W 1802 r. wpływy rosyjskie w Mołdawii nabrały cech formalnych − zgodnie z zawartym wówczas układem turecko-rosyjskim, oba mocarstwa miały akceptować wybór hospodarów na siedmioletnie kadencje. Już w 1806 r. Turcy odwołując hospodara naruszyły ten układ co wywołało kolejną wojnę. W jej trakcie doszło do kolejnej okupacji rosyjskiej Mołdawii (1810-1812), a na mocy kończącego wojnę traktatu Mołdawia została podzielona: jej wschodnią część (Besarabię, między Dniestrem i Prutem) włączono w granice Rosji; przywrócono też moc traktatu o wspólnym obsadzaniu tronu.

W 1821 r. na Wołoszczyźnie wybuchło powstanie Tudora Vladimirescu, a do Mołdawii wkroczyły z Rosji oddziały zorganizowane przez greckie stowarzyszenie Filiki Eteria z Aleksandrem Ipsilantim na czele. Miały one zamiar wzniecić ogólnobałkańskie powstanie przeciwko panowaniu tureckiemu. Doszło jednak do konfliktu Ipsilantiego z Vladimirescu, działalność tego ostatniego spowodowała także odżegnanie się Rosji od poparcia dla ruchu antytureckiego. Obaj zostali pokonani przez Turków, a księstwa naddunajskie spacyfikowane. Jednak od tego momentu sułtani zrezygnowali z obsadzania tronów hospodarskich przez Greków fanariockich i zaczęli nań powoływać przedstawicieli miejscowych rodów bojarskich.

Aleksander Jan Cuza

Nowi władcy rozpoczęli starania o modernizację kraju, napotykając jednak często opór warstw uprzywilejowanych. Coraz aktywniejsi zaczęli także być zwolennicy zjednoczenia Mołdawii i Wołoszczyzny w jedno państwo. Pewne reformy przeprowadził carski generał Kisielew zarządzający Mołdawią podczas kolejnej rosyjskiej okupacji (1828-1834). Podczas Wiosny Ludów emigracja rumuńska w zachodniej Europie próbowała wywołać powstanie w Mołdawii, jednak działania opozycji zostały stłumione. Ponownie też wkroczyły wtedy do Mołdawii wojska rosyjskie, które pozostawały tam dwa lata; kolejny raz zajęły one Mołdawię w 1853 r., co było początkiem wojny krymskiej. W 1854 r. Rosjanie zostali zmuszeni do wycofania się z Mołdawii, a ich miejsce zajęły wojska austriackie. Porażka Rosji w wojnie krymskiej spowodowała osłabienie jej wpływów w Mołdawii i zwiększenie roli mocarstw zachodnich. Na mocy traktatu paryskiego włączono też do Mołdawii nadmorskie rejony Budziaku, krajem zarządzali mianowani tymczasowo kajmakami. W 1857 r. przeprowadzono wybory do pierwszego organu przedstawicielskiego, tzw. dywanu, w którym zdecydowaną przewagę zdobyli zwolennicy unii z Wołoszczyzną. Co prawda dywan został szybko rozwiązany, jednak mocarstwa zachodnie opracowały nową koncepcję ustroju Mołdawii, uwzględniającą już wiele instytucji wspólnych z Wołoszczyzną (1858). 17 stycznia 1859 r. na hospodara Mołdawii został wybrany Aleksander Jan Cuza, który krótko później, 5 lutego tego samego roku, został także hospodarem Wołoszczyzny. Oba księstwa połączone były unią personalną, ale Cuza dążył do ich unifikacji politycznej. 23 grudnia 1861 r. Cuza ogłosił unię realną obu księstw, a państwo odtąd nosiło nazwę Rumunii.

Zmiany granic hospodarstwa mołdawskiego

Mołdawia na początku XV wieku.

Zmiany granic Mołdawii od XV do XVIII wieku.

Podział Mołdawii w końcu XVII i na początku XVIII wieku (utrata Bukowiny i Besarabii).

Księstwa rumuńskie u progu zjednoczenia Mołdawii i Wołoszczyzny (po wojnie krymskiej).