• Artykuły
  • Forum
  • Ciekawostki
  • Encyklopedia
  • Naukowcy finansowani ze środków unijnych walczą z rakiem szyjki macicy

    24.01.2009. 16:15
    opublikowane przez: Maksymilian Gajda

    Rak szyjki macicy jest drugim najczęściej występującym rodzajem raka na świecie. Każdego roku w samej tylko Europie chorobę tę diagnozuje się u około 60.000 kobiet, z czego około połowa przypadków okazuje się śmiertelna. Zduszenie choroby w zarodku jest trudne, jeżeli nie jest odpowiednio wcześnie wykryta i leczona. Finansowany ze środków unijnych na kwotę 2,63 mln EUR projekt ASSIST (Badania asocjacyjne wspierane przez technologie inferencyjne i semantyczne) ma na celu rozwiązanie tego problemu poprzez budowanie mostów technologicznych między ośrodkami medycznymi specjalizującymi się w diagnozowaniu i leczeniu raka szyjki macicy oraz wspieranie wymiany danych i rozbudowę magazynu danych.

    Choć naukowcy przyznają, że wirus brodawczaka ludzkiego (HPV) jest głównym czynnikiem ryzyka w przypadku raka szyjki macicy, zgadzają się także z tym, że nie jest jednym. Naukowcy analizowali rolę konkretnych czynników genetycznych i środowiskowych w determinowaniu odporności HPV i późniejszego postępowania choroby. Wcześniejsze badania wskazywały na mechanizmy patogeniczne, które mogłyby dostarczyć nowych znaczników ryzyka, diagnozy i prognozy oraz ewentualnie poprowadzić do nowych celów terapii.

    Projekt ASSIST zmierza do połączenia różnych rodzajów danych zebranych przez naukowców; zautomatyzowania procesu ewaluacji hipotez medycznych; stworzenia silnika inferencyjnego, który potrafi przetworzyć materiał od strony statystycznej; zebrania razem magazynów z danymi pacjentek instytucji uczestniczących w projekcie; oraz opracowania narzędzi graficznych dla naukowców prowadzących badania medyczne, aby za ich pomocą mogli zamieszczać swoje zapytania.

    Naukowcy prowadzący projekty medyczne korzystają z badań asocjacyjnych w celu zidentyfikowania czynników, które są wspólne dla różnych chorób. Uwzględniają dane kliniczne z badań szpitalnych, dane nt. trybu życia (np. o paleniu tytoniu i sposobie odżywiania się) oraz dane genetyczne. Porównują również dane pacjentek z danymi kobiet zdrowych.

    "Naszym celem jest umożliwić prowadzącym naukowe badania medyczne w specjalistycznych szpitalach i centrach medycznych wzajemny dostęp do swoich danych, które można połączyć w większy zbiór do wykorzystania podczas prowadzonych prac" - mówi profesor Pericles Mitkas z Centrum Badań i Technologii - Hellas, Instytut Informatyki i Telematyki, Grecja. "Problem w tym, że każdy szpital korzysta z różnych formatów, różnych reguł przechowywania danych, nawet w przypadku tych samych badań" - komentuje koordynator projektu. "Nawet w jednym szpitalu każdy lekarz może stosować własne praktyki w tym zakresie."

    Jak zauważa profesor Mitkas, największym dotychczasowym sukcesem projektu ASSIST jest pogłębienie dialogu między lekarzami, biologami molekularnymi i informatykami. "Rozmawiają ze sobą i w końcu zaczynają wzajemnie rozumieć swoje technikalia" - wyjaśnia.

    W pierwszej części projektu wzięły udział trzy szpitale - z Belgii, Niemiec i Grecji. Po uzgodnieniu wspólnej terminologii i sposobu przedstawiania danych i uzyskiwania do nich dostępu, zespół badawczy opracował prototypową platformę programistyczną, dzięki której naukowcy otrzymują dane w żądanym formacie. "Korzystamy z reprezentacji semantycznej, czyli przypisujemy interpretacje poszczególnym wartościom, aby umożliwić komputerowi zrozumienie, do czego odnosi się każda z nich" - mówi kierownik projektu.

    "Stosujemy także interpretację wartości subiektywnych, jak np. wysokie lub niskie ryzyko czy poważny lub lekki przypadek, a także techniki inferencyjne, opierające się na zbiorze reguł medycznych podanych przez lekarzy, aby umożliwić komputerowi rozróżnienie, które wyniki są ważniejsze od innych" - dodaje. "Na przykład, wyniki biopsji będą bardziej rozstrzygające niż wyniki testu PAP i mogą wskazać na stan przedrakowy, którego PAP nie wykazał."

    Prototypowa platforma ASSIST umożliwiła naukowcom dostęp do danych pacjentek z oddziałów ginekologicznych i położniczych trzech szpitali. "Ciągle dodajemy nowe funkcje, ale przynajmniej lekarze mają już teraz coś, z czym można pracować i co można analizować" - mówi profesor Mitkas.

    "Wraz z rozwojem projektu, zrozumienie ścieżki choroby i czynników, jakie na nią wpływają, pomoże poszczególnym lekarzom na wcześniejszą diagnozę, profilaktykę poprzez udzielanie wskazówek pacjentkom, a także opracowanie leków i procedur terapeutycznych" - dodaje. "Ale ASSIST to przede wszystkim narzędzie dla naukowców prowadzących badania medyczne, których wyniki przyniosą pożytek wszystkim kobietom."

    Więcej informacji:

    ASSIST:
    http://assist.ee.auth.gr/

    CORDIS
    url: http://cordis.europa.eu/fetch?CALLER=PL_NEWS&ACTION=D&SESSION=&RCN=30378
    Źródło danych: Wyniki TIK
    Referencje dokumentu: Na podstawie informacji uzyskanych z Wyników TIK

    Czy wiesz ĹĽe...? (beta)
    Rak szyjki macicy (łac. carcinoma cervicis uteri, ang. cervical cancer) – pierwotny nowotwór złośliwy szyjki macicy. Inwazyjnego raka szyjki macicy poprzedza stan zwany wewnątrznabłonkową neoplazją szyjki macicy (ang. cervical intraepithelial neoplasia, CIN, dawniej określany jako dysplazja szyjki macicy albo rak przedinwazyjny). CIN może ulegać progresji do raka inwazyjnego, sama nie stanowiąc zagrożenia dla zdrowia kobiety; stąd tak istotne jest wczesne wykrycie tych zmian w badaniu cytologicznym rozmazu z pochwowej części szyjki macicy. Zakażenie ludzkim wirusem brodawczaka (HPV) jest koniecznie do rozwinięcia się raka szyjki macicy prawie we wszystkich przypadkach. Dwa typy wirusa: 16 i 18 są odpowiedzialne za około 70% przypadków raka szyjki macicy. Monitor badań klinicznych (ang. Clinical Research Associate, CRA) – pracownik firmy sponsorującej badanie kliniczne lub jego przedstawiciel np. firma CRO (Contract Research Organization), którego głównym zadaniem jest monitorowanie badania. Monitor badań klinicznych jest odpowiedzialny za ocenę zgodności prowadzonego badania klinicznego z zasadami Dobrej Praktyki Klinicznej, zapewnienie przestrzegania protokołu badania, czuwanie nad bezpieczeństwem pacjentów uczestniczących w badaniu w tym prawidłowe raportowanie ciężkich zdarzeń niepożądanych, wyjazdy monitorujące do ośrodków badawczych, weryfikowanie danych wpisanych do Karty Obserwacji Klinicznej z historią choroby pacjenów, kontrolę gospodarki badanym produktem, raportowaniem po każdej wizycie monitorującej faktycznego stanu badania w poszczególnych ośrodkach badawczych, rejestrację badania w Urzędzie Rejestracji Produktów Leczniczych, Wyrobów Medycznych i Preparatów Biobójczych i Komisji Bioetycznej oraz rutynowymi kontaktami z zespołem badawczym każdego ośrodka uczestniczącego w badaniu. Jakość uzyskiwanych danych przez ośrodki badawcze jest na bieżąco kontrolowana przez Monitora Badań Klinicznych, jest to pierwsza osoba weryfikująca wiarygodność danych. Informacja geologiczna - dane i próbki geologiczne wraz z wynikami ich przetworzenia i interpretacji, w szczególności przedstawione w dokumentacjach geologicznych oraz zapisane na informatycznych nośnikach danych (art. 6 ust. 1 pkt 2 PGG). "Pochodzą one zarówno z badań geologicznych (metody, wyniki, sporządzone mapy, dane tabelaryczne, wyniki analiz i syntez), jak i z etapu projektowania badań oraz ich dalszego przetworzenia i interpretacji (czyli dalszych badań, analiz, syntez itd.)".


    Szczepionka przeciw wirusowi brodawczaka ludzkiego – jest to szczepionka przeciwko wirusom HPV 16 i 18 (szczepionka dwuwalentna i czterowalentna), czyli najbardziej onkogennymi typami wirusa, odpowiedzialnymi za zwiększone prawdopodobieństwo zachorowania na raka szyjki macicy i raka prącia, oraz przeciwko wirusowom HPV 6 i 11 (tylko szczepionka czterowalentna), odpowiedzialnymi za powstawanie kłykcin kończystych.. DMP (Data Management Platform) jest to platforma do zarządzania danymi z różnych źródeł, w celu przetworzenia ich i udostępnienia dla platform zakupowych (DSP) i sprzedażowych (SSP). Daje centralną kontrolę nad procesami przetwarzania i analizy danych oraz realizacji kampanii, umożliwiając optymalizację działań marketingowych ukierunkowaną na dotarcie do większej liczby pożądanych klientów. Dane z platformy zawierają informacje, które reklamodawcy mogą wykorzystać do podjęcia decyzji czy chcą emitować reklamę właśnie temu użytnikowi.

    Operacyjne bazy danych - bazy wykorzystywane wszędzie tam, gdzie istnieje potrzeba nie tylko na gromadzenie danych, ale również na możliwość ich modyfikowania. Ten typ baz przechowuje dane dynamiczne, tzn. takie, które ulegają ciągłym zmianom i przedstawiają aktualny stan rzeczy, której dotyczą. Zazwyczaj to ten typ bazy można spotkać w różnych organizacjach i firmach. Przykładem takiej bazy danych są np. bazy inwentaryzacyjne lub bazy obsługi zamówień. Protokół komunikacyjny to zbiór ścisłych reguł i kroków postępowania, które są automatycznie wykonywane przez urządzenia komunikacyjne w celu nawiązania łączności i wymiany danych.

    Technologia Remoting umożliwia łączenie się z usługami znajdującymi się w innym miejscu (na tym samym lub innym komputerze). Remoting różni się od usług WWW tym, że pozwala komunikować się także przez kanał TCP i umożliwia dostosowywanie przekazywanych danych oraz sposobu transportu do własnych potrzeb. Dane można przekazywać również w postaci binarnej, czego nie można robić w przypadku usług WWW. Technologia Remoting jest dużo bardziej elastyczna od usług WWW, ale nie może ich zastąpić. Problem obliczeniowy, zadanie obliczeniowe – zadanie, które może być rozwiązane za pomocą komputera lub innej maszyny liczącej. Na opis p.o. składają się: zbiór danych wejściowych (ang. input) oraz warunki, jakie ma spełniać wynik, czyli dane wyjściowe (ang. output). Bardziej formalnie przez p.o. możemy rozmumieć funkcję, która przekształca zbiór danych wejściowych na zbiór danych wyjściowych. Pojęcie problemu obliczeniowego leży u podstaw informatyki rozumianej jako nauki zajmującej się przetwarzaniem informacji, gdyż praktycznie każde zadanie informatyczne można rozważać jako p.o.

    Zaniedbywanie miarodajności (ang. base rate neglect lub base rate fallacy)) – błąd logiczny polegający na podejmowaniu decyzji w oparciu o dane, które są nieistotne, i pomijaniu danych, które są istotne – w szczególności, gdy dane statystyczne na temat miarodajności tych danych są dostępne. Zaniedbanie miarodajności jest spowodowane tym, że ludzie opierają szacunki wiarygodności testu w oparciu o jego czułość i swoistość, które są cechami samego testu, a nie wartość predykcyjną, która zależy od testu oraz danych.

    Usługa metakatalogu służy przepływowi danych między jednym lub więcej serwerem usług katalogowych i baz danych w celu zapewnienia synchronizacji danych. Jest ważną częścią systemów zarządzania tożsamością. Synchronizowane dane to zwykle profile użytkowników i informacje o polisach i autoryzacji. Większość implementacji metakatalogu synchronizuje dane do minimum jednego serwera usług katalogowych by zapewnić aplikacjom działającym w oparciu o katalogi, takim jak pojedyncze logowanie, dostęp do bieżących danych nawet jeśli źródłowe dane nie znajdują się w katalogu.

    Notatki kodowe – stanowią ważny instrument w procesie kodowania otwartego, zgodnie teorią ugruntowaną, która wykorzystywana jest podczas analizy danych jakościowych. Są formułowane jako pojedyncze fragmenty danych, które zostały połączone w różne klasy lub kategorie wraz z systemem ich wyszukiwania. Kategorie kodowe dopuszczają kodowanie danych w celu testowania hipotez, wynikających z wcześniej przyjętych teorii. Badacze tworzą kody posiłkując się bezpośrednim wglądem w dane oraz ich dokładną analizą. Gęstość zapisu (ang. computer storage density) jest miarą ilości informacji (wyrażonej w liczbie bitów), którą można zapisać na określonej długości ścieżki, jednostce powierzchni lub objętości nośnika danych. Generalnie większa gęstość jest bardziej pożądana, gdyż umożliwia zapisanie większej ilości informacji w ramach tej samej dostępnej fizycznej przestrzeni. Wpływa ona bezpośrednio na pojemność nośnika danych, a pośrednio także na jego wydajność oraz cenę.

    Dodano: 24.01.2009. 16:15  


    Najnowsze