|
|
|
Polski Serwis Naukowy - OnLine od 1999 roku
RSS
Warto przeczytać: Konsorcjum Instytutu Maszyn Przepływowych PAN i Grupy Energa wygrało ogólnopolski konkurs na opracowanie technologii wytwarzania paliw i energii z biomasy. Prace badawcze, na które przeznaczono 110 mln zł, zostaną zakończone w 2015 roku. 28 czerwca w Gdańsku odbyła s... Badawczy Program Ramowy UE odgrywa istotną rolę w rozwoju podstaw europejskiej wiedzy i w przyszłości powinien otrzymać znacznie zwiększone dofinansowanie. Do takich wniosków doszła grupa ekspertów w swoim raporcie na temat realizacji programu w latach 1999-2003. ... Witam!
Grupa składa sie głównie ze studentów i absolwentów (w tym dwóch wykładowców) archeo UW, dlatego też pozwalam sobie wstawić tutaj info o naborze. Jeśli dział jest nieodpowiedni, to przepraszam za zaśmiecenie.
Jeśli interesujesz się hist... "Przed nastaniem kryzysu zastanawiano się nad sposobem, w jaki Europa może zwiększyć swoją innowacyjność w porównaniu do USA. Wraz z obecnym spowolnieniem USA i Europa upatrują w innowacyjności sposobu na wydobycie naszych gospodarek z głębokiego dołka, w jakim się znal... Białko komórkowe o nazwie PML jest niezbędne do prawidłowego zajścia procesu programowanej śmierci komórki i może stanowić cel nowej terapii antynowotworowej - przypuszczają naukowcy, m.in. z Instytutu Biologii Doświadczalnej im. Marcelego Nenckiego PAN. Praca, której Polacy są współaut...
Ostatnio na Forum:
Dyskusje
8
odp.
4
odp. Reklama:
Pole siłoweTo hasło encyklopedii posiada podstrony: 1 [2],[3] Czy wiesz że...? Spektroskopia – nauka o powstawaniu i interpretacji widm powstających w wyniku oddziaływań wszelkich rodzajów promieniowania na materię rozumianą jako zbiorowisko atomów i cząsteczek. Spektroskopia jest też często rozumiana jako ogólna nazwa wszelkich technik analitycznych polegających na generowaniu widm. Ładunek cząstkowy (δ) – ładunek elektryczny powstający na atomach cząsteczki heteroatomowej (zbudowanej z różnych atomów) wskutek niesymetrycznego rozłożenia chmury elektronowej uwspólnionych elektronów. Jest to miara polarności wiązania chemicznego. Określa procentowy udział wiązania jonowego w utworzonym wiązaniu oraz procent ładunku elementarnego zlokalizowanego na danym atomie. Oblicza się go na podstawie wartości momentu dipolowego wiązania (μ) i długości wiązania (l) ze wzoru δ = μ/l. W fizyce i chemii obliczeniowej pole siłowe to termin oznaczający zarówno funkcję jak i zestaw parametrów mających na celu opisanie energii potencjalnej układu atomów lub cząsteczek. Zwykle termin ten pojawia się w kontekście dynamiki molekularnej oraz mechaniki molekularnej, gdzie odgrywa niezbędną rolę jako przybliżenia rzeczywistej funkcji potencjału. Do czasów obecnych opracowano bardzo wiele różnych pól siłowych. Niektóre z nich mają szerokie zastosowanie w prowadzeniu symulacji wielu różnych układów molekularnych (np. CHARMM, AMBER), podczas gdy inne zostały zoptymalizowane do prowadzenia wyspecjalizowanych obliczeń (np. OPLS). Oscylator anharmoniczny — to taki oscylator, którego okres drgań (w przeciwieństwie do oscylatora harmonicznego) zależy od ich amplitudy. W oscylatorze anharmonicznym, zależność energii potencjalnej od wychylenia z pozycji równowagi jest opisywana funkcją inną niż kwadratowa.
Mechanika kwantowa (teoria kwantów) – teoria praw ruchu obiektów świata mikroskopowego. Poszerza zakres mechaniki na odległości czasoprzestrzenne i energie, dla których przewidywania mechaniki klasycznej nie sprawdzały się. Opisuje przede wszystkim obiekty o bardzo małych masach i rozmiarach - np. atom, cząstki elementarne itp. Jej granicą dla średnich rozmiarów lub średnich energii czy pędów jest mechanika klasyczna. Funkcje i parametry budujące pola siłowe wywodzą się zarówno z pomiarów eksperymentalnych jak i zaawansowanych obliczeń kwantowomechanicznych. Pełnoatomowe pola siłowe zapewniają parametry do opisu każdego atomu w analizowanym układzie podczas gdy metody wykorzystujące "atomy zjednoczone" opisują niektóre grupy funkcyjne takie jak metyl oraz metylen w sposób przybliżony, traktując je jako pojedyncze atomy. Natomiast "gruboziarniste" pola siłowe (ang. coarse-grained force fields) stosowane w długich czasowo symulacjach białek i kwasów nukleinowych dążą do jeszcze bardziej uproszczonego opisu cząsteczek, wprowadzając pseudoatomy symulujące zachowanie całych reszt aminokwasowych (białka), bądź zasad azotowych (kwasy nukleinowe). Takie przybliżenia są konieczne z uwagi na znaczny koszt obliczeniowy modelowania tak dużych układów molekularnych. Wiązanie chemiczne według klasycznej definicji to każde trwałe połączenie dwóch atomów. Wiązania chemiczne powstają na skutek uwspólnienia dwóch lub więcej elektronów pochodzących bądź z jednego, bądź z obu łączących się atomów lub przeskoku jednego lub więcej elektronów z jednego atomu na atom i utworzenia w wyniku tego tzw. pary jonowej.
Chemia obliczeniowa jest dziedziną chemii, która stosuje programy modelowania molekularnego implementujące metody chemii teoretycznej do rozwiązywania rzeczywistych problemów chemicznych, takich jak przewidywanie właściwości fizyko-chemicznych cząsteczek; izolowanych lub w układach ponadcząsteczkowych. Należy podkreślić, że termin pole siłowe jest obecnie inaczej rozumiany w chemii i biologii obliczeniowej niż w fizyce. Chemiczne pole siłowe stanowi przybliżenie funkcji obrazującej energię potencjalną cząsteczki podczas gdy w fizyce określenie to jest zarezerwowane do opisu gradientu pola skalarnego Sposób realizacjiWykorzystując pole siłowe wyznacza się energię potencjalną dla całego badanego układu. Energia wyznaczana jest dla każdej konformacji i jest ona sumą kilku niezależnych wyrażeń: Grupa karbonylowa - grupa funkcyjna występująca w wielu typach związków organicznych, składająca się z atomu węgla połączonego wiązaniem podwójnym z atomem tlenu. Najczęściej kojarzona jest z ketonami i aldehydami, w których połączona jest jedynie z atomami węgla i wodoru. Zapisywana skrótowo jako CO, -C(O)- lub >C=O.
AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) - pole siłowe stworzone przez zespół Petera Kollmana na University of California, San Francisco. Podobnie jak w przypadku wielu innych pól siłowych, nazwa (AMBER) odnosi się również do pakietu umożliwiającego np. przeprowadzenie dynamiki molekularnej. Pakiet AMBER, w odróżnieniu np. do pakietu CHARMM, jest oprogramowaniem zamkniętym i ma charakter komercyjny.
gdzie wkłady od energii kowalencyjnej i niekowalencyjnej dane są następującymi wyrażeniami
Dokładna forma wyrażenia na energię potencjalną jest zależna od wyboru pola siłowego oraz zależy od wyboru programu komputerowego wykorzystywanego do przeprowadzenia obliczeń. W ogólności udziały pochodzące od długości wiązań i kątów pomiędzy nimi są wyznaczane na podstawie przybliżenia oscylatora harmonicznego wycentrowanego na długości równowagowej wiązania. Długości te wyznaczane są za pomocą pomiarów doświadczalnych lub wyznaczane teoretycznie przy pomocy znacznie dokładniejszych metod ab-initio, traktujących cząsteczki jako układy całkowicie kwantowe. Dla dokładnego wyznaczenia energii oscylacyjnej można wykorzystać potencjał Morse'a jednakże wiąże się to ze znacznym przyrostem złożoności obliczeniowej. Ponieważ funkcje przybliżające energię torsyjną posiadają zwykle kilka ekstremów to nie mogą zostać przedstawione za pomocą potencjału o charakterze paraboli. Zamiast tego często stosowane są człony wykorzystujące funkcje trygonometryczne. Pole skalarne – w matematyce i fizyce przypisanie każdemu punktowi pewnego obszaru pewnej wielkości skalarnej (w matematyce – liczby, w fizyce zazwyczaj wielkości mianowanej). Jest jednym z rodzajów pola fizycznego.
Mechanika molekularna to metoda chemii obliczeniowej wykorzystującą mechanikę klasyczną do modelowania układów molekularnych. Energia potencjalna każdego rozpatrywanego systemu jest wyznaczana za pomocą odpowiedniego pola siłowego. Mechanika molekularna może zostać użyta zarówno do badania prostych cząsteczek jak i złożonych biomolekuł oraz układów nanotechnologicznych zbudowanych z milionów atomów. Wkłady od członów niewiążących są znacznie bardziej kosztowne obliczeniowo. Jest to intuicyjnie zrozumiałe, ponieważ każdy atom tworzy wiązania jedynie z kilkoma pobliskimi atomami natomiast jest w stanie oddziaływać w sposób niewiążący ze znacznie większą liczbą innych atomów. Jednak człony opisujące oddziaływania van der Waalsa wraz z narastającą odległością szybko tracą znaczenie. Zazwyczaj są one symulowane przy użyciu potencjału Lennarda-Jonesa o wykładnikach "6–12", co oznacza, że siła przyciągająca do siebie atomy słabnie poprzez przestrzeń proporcjonalnie do r, siła odpychająca natomiast słabnie proporcjonalnie do r, gdzie r wyznacza odległość pomiędzy atomami. Zazwyczaj wprowadza się określony promień odcięcia dla potencjału by przyśpieszyć obliczenia - po przekroczeniu tego arbitralnie ustalonego dystansu zakłada się, że oddziaływania zanikają. Kwasy nukleinowe - biopolimery zbudowane z nukleotydów. Zasadniczo są dwa rodzaje kwasów nukleinowych: kwas rybonukleinowy (RNA) oraz kwas deoksyrybonukleinowy (DNA). Oba mogą występować pod postacią zarówno pojedynczej jak i podwójnej nici, przy czym zazwyczaj DNA tworzy nić podwójną, a RNA pojedynczą.
Gradient (łac. gradient-, gradiens, im. od gradi, „kroczyć”; gradus, „krok, stopień”; spokr. z lit. gridyti, „iść”) – wyraz oznaczający jedno z następujących pojęć: Wkłady od oddziaływań elektrostatycznych są trudne do precyzyjnego obliczenia z uwagi na dalekosiężny charakter oraz znaczenie dla globalnej topologii cząsteczek (zwłaszcza białek). Podstawowym członem służącym do wyznaczania energii elektrostatycznej jest potencjał kulombowski słabnący z odległością proporcjonalnie do r. Do rozwiązania kwestii wkładu elektrostatycznego stosuje się wiele metod. Najprostszą z nich jest wprowadzenie promienia odcięcia w sposób analogiczny jak dla oddziaływań van der Waalsa. Jednakże wprowadza to nienaturalny podział na atomy wewnątrz i na zewnątrz tego promienia co prowadzi do znacznych odstępstw od prawdziwego stanu rzeczy. Lepszym pomysłem jest wprowadzenie dodatkowej funkcji skalującej zmieniającej wartość energii elektrostatycznej w zależności od położenia względem promienia odcięcia. Do efektywniejszych ale bardziej zachłannych obliczeniowo metod należy wykorzystanie sieciowych cząsteczek Ewalda (ang. particle mesh Ewald, PME) oraz algorytmów multipolowych. Jedynym polem siłowym, które bezpośrednio wykorzystuje wszystkie oddziaływania jonowe do obliczania energii molekuły jest QVBMM. Program komputerowy (. Program jest zazwyczaj wykonywany przez komputer (np. wyświetlenie strony internetowej), czasami bezpośrednio – jeśli wyrażony jest w języku zrozumiałym dla danej maszyny lub pośrednio – gdy jest interpretowany przez inny program (interpreter). Program może być ciągiem instrukcji opisujących modyfikacje stanu maszyny ale może również opisywać obliczenia w inny sposób (np. rachunek lambda).
Energia potencjalna – energia jaką ma układ ciał umieszczony w polu sił zachowawczych[1], wynikająca z rozmieszczenia tych ciał. Równa jest pracy, jaką trzeba wykonać, aby uzyskać daną konfigurację ciał, wychodząc od innego rozmieszczenia, dla którego umownie przyjmuje się jej wartość równą zero[2]. Konfigurację odniesienia dla danego układu fizycznego dobiera się zazwyczaj w ten sposób, aby układ miał w tej konfiguracji minimum energii potencjalnej. Podobnie jak pracę, energię potencjalną mierzy się w dżulach [J]. czytaj dalej: [2], [3]
Czy wiesz że...? beta Przenikalność elektryczna – wielkość fizyczna, oznaczana grecką literą ε (epsilon), charakteryzująca właściwości elektryczne środowiska. Dla substancji izotropowych jest to wielkość skalarna, równa stosunkowi indukcji pola elektrycznego do natężenia tego pola:
Oscylator harmoniczny - model teoretyczny w naukach ścisłych opisujący układ w parabolicznym potencjale — potencjał oscylatora harmonicznego, bądź krócej potencjał harmoniczny, czyli kwadratowa zależność potencjału od odległości V∼r, gdzie r jest odległością w N-wymiarowej przestrzeni, N zależy od konkretnej realizacji modelu. Ze względu na skalę modelowanych zjawisk wyróżnia się klasyczny oscylator harmoniczny oraz kwantowy oscylator harmoniczny.
Polimery (gr. polymeres - wieloczęściowy, zbudowany z wielu części) – substancje chemiczne o bardzo dużej masie cząsteczkowej, które składają się z wielokrotnie powtórzonych jednostek zwanych merami.
Sublimacja – przemiana fazowa bezpośredniego przejścia ze stanu stałego w stan gazowy z pominięciem stanu ciekłego. Zjawisko odwrotne do sublimacji to resublimacja.
Entalpia (H) (zawartość ciepła) — w termodynamice wielkość fizyczna będąca funkcją stanu mająca wymiar energii, będąca też potencjałem termodynamicznym, oznaczana przez H, h,I lub χ, którą definiuje zależność:
Masa atomowa (niepopr. ciężar atomowy) – liczba określająca ile razy masa jednego reprezentatywnego atomu danego pierwiastka chemicznego jest większa od masy 1/12 izotopu 12C, przy czym pod pojęciem reprezentatywnego atomu rozumie się atom o średniej masie wyliczonej proporcjonalnie ze wszystkich stabilnych izotopów danego pierwiastka, ze względu na ich rozpowszechnienie na Ziemi.
Grupa metylenowa (metanodiyl, -CH2-) – grupa alkilowa, występująca w wielu związkach organicznych. Jej nazwa wynika z faktu, że można ją utworzyć myślowo z metanu poprzez oderwanie od niego dwóch atomów wodoru. Myślowe oderwanie jednego atomu wodoru od metanu definiuje grupę metylową (-CH3), której nie należy mylić z grupą metylenową. Powyższa treść oraz zamieszczone w niej powiązane definicje/pojęcia - udostępniane są na licencji Creative Commons: uznanie autorstwa, na tych samych warunkach, z możliwością obowiązywania dodatkowych ograniczeń.
Zobacz szczegółowe informacje o warunkach korzystania
Wszystkie hasła znajdujące się w naszym mirrorze Wikipedii mają znaczenie informacyjne i edukacyjne. Nie mogą być traktowane jako porady. |