Mimo żądań, by Elżbieta została skazana na śmierć, jej siostra Maria sprzeciwiała się, argumentując, że byłby to niebezpieczny precedens dla królobójstwa. Maria podejmowała próby, aby Parlament wykluczył jej siostrę z dziedziczenia, skończyły się one jednak niepowodzeniem. Po dwóch miesiącach pobytu w Tower Elżbieta została zwolniona, ale dalej przebywała w areszcie domowym pod nadzorem Henryka Bedingfielda. Pod koniec roku, kiedy krążyły plotki o rzekomej ciąży Marii, pozwolono na rozkaz Filipa wrócić Elżbiecie na dwór królewski.

Filip wolał, żeby Elżbieta dziedziczyła tron po Marii, niż by miała to być Maria I Stuart, następna w linii dziedziczenia, a to ze względu na otwartą wrogość szkockiej królowej wobec Hiszpanii, spowodowaną sojuszem z Francją. Maria Tudor jako gorliwa katoliczka naznaczyła swoje rządy prześladowaniem protestantów, których uznawała za heretyków. Wśród swych wrogów zaczęła być znana jako "Krwawa Maria" (ang. Bloody Mary). Maria usiłowała przekonać swą młodszą przyrodnią siostrę, aby przeszła na katolicyzm. Elżbieta jednak udawała swoją wierność wobec niej i nadal pozostawała przy swojej wierze, zgodnie z własnym sumieniem i ambicją.

Wczesny okres panowania

W 1558 r. umiera Maria I Tudor, Zgodnie z porządkiem dziedziczenia Elżbieta obejmuje tron. W czasie jej pochodu ulicami stolicy była serdecznie witana przez zwykłych mieszkańców Londynu, którzy na jej cześć tworzyli przedstawienia i sztuki opiewające jej piękno i grację. Została koronowana 15 stycznia 1559 r. Przy ceremonii nie był jednak obecny arcybiskup Canterbury, bo ostatnio piastujący to stanowisko Reginald Pole, będący katolikiem, zmarł kilka godzin po królowej Marii. Ponieważ ważniejsi w hierarchii biskupi odmawiali zgody na uczestniczenie w koronacji (Elżbieta była niegodna dziedziczenia zarówno według prawa kanonicznego, jak i państwowego, a na jej niekorzyść przemawiało także to, że była protestantką), wyznaczono do koronacji mniej ważnego biskupa Carlisle Owena Oglethorpe'a, który zgodził się ją namaścić na królową.

Podpis Elżbiety

Komunia została udzielona przez osobistego kapelana królowej, aby uniknąć katolickich przepisów. Koronacja Elżbiety była ostatnią, która odbyła się wg obrządku łacińskiego; następne były już prowadzone w obrządku anglikańskim. Później Elżbieta przekonała osobistego kapelana jej matki, Matthew Parkera, aby został arcybiskupem Canterbury.

Jednym z najważniejszych problemów w okresie panowania młodej królowej były sprawy religijne. Na początku polegała ona w tym zakresie głównie na Sir Williamie Cecilu, późniejszym lordzie Burghley. Jej pierwszym krokiem było wydanie Act of Uniformity (Aktu o ujednoliceniu), który nakazywał używanie protestanckiego modlitewnika we wszystkich kościołach (ang. The Book of Common Prayer). Papieska kontrola nad kościołem angielskim przywrócona przez Marię została przez Elżbietę zniesiona. Królowa przyjęła tytuł "Najwyższego Zwierzchnika Kościoła Anglii" (ang. Supreme Governor of the Church of England) zamiast "Najwyższej Głowy", głównie ze względu na powszechny pogląd, że kobieta nie może być głową kościoła. Tzw. Akt o Zwierzchnictwie (ang. Act of Supremacy) wydany w 1559 r. nakazywał wszystkim urzędnikom złożenie przysięgi uznającej królewską zwierzchność nad kościołem, w przeciwnym razie mogło im grozić oskarżenie o zdradę i egzekucja.

Wielu biskupów było zrażonych do nowej polityki religijnej. Zostali więc oni usunięci ze swoich urzędów i zastąpieni ludźmi wiernymi królowej. Elżbieta wybrała także nową Radę Przyboczną, usuwając z niej przy okazji wszystkich katolików. Głównymi doradcami Elżbiety byli Sir William Cecil jako sekretarz stanu i Sir Nicholas Bacon jako strażnik Wielkiej Pieczęci (ang. Lord Keeper of the Great Seal).

Zmniejszone zostały także wpływy hiszpańskie w Anglii. Elżbieta pozostawała także niezależna od Filipa II w polityce zagranicznej. Jej mottem była zasada "Anglia dla Anglików" (ang. England for the English). Na takiej polityce cierpiała oczywiście Irlandia podbita przez Anglię. Znalazło się tam wielu przeciwników nowej królowej, jako że wyspa była prawie w całości katolicka.

Małżeństwo

Obraz przedstawiający tańczącą Elżbietę I z Robertem Dudleyem

Wkrótce po wstąpieniu na tron, dworzanie rozpoczęli dyskusję, kogo poślubi Elżbieta. Powodów, dla których miałaby pozostać w stanie panieńskim, było wiele. Przede wszystkim do instytucji małżeństwa zraził ją jej ojciec Henryk, który traktował swoje kolejne żony bardzo instrumentalnie. Także śmierć matki nie była dla niej miłym wspomnieniem.

Ówczesna plotka głosiła, że bała się ukazywać swoje ciało, co miało być spowodowane jej ułomnością fizyczną po przebytej ospie. Niektórzy twierdzili, że jej wybrankiem jest Robert Dudley, 1. hrabia Leicester, w którym miała być zakochana i miała mieć romans, a na przeszkodzie stała jedynie jej Rada Przyboczna, która sprzeciwiała się małżeństwu z Robertem Dudleyem. Było to spowodowane udziałem rodziny Dudleya w sprawie Jane Grey i tajemniczą śmiercią jego pierwszej żony.

Kilku historyków sugerowało, że Elżbieta była osobą homoseksualną, ale nigdy nie zostało to potwierdzone. Możliwe jest także, że nie chciała się dzielić władzą z nikim innym. Przyszły mąż mógł być także przedmiotem rozgrywek pomiędzy poszczególnymi frakcjami istniejącymi na dworze. Panieństwo królowej okazało się atutem w dyplomacji: swą rękę mogła wykorzystywać jako przynętę dla innych władców europejskich. Małżeństwo mogło także kosztować ją utratę niezależności oraz uszczuplić jej stan majątkowy. Mimo wielu starających się (m.in. Filip II – król Hiszpanii, Iwan IV Groźny – car Rosji czy Duc d'Alençon – książę francuski) Elżbieta nigdy nie zdecydowała się na zawarcie związku małżeńskiego.