Foucault rozpoczyna swoją historię w Średniowieczu, zwracając uwagę na społeczne i fizyczne wykluczenie trędowatych. Dowodzi, że wraz ze stopniowym zanikiem trądu, jego miejsce zajęło szaleństwo. Statek głupców z XV stulecia stanowi literacką wersję jednej z takich praktyk wykluczania – mianowicie wysyłanie szaleńców w morze. W XVII-wiecznej Europie, w ruchu, który Foucault nazwał Wielkim Uwięzieniem, członkowie populacji "pozbawieni rozumu" byli zamykani i instytucjonalizowani. W XVIII stuleciu zaczęto traktować szaleństwo jako przeciwieństwo Rozsądku, i ostatecznie w XIX wieku jako chorobę psychiczną.

Ponadto Foucault dowodzi, że szaleństwo zostało wyciszone przez Rozsądek, tracąc swoją moc wyznaczania granic porządku społecznego i wskazywania na prawdę. Bada pojawienie się naukowego i "humanitarnego" traktowania szaleńców, mianowicie w rękach Philippe’a Pinela i Samuela Tuke’a (1784-1857), którzy – jak sugeruje – byli pierwszymi, którzy wypracowali koncepcję "choroby umysłowej". Twierdzi, że te nowe metody leczenia były w istocie w równej mierze przepojone kontrolą jak i poprzednie. Leczenie szalonych przez Pinela sprowadzało się do poszerzonej terapii awersją i polegało na takich zabiegach jak mrożące prysznice czy użycie kaftanów bezpieczeństwa. W opinii Foucaulta takie zabiegi prowadziły do powtarzającej się brutalności do czasu, aż wzorzec osądzania i kary został zinternalizowany przez pacjenta.

Mimo że Foucault podkreślał, że jego zamiarem w żadnym razie nie było atakowanie psychiatrii czy napisanie "manifestu antypsychiatrii" to jego praca przetłumaczona i wydana w Anglii stała się jedną z ewangelii ruchu antypsychiatrów, który doprowadził też wiele zawartych w niej tez do skrajności.

Drugą znaczącą książką Foucaulta była Naissance de la clinique: une archéologie du regard médical (Narodziny kliniki. Archeologia spojrzenia medycznego) opublikowana w roku 1963. Stanowi ona swoistą kontynuację i dopełnienie Historii szaleństwa. Autor śledzi w niej rozwój profesji medycznej, a w szczególności instytucji kliniki (rozumianej w większości jako szpital, w którym prowadzi się nauczanie). Głównym motywem jest "spojrzenie medyczne" tradycyjnie ograniczone do małych, wyspecjalizowanych instytucji takich jak szpitale i więzienia, ale które Foucault bada w odniesieniu do szerszych przestrzeni społecznych jakie rządzą masową populacją.

Publikując w 1966 roku Les mots et les choses. Une archéologie des sciences humaines (Słowa i rzeczy. Archeologia nauk humanistycznych), odniósł następny sukces wydawniczy. Choć Foucault wolał nadać swojej pracy tytuł L'Ordre des Choses (Porządek rzeczy) – musiał go zmienić, gdyż była już inna książka o takim tytule. Książkę rozpoczyna rozległa rozprawa na temat obrazu Las Meninas autorstwa Diego Velázqueza i złożonych układów jego linii widoków, ukryć i odsłon. Następnie rozwijana jest główna teza: wszystkie okresy w historii posiadały w swej głębi specyficzne uwarunkowania prawdy, która stanowiła, co było akceptowalne jako, na przykład, dyskurs naukowy. Znaczenie ma parezjastyczność wypowiedzi. Michel Foucault analizując to podkreśla, że parezja jest rodzajem aktywności mowy, w której relację z prawdą określa szczerość, relację z życiem definiuje niebezpieczeństwo, relację z sobą i innymi charakteryzuje krytycyzm, zaś z moralnym prawem wyraża wolność i obowiązek.

Foucault dowodzi, że te uwarunkowania dyskursu zmieniały się wraz z upływem czasu w wyniku większych i stosunkowo gwałtownych zmian, od jednego okresu epistemologicznego do innego. Nietzsche'ańska krytyka wartości oświeceniowych przedstawiona w Les mots et les choses miała duży wpływ na historię kultury. To właśnie tu Foucault przedstawił obrazoburczą tezę, że "człowiek jest tylko niedawnym wynalazkiem" i że nadchodzi "koniec człowieka". Książka ta uczyniła Foucaulta prominentnym intelektualistą francuskim. Za sprawą wypowiedzi na ostatnich stronach tej książki o "śmierci człowieka" nazwisko Foucaulta trafiło na czołówki gazet. Hasło "śmierć człowieka", choć zatracając swój właściwy sens, stało się od tej pory znakiem rozpoznawczym Foucaulta.

W roku 1969 w Collège de France wygłosił wykład pod tytułem Czym jest autor? – wystąpienie to stało się ważnym przyczynkiem w dyskusji na temat roli autora w literaturze współczesnej. W wydanej w 1969 roku rozprawie L'archéologie de savoir (Archeologia wiedzy) rozwijał zastosowaną wcześniej metodę. W 1970 roku w Collège de France w wykładzie inauguracyjnym L'ordre du discours (Porządek dyskursu) nakreślił program badań odwołujący się do tez wyłożonych wcześniej w Archeologii wiedzy.

W 1975 roku opublikował Surveiller et punir. La naissance de la prison (Nadzorować i karać. Narodziny więzienia). Praca powstała w czasach aktywnej działalności politycznej Foucaulta (1971-1977), którą kierował przeciwko wszelkim postaciom władzy, które uznawał za represyjne czy zniewalające. Wspiera wysuwane przez niego żądania reformy systemu więziennictwa. Książkę otwiera wymowny opis brutalnej egzekucji publicznej Roberta-François Damiensa z 1757 roku, który usiłował zamordować Ludwika XV. Przeciwstawia temu opisowi bezbarwny harmonogram więzienny z czasów zaledwie o 80 lat późniejszych. Foucault stawia tu pytanie: jak w tak krótkim czasie mogła nastąpić w społeczeństwie francuskim taka zmiana w sposobie karania skazanych. Są to ilustracje dwóch kontrastujących sposobów technologii karania Foucaulta. Pierwszy sposób, karanie monarchiczne ujmuje represję populacji poprzez brutalne publiczne pokazy egzekucji i tortur. Drugi sposób, karanie dyscyplinarne jest tym, co zdaniem Foucalta, praktykuje się współcześnie. Karanie dyscyplinarne daje profesjonalistom (takim jak psycholodzy, oficerowie więzienni, itp.) władzę nad więźniami – w szczególności to, jak długo więzień pozostanie w więzieniu zależy od osądu profesjonalistów.

Foucault porównuje współczesne społeczeństwo do projektu więzienia w układzie Panoptikonu autorstwa Jeremy Benthama (projekt ten nigdy nie został zrealizowany w swej oryginalnej postaci, ale mimo to stał się bardzo wpływowy): w Panoptikonie, pojedynczy dozorca może pilnować wielu więźniów, podczas gdy sam pozostaje niewidoczny. Ciemny loch z czasów przedwspółczesnych zastąpiono jasnym nowoczesnym więzieniem, ale Foucault przestrzega, że widoczność stanowi zasadzkę. To właśnie poprzez taką widoczność, jak pisze Foucault, współczesne społeczeństwo egzekwuje władzę i wiedzę swoich systemów kontroli (Foucault sądził, że określenia władza i wiedza są tak zasadniczo ze sobą powiązane, że często tworzył jeden zwrot z łącznikiem: "władza-wiedza"). Wzrost widoczności prowadzi do umieszczania władzy na coraz to bardziej zindywidualizowanym poziomie, co uwidacznia się w możliwości śledzenia przez instytucje jednostek w ciągu ich życia. Foucault sugeruje, że "więziennicze kontinuum" przebiega na wskroś współczesne społeczeństwo, począwszy od więzień charakteryzujących się maksymalnym zabezpieczeniem, poprzez zabezpieczone miejsca pobytu, okresy próby, pracowników społecznych, policję, nauczycieli aż do codziennego życia w pracy i w domu. Wszyscy są powiązani poprzez (rozmyślny lub nierozmyślny) dozór (nadzór, stosowanie norm akceptowalnego zachowania) jednych ludzi przez drugich. W ten sposób Foucalt roztoczył dość ponurą wizję współczesnego państwa przenikniętego siecią stosunków władzy.

Nadzorować i karać. Narodziny więzienia to praca Foucaulta, która z wszystkich jego prac zdobyła sobie najwyższe uznanie w środowisku socjologów. W ankiecie zorganizowanej przez Międzynarodowe Stowarzyszenie Socjologiczne (ISA), w której głosowano na najważniejsze książki socjologiczne XX wieku Nadzorować i karać uplasowała się na 16 pozycji wśród blisko tysiąca innych wskazanych prac.

Podczas cotygodniowych wykładów w Collège de France, jakie prowadził od stycznia do marca 1976 roku zastanawiał się, czy relacje władzy można analizować odwołując się do modelu wojny. Foucault zdefiniował dwa rodzaje władzy: władzę nad ciałami za pomocą technik nadzoru i instytucji karnych oraz biowładzę, która sprawowana jest nad populacją, nad życiem i żywymi istotami. Analizując dyskursy o wojnie ras oraz opowieści o podbojach nakreślił genealogie biowładzy i rasizmów państwowych. W tym czasie Foucault stał się sławny w USA, gdzie odbierano go raczej nie jako filozofa czy historyka, ale bardziej jako myśliciela zajmującego się teorią polityki lub teorią społeczną.

W roku 1976 Foucault opublikował La volonté de savoir (Wola wiedzy) – pierwszy tom zakrojonego na wielką skalę ostatniego dzieła Histoire de la sexualité (Historia seksualności). Tytuł Historia seksualności kryje dwa projekty serii książkowych z roku 1976 i z roku 1984.

Pierwszy projekt przewidywał sześć publikacji, z których ukazała się jedynie pierwsza La volonté de savoir. Pozostałe pięć miały nosić tytuły La chair et le corps, La croisade des enfants, La femme, la mere et l'hysterique, Les pervers, Populations et races, zapewne miały być jedynie rozwinięciem tomu pierwszego i być może dlatego okazały się ostatecznie zbyt nudnym zajęciem dla ich niedoszłego autora.

Pierwszy, najczęściej cytowany tom Wola wiedzy został opublikowany w 1976 roku, kiedy Foucault miał 50 lat i dzięki wcześniejszym publikacjom zdobył już sobie opinię jednego z najwybitniejszych filozofów francuskich. Praca ta ukazała się niedługo po wydaniu książki Nadzorować i karać i podobnie odwraca wielowiekową formułę, wedle której to "ciało stanowi więzienie duszy" przedstawiając tezę, że to "dusza stanowi więzienie ciała". Foucault skupia w niej uwagę przede wszystkim na ostatnich dwóch stuleciach i funkcjonowaniu seksualności jako analizy władzy związanej z wyłonieniem się nauki o seksualności (scientia sexualis) oraz z wyłonieniem się biowładzy na Zachodzie. W tomie tym Foucault szuka odpowiedzi na pytanie, jak we współczesnych społeczeństwach europejskich ukształtowało się w XIX w. doświadczenie seksualności, które wypowiada dyskurs psychoanalityczny. Foucault atakuje "hipotezę represji" – szeroko rozpowszechnioną wiarę, że szczególnie od XIX stulecia, ma miejsce "represja" naturalnego popędu seksualnego. Według Foucaulta hipoteza represji seksualności myli przyczynę ze skutkiem. Autor Woli wiedzy stawia tezę, że to, co określa się represją seksualności, faktycznie stanowiło seksualność jako zasadniczą cechę ludzkiej tożsamości i wywołało proliferację dyskursu na ten temat. Innymi słowy seksualność "produkuje" duszę a jednocześnie "pozbawia" ciała – mówi, że wyzwala pragnienie, a w istocie "dyskursywizuje" seks.

Po ośmiu latach Foucault powrócił do pracy nad Historią seksualności zmieniły się jednak jego poglądy. Dwa kolejne tomy Historii Seksualności (Użytek z przyjemności i Troska o siebie) to w zasadzie akademickie prace historyka idei, poświęcone moralności starożytnej, napisane spokojnym i rzeczowym stylem. Problem stosunku rozumu do siły Foucault próbuje w nich rozwiązać eksplorując rolę seksualności w starożytnej Grecji i starożytnym Rzymie. Szuka odpowiedzi na pytanie, dlaczego zachowania seksualne i związane z nimi rozkosze stanowią przedmiot zainteresowania moralistów i skąd bierze się taka troska, która wpływa na inne dziedziny życia, takie jak reguły żywieniowe czy powinności obywatelskie.

Powstał też czwarty tom Les aveux de la chair – owoc studiów nad literaturą wczesnego chrześcijaństwa dotyczący seksualności w chrześcijaństwie. Tom był prawie kompletny przed śmiercią autora, ale nie został nigdy opublikowany z uwagi na zastrzeżenie w testamencie Foucaulta; obecnie przechowywany jest w jego archiwum. Ostatecznie dwa kolejne tomy Historii seksualności: L usage des plaisirs (Użytek z przyjemności) i Le souci de soi (Troska o siebie) zostały opublikowane przed śmiercią Foucaulta w 1984 r. To ostatnie dzieło Foucaulta, dzieło będące przesłaniem (bądź swoim panem a nie niewolnikiem, zostań swoim własnym dziełem). Tak traktowane było i przez samego autora, który redagując ostatnie tomy zdawał sobie sprawę, że niebawem umrze.