Nil górny

Źródłową rzeką Nilu jest licząca około 420 km długości Kagera, mająca swój początek w miejscu połączenia się rzek Nyawarongu, mającej początek w Rwandzie i Ruvuvu, wypływającej w Burundi. Kagera przecina wyżynne obrzeża Wielkiego Rowu Zachodniego. Płynie na podłożu wulkanicznym i napotykając liczne progi skalne, tworzy wodospady. Po pokonaniu 400 km uchodzi do Jeziora Wiktorii, kilkadziesiąt kilometrów na północ od miasta Bukoba, z którego na północ wypływa jako Nil Wiktorii. Rozpoczyna swój bieg w północnej części cieśniny Rosebery, oddzielającej wyspę Buvuma od ugandyjskiego brzegu jeziora, a następnie płynie na północny zachód po krystalicznym podłożu, tworząc imponujące kaskady wodne. Dwie z nich mają postać potężnych wodospadów – Ripon i Owena. Po 200 km Nil Wiktorii wpływa do błotnistego jeziora Kioga, z którego wypływa Wodospadami Murchisona i płynie do Jeziora Alberta. Wypływając z niego, nosi nazwę Nilu Alberta. Dalej opuszcza obszar Wyżyny Afrykańskiej i kieruje się na północ.

Kotliny

Nil Alberta kieruje się niemal prosto na północ wąską doliną Nimule. Po kilkuset kilometrach zatacza łuk i zaczyna płynąć na północny zachód. W tym miejscu wpada do niego jako prawy dopływ Aswa. Rzeka zaczyna płynąć na północ pod nazwą Nil Górski (Bahr al-Dżabal). Na tym odcinku koryto rzeki jest żeglowne dla większych statków. Poniżej miejscowości Dżuba wpływa na teren Kotliny Sudanu Wschodniego, a następnie pomiędzy 7 a 9°N wpada do kompleksu bagien As-Sudd i rozgałęzia się na liczne odnogi. Wysoka temperatura powietrza w porze suchej sprawia, że Nil Górski niemal całkowicie znika z powierzchni ziemi jako samodzielna rzeka. Na tym odcinku Nil Górski traci około 2/3 zasobów wody. W Sudanie Południowym przyjmuje duży lewy dopływ Bahr al-Ghazal. Dzięki niemu staje się potężną rzeką i od tego momentu nosi nazwę Nil Biały (Al-Bahr al-Abjad). Początkowo płynie on równoleżnikowo na wschód. Dopiero po wchłonięciu prawego dopływu Sobat, zaczyna płynąć na północ. Następnie podąża przez wyschniętą równinę stanowiącą wschodni skraj Sahary i dociera do stolicy Sudanu, Chartumu. W Chartumie łączy się ze swoim największym dopływem – Nilem Błękitnym (Al-Bahr al-Azraq). Poniżej ujścia Nilu Błękitnego rzeka aż do ujścia płynie jako Nil. Wkracza na obszar wyżyny Bajuda, gdzie przyjmuje kształt przypominający literę "S". W miejscu, w którym napotyka skały tarczy saharyjskiej, tworzy katarakty. Na tym odcinku występuje ich sześć, oznaczonych cyframi rzymskimi w porządku rosnącym w górę rzeki. Są one spławne tylko w okresie wysokiego poziomu wody. Ostatnim większym dopływem Nilu jest Atbara. W dalszej części Nil pokonuje ponad 2500 km przez pustynną część Sahary. W dolnym biegu rozszerza się, a przy ujściu do Morza Śródziemnego tworzy rozległą deltę.

Delta

 Osobny artykuł: Delta Nilu.

Nil wpływa do Morza Śródziemnego rozległą deltą o powierzchni 22 000 km². Zaczyna się ona na przedmieściach Kairu, które od morza oddziela 175 km utworzonego przez rzekę lądu. Wzdłuż wybrzeża delta osiąga szerokość 220 km. Nil rozdziela się na dwa ramiona:

Delta Nilu jest silnie zaludniona i zagospodarowana. Dzięki namułom użyźniającym glebę, dużą powierzchnię zajmują uprawy trzciny cukrowej, bawełny, pszenicy oraz ryżu.