Przez następne miesiące kolejne protesty były organizowane regularnie, pogłębiając destabilizację państwa. We wrześniu 1978 roku szach wprowadził stan wojenny, zakazując wszelkich demonstracji. Wkrótce potem, w piątek 8 września nastąpiła wielka demonstracja w Teheranie, która później została nazwana Czarnym Piątkiem. Rząd do jej stłumienia użył pełnej siły wojska.

Konsekwencją Czarnego Piątku była całkowita utrata poparcia rządu zarówno przez obywateli jak i przez zagranicznych sojuszników. Strajk generalny w październiku unieruchomił całkowicie gospodarkę państwa. Protesty osiągnęły apogeum w grudniu, podczas świętego miesiąca Muharram. Każdego dnia setki demonstrantów ginęło w walkach z wojskiem, a demonstracje cały czas przybierały na sile.

W tym samym czasie do protestów zaczęli dołączać sami wojskowi. Szeregowi żołnierze odmawiali strzelania do demonstrantów, a niektórzy zwrócili się przeciwko swoim zwierzchnikom i zorganizowali bunty w bazach wojskowych.

16 stycznia 1979 r. szach i cesarzowa opuścili Iran, pozostawiając władzę w rękach premiera Szapura Bachtiara, który próbował uspokoić sytuację w państwie. Rozwiązał SAVAK i uwolnił wszystkich więźniów politycznych. Pozwolił na powrót do kraju po latach wygnania Ruhollaha Chomeiniego i zaproponował mu utworzenie autonomicznego państwa religijnego w Kom w zamian za współpracę w utrzymaniu konstytucji i zorganizowaniu wolnych wyborów. Chomeini odrzucił tę propozycję i powołał własny rząd z Mehdi Bazarganem na czele. Wkrótce potem, po ogłoszeniu bezstronności przez wojsko, monarchia oficjalnie przestała istnieć.

Chomeini przejmuje władzę

Obalenie rządu szacha było wielkim świętem dla mieszkańców Iranu. Wkrótce jednak ujawniły się różnice zdań co do przyszłości państwa. Co prawda Chomeini był najbardziej popularną postacią, ale wiele spośród grup rewolucyjnych odmówiło udzielania mu poparcia. W momencie rewolucji istniały silne liberalne, sekularystyczne, marksistowskie i anarchistyczne frakcje, oraz wiele grup religijnych chcących mieć wpływ na dalsze losy Iranu.

Armia i gospodarka państwa były w rozsypce, a relacje międzynarodowe musiały zostać nawiązane praktycznie od zera. W początkowym okresie powstały dwa główne ośrodki władzy. Ruch Wolnościowy z premierem Mehdi Bazarganem na czele usiłował utworzyć własny świecki rząd. Jednocześnie ruch religijny kierowany przez Chomeiniego powołał Islamską Partię Republikańską. Początkowe próby współpracy pomiędzy tymi ośrodkami zmieniły się szybko w otwartą wrogość.

Władza religijna szybciej zaprowadziła porządek w państwie, zamieniając komórki rewolucyjne w zorganizowaną Gwardię Rewolucyjną. Gwardia ta przejęła większość lokalnej władzy w państwie, dodatkowo obejmując kierownictwo nad sądami w których odbywały się procesy byłych wojskowych i członków służby bezpieczeństwa szacha.

W czerwcu 1979 r. Ruch Wolnościowy opublikował pierwszą wersję nowej konstytucji. Określała ona Iran jako republikę islamską, ale nie dawała żadnej władzy ulemom ani prawu islamskiemu. Konstytucja została przedstawiona nowo powołanej legislaturze, która jednak poparła Chomeiniego i odrzuciła konstytucję, uznając że nowy rząd powinien być „w 100% islamski”.

W nowej konstytucji został utworzony dożywotni urząd Najwyższego Prawnika Muzułmańskiego, który objął Chomeini. Najwyższy Prawnik Muzułmański ma władzę nad wojskiem i służbami bezpieczeństwa oraz prawo weta w wyborze najwyższych urzędników państwowych. Prezydent wybierany jest w wyborach powszechnych na okres czterech lat, ale każdy z kandydatów musi zostać zatwierdzony przez Radę Strażników Konstytucji. Najwyższy Prawnik Muzułmański oficjalnie tytułowany jest „Przywódcą Rewolucji” oraz „Najwyższym Przywódcą Duchowym”.