśród nazwisk znalazł się ksiądz Miguel Vargas - proboszcz i spowiednik oskarżonego, który wykazał przy pełnieniu swych obowiązków karygodną ślepotę i na nie mniejsze potępienie zasługujący zanik czujności wobec zła. W święto Józefa Perez oraz jego rzekomi wspólnicy zostali żywcem spaleni na stosie.

Kilkanaście lat później, podczas podróży do Ávila śmiertelnie chorym Torquemadą zaczynają targać wątpliwości. Dochodzi do wniosku, że system terroru, który stworzył, jest szkodliwy i zaczyna tracić wiarę w Boga. 16 września 1498 roku w San Vicente nakazuje Diego ogłoszenie edyktu o rozwiązaniu Świętej Inkwizycji i przywróceniu praw jej ofiarom. Diego jednak odmawia wykonania polecenia, a po śmierci przełożonego uderza go w twarz.