Historia Japonii obejmuje historię wysp Japońskich i Japończyków, od czasów starożytnych regionu do najnowszej historii Japonii jako państwa. Po ostatniej epoce lodowcowej (około 12 tys. lat p.n.e.), bogaty ekosystem archipelagu japońskiego sprzyja rozwojowi człowieka. Najwcześniejsze znane ceramiki powstały w okresie Jōmon. Pierwsza znana pisemna wzmianka o Japonii zawarta jest w zbiorze ksiąg Dwadzieścia cztery historie pochodzących z I wieku naszej ery. Główne kulturowe i religijne wpływy pochodziły z kultury Chin.

Pierwsza stała stolica została założona w okresie Nara w 710 roku n.e., miasto Heijō-kyō stało się centrum sztuki, religii i kultury buddyjskiej. Obecna Rodzina Cesarska ma swoje początki ok. 700 roku n.e., ale do 1868 roku (z kilkoma wyjątkami) miała wysoki autorytet, ale mało władzy. Do roku ok. 1550 władza polityczna została podzielona na kilkaset jednostek lokalnych, czy "domen" kontrolowanych przez lokalnych "daimyō" (panów feudalnych), z których każdy miał do dyspozycji własne oddziały samurajów. Ieyasu Tokugawa objął władzę w 1600 roku, rozdał ziemię swoim zwolennikom oraz założył "bakufu" (rząd wojskowy) w Edo (dzisiejsze Tokio). "Okres Tokugawa" cechował dobrobyt i pokój, ale Japonia celowo zamknęła się przed misjami chrześcijańskimi i niemalże całkowicie odcięła kontakt ze światem zewnętrznym. W 1860 rozpoczął się okres Meiji, a nowe kierownictwo krajowe systematycznie skończyło z feudalizmem i przekształciło izolowany i zacofany kraj wyspiarski w światową potęgę, uważnie śledząc modele zachodnie. Demokracja była problematyczna, z uwagi na pozycję armii, ponieważ w latach 1920 i 1930 potężne wojsko w Japonii było półautonomiczne. Począwszy od 1931 roku Japonia prowadziła wojny z Chinami, Stanami Zjednoczonymi (1941) ale została pokonana w Wojnie na Pacyfiku przez Stany Zjednoczone i Wielką Brytanię.

Po wojnie okupowana przez USA i pozbawiona zdobyczy terytorialnych, Japonia przekształciła się w pokojowy i demokratyczny naród. Po 1950 roku kraj cieszył się bardzo wysokim tempem wzrostu gospodarczego, i stał się światową potęga gospodarczą, zwłaszcza w produkcji samochodów i elektroniki. Od lat dziewięćdziesiątych poważnym problem jest stagnacja gospodarcza, a także trzęsienie ziemi i tsunami w 2011 roku powodujące masowe alokacje.

Okres Yayoi 4000 r p.n.e - ok 250 r.n.e.

Około 400 r p.n.e lub nawet 10000 lat p.n.e. do Japonii dotarli przybysze z kontynentu różniący się cechami fizycznymi oraz kulturą. Okres migracji był ściśle związany z ryżem, który w tym okresie był stosowany na większą skalę. Pierwszą wzmianką na temat Japonii pochodzi z chińskiej kroniki Han Shu. Japonia była określana jako kraj Wa.Co najmniej od 57 r. Panująca cesarzowa Himiko złożyła hołd lenny władcom Chin. Po krótkim okresie panowania władcy który nie podporządkował sobie ludu władzę objęła krewna Himiko Iyo.

Okres Kofun (250-710)

Historia Japonii rozpoczęła się od kształtowania się państwa w okresie Kofun, kiedy powstała w Yamato (obecna prefektura Nara) federacja plemienna stopniowo rozszerzająca kontrolę nad innymi rodami. W ciągu V i VI w. wykształcił się centralny ośrodek władzy – dwór cesarski, ustabilizowała się dynastia cesarska, kontynuowana w linii męskiej (kobiety z rodu cesarskiego też mogły obejmować tron) do dziś. W połowie VI w. kręgi dworskie zapoznały się z buddyzmem. Jednocześnie z nowymi ideami przybyli z kontynentu do Japonii wykształceni mnisi, rzemieślnicy, a wraz z nimi nowe techniki i technologie. Początkowo wpływ buddyzmu był ograniczony, doprowadził jednak do ostrych konfliktów wśród starszyzny rodowej. W 587, w wyniku walki zbrojnej, zwyciężyło stronnictwo popierające buddyzm z rodem Soga na czele. Ród ten, m.in. dzięki sukcesom gospodarczym oraz mariażom swoich kobiet z władcami, zdominował scenę polityczną.

W 645 przewrót pałacowy (taika-no kaishin 'przewrót wielkiej zmiany') zakończył dominację rodu Soga. Jego przywódcy: książę następca tronu Naka no Ōe oraz Kamatari z rodu Nakatomi, zapoczątkowali reformy zmierzające do obalenia autonomii rodów i wprowadzenia absolutnej władzy cesarskiej. Ziemia miała być własnością cesarza, który wydzielał z niej działki uprawne. Podatki z przydziałów były przeznaczone na utrzymanie rodziny cesarskiej, dworu i administracji. Reformy trwały kilkadziesiąt lat ze względu na trudności natury zewnętrznej (wojna z koreańskim państwem Silla) i wewnętrzne (opór niektórych wielkich rodów, walki z Ajnami na północy kraju).

Dzieło Naka no Ōe, który objął tron w 668 jako cesarz Tenji, kontynuował jego brat cesarz Temmu, a po nim cesarzowa Jitō. Ukoronowaniem ich działalności było ogłoszenie w 702 kodeksu ery Taihō. Uważa się, że od tego czasu Japonia stała się scentralizowanym państwem opartym na normach prawnych (ritsuryō-kokka).

Okres Nara (710-794)

Posąg Buddy w Tōdai-ji w Nara

W 710 dwór i administracja przeniosły się do nowej stolicy Nary (formalnie: Heijō-kyō). Jednym z najważniejszych zadań władzy było wprowadzenie przepisów kodeksu w taki sposób, aby nie wywołać zamieszek. Przejście od ustroju rodowego do absolutnych rządów cesarskich i ukształtowanie nowych organów władzy wymagało zabiegów dyplomatycznych i organizacyjnych. Kodeks ery Taihō, wzorowany na chińskim ustawodawstwie, wprowadzał instytucje i obyczaje, jakich w Japonii dotychczas nie było. Zarządzanie krajem miało odbywać się przez organy administracji centralnej i prowincjonalnej. Najważniejszym organem stała się Wielka Rada Stanu (Daijō-kan lub Dajō-kan), składająca się z ministrów (daijin), radców cesarskich, kontrolerów i archiwariuszy. Najwyższą pozycję zajmował pierwszy minister (daijō-daijin). Jego powoływanie jednak nie było konieczne. Zawsze byli mianowani ministrowie: lewej strony (sadaijin) i prawej strony (udaijin). Sprawowali oni nadzór nad 8 resortami (po 4 każdy). Sprawami związanymi z shintō zajmował się, cieszący się nieco mniejszym autorytetem, Urząd do spraw Kultu (Jingi-kan).

W prowincjach najwyższą władzę sprawowali gubernatorzy (kokushi, kami) i zarządcy powiatowi (gunji). Wsie podzielono na jednostki równe 50 domostwom. Na ich czele stali sołtysi (sato'osa), odpowiedzialni za pilnowanie spisów ludności, przydzielanie ziemi, ściąganie podatków.

Podatki do skarbu państwa płynęły z państwowych ziem (kokugaryo). Z czasem jednak coraz liczniejsze nadania ziem z immunitetem fiskalnym (za urzędy i rangi dworskie, za zasługi, jako szczególne wyróżnienie, darowizny dla świątyń) zaczęły uszczuplać wpływy skarbu państwa. Aby zapełnić luki budżetowe, rząd podnosił podatki. Wielu chłopów, aby uniknąć nadmiernych obciążeń, uciekało do prowincji, gdzie nie docierał poborca podatkowy. Pustoszały więc niektóre ziemie. Ten proces stopniowo nasilał się, prowadząc do osłabienia władzy cesarskiej.

Okres Nara jest zwany stuleciem kobiet, gdyż z 7 panujących wówczas władców 4 były kobietami. Zwany jest również rządami buddyzmu, ponieważ buddyjska żarliwość kilkorga władców doprowadziła do rozkwitu buddyjskich instytucji, a kler osiągnął wielkie (niekiedy destrukcyjne) wpływy na ośrodek władzy. Stało się to jedną z przyczyn przeniesienia w 784 stolicy do Nagaoki. W Japonii utrwalił się prymat arystokracji dworskiej. W okresie Nara najsilniej w całych dziejach Japonii zaznaczyły się chińskie (także koreańskie) wpływy na dworze i wśród arystokracji, co przyczyniło się m.in. do rozkwitu architektury i sztuki sakralnej.

Okres Heian (794-1185)

Heian-kyō

Shikibu Murasaki, autorka Genji monogatari na obrazie malarza z XVII w., Mitsuoki Tosa

W 794 ośrodek władzy cesarskiej został przeniesiony z Nagaoki do nowo zbudowanej stolicy o nazwie Heian-kyō. Instytucje, które powstały w okresie Nara funkcjonowały nadal, ale stawało się coraz bardziej widoczne, że formy władzy, wzorowane na chińskich, nie przystają do japońskiej rzeczywistości. W kodeksowych urzędach zapanował bezwład. Obok już istniejących powoływano więc pozakodeksowe, co powodowało stały rozrost aparatu urzędniczego utrzymywanego z podatków.

Mnożenie się ziem z immunitetem fiskalnym sprawiało, że chłopi, szukając ulg podatkowych, przyłączali swoje działki do takich posiadłości na zasadzie komendacji. W rezultacie powstawały wielkie latyfundia (shōen) nie przynoszące dochodu skarbowi państwa. Posiadaczami największych i najbogatszych latyfundiów stały się z czasem buddyjskie klasztory i świątynie oraz chramy shintoistyczne, a także wielkie rody arystokracji dworskiej (np. Fujiwara).

Dzięki potędze ekonomicznej oraz więzom powinowactwa z domem cesarskim, Fujiwarowie zdobyli dominację na dworze i w administracji. Od IX w. zaczęła się kształtować nowa forma rządów o nazwie sekkan-seiji ("rządy regentów i kanclerzy"). Fujiwarowie, dziadkowie po kądzieli panującego, pełnili funkcje regentów (sesshō), dopóki cesarze byli niepełnoletni, a także kanclerzy (kampaku) – przy dorosłych władcach. Pełniąc te funkcje, nie pozwalali cesarzom podejmować samodzielnych decyzji. Dojście do władzy cesarza Go-Sanjō (panował w latach 1059-1062), nie zrodzonego przez córkę z rodu Fujiwarów, zachwiało dominacją rodu. Ostateczne jej osłabienie nastąpiło w XI w., kiedy zaczęła wyrastać ekonomiczna potęga cesarzy po abdykacji. Powstał system insei, który tłumaczony jest jako "rządy cesarzy po abdykacji" lub "rządy z klasztoru", gdyż tam właśnie byli cesarze znajdowali schronienie.

Panujący cesarze nie mogli uczestniczyć w rywalizacji o zdobywanie ziemi, ponieważ zgodnie z założeniem ustrojowym byli właścicielami wszystkich ziem, a wielkie latyfundia powstawały teoretycznie za ich przyzwoleniem. Cesarz, który abdykował, stawał się osobą prywatną i mógł powiększać swój prywatny majątek. Od schyłku XI w. majątki byłych cesarzy rosły. Abdykacje stały się coraz częstsze, oprócz dworu panującego funkcjonował dwór lub dwory (do pięciu) "cesarzy insei". System osłabł u schyłku XII w. w czasie wielkich wstrząsów politycznych, które naruszyły, a następnie zburzyły stary porządek.

Okres Heian był najdłuższym w historii Japonii okresem względnego pokoju (400 lat). Sporadyczne bunty wybuchały daleko od stolicy i były tłumione przez siły lokalne. Od połowy okresu prowincje stały się widownią zaciekłych walk o ziemię i majątki. Przy bezsilności kodeksowych władz cywilnych, lokalni posiadacze musieli zbrojnie chronić swoje dobra lub zbrojnie je poszerzać. Prowincje się militaryzowały; zaczęły powstawać ugrupowania oparte na systemie wasalnym bushidan ("zespoły wojowników"). Przystępowali do nich drobni posiadacze, szukając oparcia u potężniejszych opiekunów. Były to zaczątki kształtowania się i krzepnięcia klasy wojowników (samurajów). Najsilniejsze ugrupowania powstały pod egidą rodów Minamoto i Taira. Ich przedstawiciele pojawiali się w stolicy, gdzie byli angażowani przez dwór panującego i dwory cesarzy po abdykacji. W 1156 w stolicy doszło do zbrojnych zamieszek (Hogen-no ran, "zamieszki ery Hogen"). Powodem były spory wokół kwestii następstwa tronu. W dwóch antagonistycznych stronnictwach (panującego Go-Shirakawy i Sutoku po abdykacji) znaleźli się przedstawiciele rodów Minamoto i Taira. Zwyciężyło stronnictwo Go-Shirakawy, którego oddziałami dowodził Kiyomori Taira. Jego kariera dworska wzbudziła zawiść pomijanego w awansach Yoshitomo Minamoto, co doprowadziło do następnego wybuchu. W 9. miesiącu księżycowym 1159 (styczeń 1160) doszło do walk armii Minamotów i Tairów. Minamotowie ponieśli druzgocącą klęskę i ród Taira wszedł w okres świetności. W 1167 Kiyomori został pierwszym ministrem. Wysokie stanowiska w rządzie i w prowincjach powierzał swoim synom i licznym krewnym. Syn jego córki Antoku, która została żoną panującego władcy, w 1180 został cesarzem (w wieku 2 lat).

Dyktatorskie rządy Kiyomoriego trwały do 1180, kiedy do wojny z Tairami przystąpił Yoritomo Minamoto. Wywiązała się, trwająca 5 lat, wojna obu klanów zwana Gempei-kassen. Stopniowo przewagę zdobywał Yoritomo. W 1183 dwór, uciekając przed zagrażającą stolicy armią, skrył się na Sikoku, a następnie na wyspie Hikoshima w pobliżu Kiusiu. W zatoce Dannoura w (1185) rozegrała się ostatnia bitwa zwaśnionych stron. Ród Taira poniósł klęskę, a nieletni cesarz Antoku utonął w morzu.

W rezultacie wojny Gempei skończył się prymat arystokracji dworskiej. Zachowała ona jednak prestiż w kulturze. W tej dziedzinie bowiem osiągnięcia okresu Heian nie mają sobie równych. Przetrwały na dworze i wśród arystokracji przez następne okresy, chociaż nastąpił prymat wojowników.