• Artykuły
  • Forum
  • Ciekawostki
  • Encyklopedia
  • Brytyjska inwestycja pomaga Europejskiemu Instytutowi Bioinformatyki przygotować się do projektu ELIXIR

    27.08.2009. 15:11
    opublikowane przez: Maksymilian Gajda

    Europejski Instytut Bioinformatyki (EBI) otrzymał 10 mln GBP (11,4 mln EUR) od Rady Badań Biologicznych i Biotechnologicznych (BBSRC), aby radykalnie zwiększyć swoje możliwości w zakresie przechowywania i obróbki danych. Ta znaczna inwestycja pomoże w zapewnieniu powodzenia, zakrojonego na szeroką skalę i finansowanego ze środków unijnych, projektu ELIXIR (Europejska infrastruktura dla nauk przyrodniczych na rzecz informacji biologicznych), który dotyczy przechowywania danych.

    Początkowo projekt ELIXIR dofinansowany na kwotę 4,5 mln EUR z tematu "Infrastruktury" Siódmego Programu Ramowego (7PR) miał zająć się brakiem stabilnego finansowania zasobów danych naukowych w Europie, takich jak oryginalne dane genomiczne. Jego celem jest stworzenie zrównoważonej infrastruktury informacji biologicznych w Europie oraz zarządzanie nią. Partnerzy projektu są przekonani, że zebrane i udostępnione w ramach projektu informacje wspomogą postępy w medycynie, naukach o środowisku, biotechnologii, rolnictwie i żywności.

    "Pozornie naukowcy zajmujący się onkologią i taksonomowie mają ze sobą niewiele wspólnego, ale jeśli istnieje coś, co leży u podłoża wszystkich dyscyplin biologicznych i ich zastosowań, to jest nią potrzeba dostępu do danych" - twierdzą partnerzy.

    Niewiarygodne ilości danych biologicznych, generowanych codziennie w całej Europie, przyniosą największe korzyści społeczności naukowej, jeżeli będą łatwo dostępne i przechowywane przez czas nieokreślony. Na przykład wysokowydajne metody sekwencjonowania genomu działają tak szybko i mają tak wysoką potencjalną wartość dla wielu dyscyplin, że elastyczny, wielkoskalowy system przechowywania okazuje się coraz bardziej potrzebny. Bez niego istnieją obawy, że dane mogą zostać utracone.

    ELIXIR, paneuropejska infrastruktura będzie wymagać długofalowego udziału i wsparcia od wiodących, unijnych ośrodków bioinformatycznych. Koszt projektu szacuje się na ponad 228 mln EUR. W czerwcu rząd Szwecji jako pierwszy zapewnił długoterminowe finansowanie projektu, przekazując 19 mln SEK (1,7 mln EUR) poprzez Szwedzką Infrastrukturę Bioinformatyczną na rzecz Nauk Przyrodniczych (BILS).

    EBI, ośrodek brytyjski, który jest częścią Europejskiego Laboratorium Biologii Molekularnej (EMBL) z siedzibą w Niemczech, ma pełnić funkcję ośrodka centralnego w sieci ELIXIR. Projekt wykorzysta nowoczesne superkomputery i technologie sieciowe do stworzenia wydajnego środowiska przechowywania danych, które będą pozyskiwane z tysięcy laboratoriów. Dane będą następnie przechowywane i organizowane w taki sposób, aby były dostępne dla obecnych i przyszłych pokoleń naukowców zajmujących się naukami przyrodniczymi.

    Nowe wsparcie finansowe umożliwi EBI rozbudowywanie istniejących zasobów danych i infrastruktury informatycznej, aby przygotować się do obsługi tych przytłaczających swym ogromem zadań.

    "Decyzja Wlk. Brytanii o zainwestowaniu w projekt ELIXIR jest ważnym kamieniem milowym w tworzeniu infrastruktury do obsługi informacji biologicznych w Europie" - mówi profesor Janet Thornton, Dyrektor EMBL-EBI i koordynator projektu ELIXIR. "EBI będzie ośrodkiem łączącym węzły sieci ELIXIR, który wspomoże naukę europejską na styku biologii, informatyki i zarządzania danymi - jednych z najbardziej dynamicznych obszarów współczesnych badań naukowych.

    "Oznacza to w szczególności, że będziemy w stanie wdrożyć nowej generacji techniki obróbki i przechowywania danych, które poradzą sobie z zalewem danych biologicznych i wspomogą przyszłe działania w zakresie biologii podstawowej, medycyny, rolnictwa i nauk o środowisku" - dodaje.

    "Brytyjscy fundatorzy nauki i EMBL-EBI są zobowiązani do zapewnienia naszym naukowcom możliwości korzystania z najnowszych technologii informatycznych do przechowywania, uzyskiwania dostępu i analizowania potężnych ilości danych generowanych przez współczesną bionaukę, aby przekuć je następnie na wiedzę i informacje" - oświadczył Doug Kell, Przewodniczący BBSRC. "Dane stanowią klucz do opanowania niektórych z najpilniejszych problemów, takich jak wyżywienie rosnącej populacji na świecie, radzenie sobie ze zmianami klimatu i zapewnienie nowych, wysokoskutecznych metod leczenia o minimalnych skutkach ubocznych."

    Źródło: CORDIS

    Więcej informacji:

    Europejskie Laboratorium Biologii Molekularnej:
    http://www.embl.de/

    Europejska infrastruktura dla nauk przyrodniczych na rzecz informacji biologicznych:
    http://www.elixir-europe.org/

    Źródło danych: Europejskie Laboratorium Biologii Molekularnej; Europejska infrastruktura dla nauk przyrodniczych na rzecz informacji biologicznych
    Referencje dokumentu: Na podstawie informacji uzyskanych od Europejskiego Laboratorium Biologii Molekularnej i Europejskiej infrastruktury dla nauk przyrodniczych na rzecz informacji biologicznych

    Czy wiesz ĹĽe...? (beta)
    Janusz Marek Bujnicki (ur. 1975) – profesor nauk biologicznych, kierownik Laboratorium Bioinformatyki i Inżynierii Białka w Międzynarodowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie; kierownik grupy badawczej w Laboratorium Bioinformatyki Pracowni Bioinformatyki Instytutu Biologii Molekularnej i Biotechnologii Wydziału Biologii UAM w Poznaniu; członek Akademii Młodych Uczonych PAN; członek Komitetu Biologii Ewolucyjnej i Teoretycznej PAN i Komitetu Biochemii i Biofizyki PAN, członek-założyciel i wiceprezes (2008–2010) a następnie prezes (2011–2013) Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego; członek zarządu Society of Bioinformatics in Northern Europe, SocBiN; członek panelu Life, Environmental and Geo Sciences (LEGS) organizacji Science Europe; członek komitetu naukowego inicjatywy Innovative Medicines Initiative; redaktor wykonawczy, a wcześniej członek rady redakcyjnej czasopisma „Nucleic Acids Research”, zastępca redaktora sekcji w czasopiśmie "BMC Bioinformatics"; członek rady redakcyjnej czasopism „Journal of Applied Genetics”, „Database", „Journal of Nucleic Acids”; redaktor serii „Nucleic Acids and Molecular Biology”. Pierwszy polski laureat grantu w dziedzinie nauk biologicznych przyznawanego przez Europejską Radę ds. Badań Naukowych (ERC), zwycięzca pierwszej edycji plebiscytu "Polacy z Werwą" w kategorii Nauka. Centrum Danych (ang. Data Center) – budynek lub pomieszczenie przeznaczone do przechowywania działającej infrastruktury informatycznej: serwerów, urządzeń przechowywania danych (storage) oraz infrastruktury sieciowej. Projekt "The Europlanet Research Infrastructure - ERI" (Infrastruktura Naukowa Europlanet) jest czteroletnim projektem finansowanym ze środków Unii Europejskiej pod patronatem Siódmego Programu Strukturalnego. Od stycznia 2009 ERI ułatwia dostęp do infrastruktury naukowej z zakresu planetologii zwiększając wydajność pracy naukowców poprzez możliwość wspólnego korzystania z danych.

    Amazon Simple Storage Service (Amazon S3) - internetowy nośnik danych firmy Amazon, ma prosty w obsłudze interfejs WWW, który umożliwia dostęp do przechowywanych danych i zarządzanie nimi. Ilość przechowywanych danych jest praktycznie nielimitowana. Jakość i skalowalność infrastruktury Amazon S3 jest taka sama jak ta używana przez firmę Amazon do udostępniania i zarządzania własną, globalną siecią stron internetowych. Blob – w systemach zarządzania bazami danych: typ danych, który umożliwia przechowywanie dużych ilości danych binarnych jako pojedynczy obiekt w bazie danych, stosowany w szczególności do przechowywania danych multimedialnych, takich jak grafika, muzyka czy filmy.

    EuroFIR (European Food Information Resorce - Europejskie Źródło Informacji o Składzie Żywności) jest międzynarodowym stowarzyszeniem non-profit, które wspiera wykorzystanie istniejących oraz przyszłych źródeł danych dotyczących składu żywności poprzez współpracę i harmonizację jakości danych, ich funkcjonalności oraz spełnianie światowych standardów. EuroELIXIR to funkcjonujący w ramach Krajowej Izby Rozliczeniowej odpowiednik systemu ELIXIR pośredniczący w elektronicznej wymianie komunikatów o zleceniach płatniczych oraz wierzytelnościach w euro. System funkcjonuje na rynku krajowym oraz paneuropejskim, umożliwiając w ramach Jednolitego Obszaru Płatniczego w Euro wymianę danych z systemem STEP.

    System informacji marketingowych (SIM) - sformalizowany i powiązany wewnętrznie zespół osób, urządzeń oraz procedur stworzonych w celu zapewnienia uporządkowanego dopływu trafnych informacji ze źródeł wewnętrznych i zewnętrznych na potrzeby podejmowania decyzji marketingowych. To metoda ciągłego planowania, zbierania i przechowywania oraz analizy danych. System informacji marketingowej ułatwia podejmowanie dwóch kategorii decyzji: programowanych i nieprogramowanych. SIM powinien być okresowo weryfikowany w celu oceny wartości dostarczonych informacji i sformułowania zapotrzebowania na nowe informacje. Wyniki badań marketingowych i informacje uzyskane z systemu informacji marketingowej są względem siebie komplementarne. Ze względu na potrzebę sprawnego przetwarzania dużej liczby danych, SIM funkcjonuje zazwyczaj przy wykorzystaniu techniki komputerowej. Odzyskiwanie danych (ang. data recovery) – proces przywracania dostępu do danych zapisanych na dowolnym nośniku lub odtwarzaniu fizycznego zapisu w celu otrzymania pierwotnej struktury danych. W profesjonalnych laboratoriach, specjaliści są w stanie odzyskać dane utracone nawet w najcięższych przypadkach, jak pożar czy powódź. W chwili obecnej odzyskiwanie danych stało się jedną z wielu specjalności informatyki. Wymaga wiedzy z zakresu elektroniki, robotyki i automatyki, fizyki, programowania, oraz szeroko pojętych metod przechowywania danych: systemy bazodanowe, systemy plików i kryptologii.

    Instytut Biologii Roślin Uniwersytetu Wrocławskiego – istniejąca do kwietnia 2012 roku jednostka dydaktyczno-naukowa należąca do struktur Wydziału Nauk Biologicznych UWr.

    Pojęcie składu informatycznych nośników danych
    Zgodnie z rozporządzeniem Prezesa Rady Ministrów z dnia 18 stycznia 2011 r. w sprawie instrukcji kancelaryjnej, jednolitych rzeczowych wykazów akt oraz instrukcji w sprawie organizacji i zakresu działania archiwów zakładowych pod pojęciem składu informatycznych nośników danych rozumiany jest uporządkowany zbiór informatycznych nośników danych zawierających dokumentację w postaci elektronicznej. Przez informatyczny nośnik danych rozumie się materiał lub urządzenie służące do zapisywania, przechowywania i odczytywania danych w postaci cyfrowej. Podmiot publiczny, który organizuje przetwarzanie danych w systemie teleinformatycznym, musi stworzyć możliwość przekazywania danych także w postaci elektronicznej z wykorzystaniem informatycznych nośników danych lub środków komunikacji elektronicznej.

    Przesyłki przekazywane na informatycznym nośniku danych w systemie EZD (Elektroniczne Zarządzanie Dokumentacją)
    Przesyłki przekazywane na informatycznych nośnikach danych dzieli się na:

    CYTBIN (Cytowania w Bibliotekoznawstwie i Informacji Naukowej) – indeks cytowań w postaci bibliograficznej bazy danych. Pomysł budowy tej bazy zrodził się w 2002 roku w Zakładzie Bibliografii i Informacji Naukowej Uniwersytetu Śląskiego. Źródłem opisów do bazy są artykuły z czasopism naukowych i fachowych z zakresu bibliotekoznawstwa oraz informacji naukowej, takie jak: Bibliotekarz, Przegląd Biblioteczny, Praktyka i Teoria Informacji Naukowej i Technicznej, Roczniki Biblioteczne oraz Zagadnienia Informacji Naukowej. Wydział Biotechnologii Uniwersytetu Wrocławskiego (WB UWr) – jeden z 10 wydziałów Uniwersytetu Wrocławskiego powstały w 2006 roku w wyniku podziału Wydziału Nauk Przyrodniczych na trzy mniejsze jednostki organizacyjne i poprzez przekształcenie Instytutu Biochemii i Biologii Molekularnej. Kształci studentów na dwóch podstawowych kierunkach zaliczanych do nauk biologicznych na studiach stacjonarnych.

    W informatyce tablica mieszająca lub tablica z haszowaniem (ang. hash table, niekiedy błędnie tłumaczone jako "tablica haszująca") to struktura danych, która jest jednym ze sposobów realizacji tablicy asocjacyjnej, tj. abstrakcyjnego typu danych służącego do przechowywania informacji, w taki sposób aby możliwy był do nich szybki dostęp. Tablica mieszająca umożliwia również szybkie porównywanie danych, np. fragmentów tekstów, plików. Usługa metakatalogu służy przepływowi danych między jednym lub więcej serwerem usług katalogowych i baz danych w celu zapewnienia synchronizacji danych. Jest ważną częścią systemów zarządzania tożsamością. Synchronizowane dane to zwykle profile użytkowników i informacje o polisach i autoryzacji. Większość implementacji metakatalogu synchronizuje dane do minimum jednego serwera usług katalogowych by zapewnić aplikacjom działającym w oparciu o katalogi, takim jak pojedyncze logowanie, dostęp do bieżących danych nawet jeśli źródłowe dane nie znajdują się w katalogu.

    Krajowy System Informacji o Terenie – zakładany jest i prowadzony przez Głównego Geodetę Kraju dla obszaru całego kraju, a na szczeblach województwa i powiatu, przez marszałka województwa i starostę. Dla tych obszarów zakłada się bazy danych zawierające stosowne dane, bazy metadanych obejmujące istniejące bazy danych systemów już istniejących, a także inne dane związane ze statusem prawnym systemu. Datagram – blok danych pakietowych przesyłany przez sieć komunikacyjną między komputerami lub abonentami sieci, zawierający wszelkie niezbędne informacje do przesłania danych z hosta źródłowego do hosta docelowego, bez konieczności wcześniejszej wymiany informacji przez te hosty. Podstawowa jednostka przesyłania danych w sieciach pakietowych, w których czas i kolejność dostarczenia kolejnych jednostek danych nie są gwarantowane.

    Portal korporacyjny (ang. corporate portal) – zintegrowany interfejs użytkownika stanowiący rozwinięcie stron WWW, a służący wymianie informacji, zarządzaniu wiedzą w firmie oraz realizacji różnych transakcji biznesowych. Stanowi punkt dostępu do wszystkich zasobów informacyjnych oraz wykorzystywanych aplikacji. Integruje on systemy i technologie informatyczne, dane, informację i wiedzę, funkcjonujące w organizacji oraz jej otoczeniu, w celu umożliwienia użytkownikom spersonalizowanego i wygodnego dostępu do danych, informacji, wiedzy, stosownie do wynikających z ich zadań potrzeb, w dowolnym miejscu i czasie, w bezpieczny sposób i poprzez jednolity interfejs. Bardziej zaawansowane portale funkcjonują jako rozbudowane miejsce pracy (ang. workplace), gwarantujące pracę grupową oraz wymianę dokumentów.

    Dodano: 27.08.2009. 15:11  


    Najnowsze