|
|
|
Polski Serwis Naukowy - OnLine od 1999 roku
 RSS
Dodaj do:
Warto przeczytać: 150 lat temu ukazała się w Londynie praca zatytułowana „O powstawaniu gatunków drogą naturalnego doboru czyli o utrzymywaniu się doskonalszych ras w walce o byt”. Wywołała światową rewolucję w nauce, a przede wszystkim w biologii. Je... Aby silnie wzmocnić fale elektromagnetyczne emitowane przez pojedyncze cząsteczki chemiczne, naukowcy muszą osadzać badane obiekty na odpowiednich podłożach. W Instytucie Chemii Fizycznej PAN w Warszawie odkryto prostą i tanią metodę wytwarzania podłoży prz... W dniach 10-15 kwietnia 2011 r. w Sant Feliu de Guixols, Hiszpania, odbędą się warsztaty pt. "Molekularna bioenergetyka cyjanobakterii - od komórek do społeczności".
Prokariota to grupa organizmów, które nie posiadają jądra komórkowego ani żadnych innych organelli otoczonych membraną. Dzieli się je na ... Sympozjum ESF-EMBO - Molekularna bioenergetyka cyjanobakterii: od komórki do społeczności odbędzie się w dniach 10 - 15 kwietnia 2011 r. w Sant Feliu de Guixols, Hiszpania.
To piąta już konferencja z tej serii poświęcona tym kluczowym bakteriom. Cyjanobakterie uzyskują energię w procesie fotosyntezy i ta właśnie umiejęt... Dziesiąte międzynarodowe warsztaty na temat transformacji grafów i technik modelowania wizualnego odbędą się w dniach 2 i 3 kwietnia 2011 roku w Saarbrücken w Niemczech.
Wydarzenie będzie stanowić forum dla badaczy i praktyków zainteresowanych wykorzystaniem notacji, technik i narzędzi opartych na grafach do specyf...
Ostatnio na Forum:
Dyskusje
8
odp.
4
odp. Reklama:
 Modelowanie molekularneCzy wiesz że...? Cząsteczka, inaczej molekuła – obojętne elektrycznie indywiduum chemiczne, złożone z więcej niż jednego atomu, które są ze sobą trwale połączone wiązaniami chemicznymi. Lek – każda substancja, niezależnie od pochodzenia (naturalnego lub syntetycznego), wprowadzana do organizmu w celu osiągnięcia pożądanego efektu terapeutycznego, lub w celu zapobiegania chorobie, podawana w ściśle określonej dawce. Lekiem jest substancja modyfikująca procesy fizjologiczne w taki sposób, że hamuje przyczyny lub objawy choroby, lub zapobiega jej rozwojowi. Określenie lek stosuje się też w stosunku do substancji stosowanych w celach diagnostycznych (np. metoklopramid w diagnostyce hiperprolaktynemii) oraz środków modyfikujących nie zmienione chorobowo funkcje organizmu (np. środki antykoncepcyjne). Komputer (z ang. computer od łac. computare – obliczać, dawne nazwy używane w Polsce: mózg elektronowy, elektroniczna maszyna cyfrowa, maszyna matematyczna) – urządzenie elektroniczne służące do przetwarzania wszelkich informacji, które da się zapisać w formie ciągu cyfr albo sygnału ciągłego. Modelowanie molekularne – zbiór technik obliczeniowych, które służą do modelowania i przewidywania właściwości cząsteczek lub układów ponadcząsteczkowych. Modelowanie molekularne nierozłącznie jest związane z komputerami, których moc obliczeniowa decyduje o dokładności wykonywanych symulacji rozmaitych zjawisk na poziomie pojedynczych cząsteczek. W układach o dużej złożoności stosuje się uproszczone założenia lub wychodzi się z pewnych założeń początkowych, wynikających z wcześniejszych danych eksperymentalnych. Ośrodki naukowe zaangażowane w modelowanie molekularne posiadają własne centra komputerowe lub korzystają z czasu, jaki jest im przydzielony na superkomputerach należących do innych. Enzymy – wielkocząsteczkowe, w większości białkowe[uwaga 1] katalizatory przyspieszające specyficzne reakcje chemiczne poprzez obniżenie ich energii aktywacji[1].
Kwas deoksyrybonukleinowy (dawn. kwas dezoksyrybonukleinowy), w skrócie DNA (od ang. Deoxyribonucleic acid) – wielkocząsteczkowy organiczny związek chemiczny należący do kwasów nukleinowych. Występuje w chromosomach i pełni rolę nośnika informacji genetycznej organizmów żywych. Modelowanie molekularne znajduje m.in. zastosowanie w nanotechnologii, do projektowania leków, poznawania struktur biologicznych, których sekwencja jest znana a budowa i funkcja jeszcze nie, w badaniach materiałowych i w wielu innych miejscach. Istnieją również projekty związane z modelowaniem molekularnym, które wykorzystują moce spontanicznie tworzonych przez wolontariuszy sieci obliczeń rozproszonych, np. projekt Rosetta@home, zajmujący się poszukiwaniem nowych leków przeciwnowotworowych czy Folding@home, w podobnych celach symulujący zwijanie białek. BALLView to graficzny program do modelowania molekularnego. Jest dostępny na zasadach GPL dla Linuksa i innych OS. Pełni też funkcję otwartego środowiska wizualizacyjno programowego.
Mechanika molekularna to metoda chemii obliczeniowej wykorzystującą mechanikę klasyczną do modelowania układów molekularnych. Energia potencjalna każdego rozpatrywanego systemu jest wyznaczana za pomocą odpowiedniego pola siłowego. Mechanika molekularna może zostać użyta zarówno do badania prostych cząsteczek jak i złożonych biomolekuł oraz układów nanotechnologicznych zbudowanych z milionów atomów. Molekularne modelowanie jest rutynowo stosowane do poznawania struktury dynamiki i termodynamiki rozmaitych związków chemicznych. W biologii molekularnej przy użyciu modelowania molekularnego badano zwijanie białka, katalizę enzymów, stabilność białek, cząsteczkowe rozróżnianie powierzchni białek i DNA. Intensywnie rozwijane są kierunki poszukiwań metod i materiałów nanotechnologicznych. Nanotechnologia – to ogólna nazwa całego zestawu technik i sposobów tworzenia rozmaitych struktur o rozmiarach nanometrycznych (od 0,1 do 100 nanometrów), czyli na poziomie pojedynczych atomów i cząsteczek.
Zwijanie białka, nazywane także fałdowaniem białka to proces fizyczny polegający na formowaniu przez polipeptyd (posiadający strukturę kłębka statystycznego) wysoko zorganizowanej struktury o charakterystycznej i stabilnej konformacji. Programy używane w MMGPL-podobneZobacz teżFolding@home jest projektem internetowym zorganizowanym przez Stanford University w Stanach Zjednoczonych. Projekt ma na celu badanie procesów zwijania białek, koncentruje się na badaniu sposobu w jaki cząsteczka białka składa się w przestrzeni. Jest to o tyle ważne, że od tego kształtu zależą funkcje, jakie może ona pełnić w organizmie. Na skutek nieprawidłowego złożenia się cząstki, mogą powstawać białka wywołujące choroby takie jak: CJD, choroba Alzheimera, choroba Parkinsona, czy też słynne BSE, czyli "choroba szalonych krów".
Rosetta@home - projekt przetwarzania rozproszonego platformy BOINC. Jego celem jest określenie kształtu (konkretnie struktury trzeciorzędowej), jaki białko uzyska wskutek składania się w naturze, poprzez znalezienie złożenia o najniższej energii. PrzypisyLinki zewnętrzne
Czy wiesz że...? beta Badania materiałowe to interdyscyplinarna dziedzina badań naukowo-technicznych, która zajmuje się analizą wpływu struktury chemicznej i fizycznej materiałów na ich właściwości elektryczne, mechaniczne, optyczne, powierzchniowe, chemiczne, magnetyczne i termiczne a także rozmaite kombinacje tych właściwości.
Termodynamika - nauka o energii, dział fizyki zajmujący się badaniem energetycznych efektów wszelkich przemian fizycznych i chemicznych, które wpływają na zmiany energii wewnętrznej analizowanych układów. Wbrew rozpowszechnionym sądom termodynamika nie zajmuje się wyłącznie przemianami cieplnymi, lecz także efektami energetycznymi reakcji chemicznych, przemian z udziałem jonów, przemianami fazowymi, a nawet przemianami jądrowymi i energią elektryczną.
Obliczenia rozproszone (ang. distributed computing) – obliczenia, umożliwiające współdzielenie zasobów obliczeniowych, często rozproszonych geograficznie.
Dynamika molekularna (MD) - numeryczne rozwiązywanie i komputerowa symulacja przestrzeni fazowej dla modelu układu molekuł. Elementarne poprzez całkowanie równań ruchu Newtona lub kompleksowo z uwzględnieniem licznych oddziaływań w celu uzyskania informacji o właściwościach zależnych od czasu. Oddziaływania między elementami układu są opisywane przez pewną funkcję oraz zespół parametrów dla tej funkcji.
MMTK Akronim od en Molecular Modelling Toolkit to zestaw narzędzi programowych do modelowania molekularnego. MMTK jest to oprogramowanie open source z wiodącym językiem Python, do wspomagania powszechnych działań w modelowaniu cząsteczek.
W fizyce i chemii obliczeniowej pole siłowe to termin oznaczający zarówno funkcję jak i zestaw parametrów mających na celu opisanie energii potencjalnej układu cząsteczek. Zwykle termin ten pojawia się w kontekście dynamiki molekularnej oraz mechaniki molekularnej, gdzie odgrywa niezbędną rolę jako przybliżenia rzeczywistej funkcji potencjału. Do czasów obecnych opracowano bardzo wiele różnych pól siłowych. Niektóre z nich mają szerokie zastosowanie w prowadzeniu symulacji wielu różnych układów molekularnych (np. CHARMM, AMBER), podczas gdy inne zostały zoptymalizowane do prowadzenia wyspecjalizowanych obliczeń (np. OPLS). Powyższa treść oraz zamieszczone w niej powiązane definicje/pojęcia - udostępniane są na licencji Creative Commons: uznanie autorstwa, na tych samych warunkach, z możliwością obowiązywania dodatkowych ograniczeń.
Zobacz szczegółowe informacje o warunkach korzystania
Wszystkie hasła znajdujące się w naszym mirrorze Wikipedii mają znaczenie informacyjne i edukacyjne. Nie mogą być traktowane jako porady. |
