Według postanowień porozumienia zawartego z Ferdynandem Izabela zrzekła się praw do korony w imieniu swoim i swego syna. Jan Zygmunt miał otrzymać tytułem rekompensaty Księstwo Opolskie wraz z godnością księcia Rzeszy z rocznym dochodem 25 tys. florenów, a w razie zbyt niskich dochodów z księstwa Ferdynand miał przekazać ziemie wyrównujące dochody do podanej kwoty. Izabela w zamian za pozostawione na Węgrzech majątki miała otrzymać Księstwo Ziębickie i Ząbkowice i 100 tys. florenów tytułem wyrównania różnicy między pozostawionymi a otrzymanymi majątkami. Do czasu przekazania księstw (Boże Narodzenie 1551 roku) miała ex-królowa zatrzymać się w Koszycach otrzymując tam stosowne dochody na swoje utrzymanie.

"Izabela Zápolya żegna Siedmiogród" - obraz Sándora Wagnera. (1863)

Kolejnych lat Izabela nie spędziła jednak na Śląsku a w Polsce. Przyczyną tego stanu rzeczy było niewywiązanie się przez Ferdynanda z umowy z królową. Księstwo Opolskie okazało się zrujnowane, po wcześniejszych rządach Hohenzollernów, którym Ferdynand przekazał je na 20 lat w zamian za pożyczkę. Nie było tam nawet rezydencji mogącej przyjąć dwór Jagiellonki. Podobnie było w Ziębicach i Ząbkowicach. Habsburg nie miał natomiast pieniędzy by wypłacić umówione odszkodowania w gotówce. Izabela spędziła więc następne lata wraz z synem w Polsce, gdzie na jej potrzeby jej brat – od 1548 nowy król Polski – Zygmunt August, przekazał dochody kilku starostw (od matki dostała natomiast bogate starostwo samborskie). W tym czasie prowadzone były za polskim pośrednictwem ciągłe i jałowe rokowania między Izabelą a Ferdynandem. Habsburg łudził obietnicami zwrotu obiecanych sum, Jagiellonka zaś zarzekała się, jakoby szykowała swój powrót do Siedmiogrodu. Tymczasem władza habsburska w Siedmiogrodzie była krucha. Dwulicowego Utiešenovicia Ferdynand kazał szybko usunąć, jako zbyt niezależnego i zbyt ambitnego polityka (16 grudnia 1551). Nie poprawiło to jednak pozycji Austriaków, przeciw władzy których było zarówno wielu spośród mieszkańców krainy jak i przede wszystkim sułtan turecki. Izabela propozycję powrotu otrzymała już w połowie roku 1552. Jednak wcześniej chciała przygotować grunt pod udany powrót i udowodnić ówczesnej opinii publicznej, że to Ferdynand nie wypełnił swojej części umowy. Nie było to trudne, zważywszy, że Habsburg nie chciał przekazać jej pieniędzy w obawie by nie użyła ich przeciw niemu w Siedmiogrodzie.

Odzyskanie Siedmiogrodu (1556-1559)

29 lutego 1556 roku Izabela przybyła do Lwowa, oficjalnie by doglądać swoich dóbr - w praktyce by być bliżej Węgier. Tu dowiedziała się o postanowieniach sejmu siedmiogrodzkiego, który zwołany 2 lutego w Tordzie postanowił wezwać Jagiellonkę i jej syna do Siedmiogrodu by oddać im władzę nad krajem. 12 marca natomiast sejm zebrany w Szászsebes uchwalił wypowiedzenie posłuszeństwa Ferdynandowi i wybrał dawnego stronnika królowej Piotra Petrovicsa na namiestnika młodego króla. Wybuchły walki między stronnikami Habsburgów i Zápolyów. Ci drudzy wspierani przez wojska mołdawskie i wołoskie szybko opanowali cały kraj. Wobec faktów dokonanych Ferdynand postanowił zrzec się Siedmiogrodu nie chcąc wszczynać wojny z Turcją, która wspierała powrót królowej. Izabela opuściła Lwów 23 września, a miesiąc później przybyła do Kolozsváru. Na ziemi siedmiogrodzkiej witał ją przyszły książę tego kraju jak i przyszły król polski, młody wówczas możnowładca Stefan Batory. Obradujący w Kolozsvárze sejm oddał Izabeli pełnię władzy regencyjnej na lat pięć. Było to posunięcie dość nietypowe jeśli zwróci się uwagę na fakt, że Jan Zygmunt - właściwy władca i dziedzic korony - miał już ukończone 16 lat i w tym wieku mógł być uznany za pełnoletniego. Sejm przyznał królowej również sporo posiadłości skonfiskowanych od zwolenników Habsburgów. Władza Izabeli, jakkolwiek silniejsza niż przed wygnaniem, nie obejmowała już tak rozległego terytorium. Ziemie nad Cisą zajęli bowiem po 1551 roku Turcy. W ręku Jagiellonki pozostał już tylko Siedmiogród, o wschodnią Słowację i część Węgier przyszło walczyć z Ferdynandem. Udało jej się odzyskać Tokaj (koniec 1556), Chust (styczeń 1557), Wielki Waradyn (maj 1557). Habsburgowie zatrzymali jednak w swych rękach Koszyce.

Grobowiec Izabeli Jagiellonki w Katedrze św. Michała w Alba Iulia (Rumunia).

Ostatnie lata i śmierć

Osobiste rządy Izabeli cechowała tolerancja religijna, której wymagała złożona sytuacja wyznaniowa Siedmiogrodu. Głównymi problemami królowej stały się bunty Sasów siedmiogrodzkich, którzy sprzyjali Habsburgom. Także niektórzy magnaci spiskowali przeciw królowej. Kilku z nich zostało okrutnie zamordowanych późnym latem 1558 roku. Królowa została oskarżona o to polityczne morderstwo, choć nie wydaje się aby wydała bezpośredni rozkaz usunięcia opozycjonistów. Tymczasem wciąż toczyły się walki z Habsburgami o tereny położone nad górną Cisą. Jesienią 1558 roku połączone wojska turecko-siedmiogrodzkie zostały pokonane przez Habsburgów nad rzeką Sajó. Po tej klęsce Izabela utraciła nadzieję na odzyskanie ziem w Słowacji i ze względu na pogarszający się stan zdrowia podjęła rokowania pokojowe z Ferdynandem, ówcześnie już cesarzem rzymskim. Pokój nie został jednak zawarty gdy Izabela zmarła 15 września 1559 w Gyulafehérvár (dzisiejsza Alba Iulia w Rumunii). Władzę objął po niej Jan Zygmunt, który wkrótce zrzekł się węgierskiego tytułu królewskiego i przyjął tytuł pierwszego księcia Siedmiogrodu.