Przedsiębiorcy i chemicy uzgadniają nową normę dla bioaktywnych molekuł :: Artykuły / Polski Serwis Naukowy

Polecamy również:

Eksperci: leki homeopatyczne nie wywołują działań niepożądanych

Konferencja nt. programatycznego dostępu do biologicznych baz danych, Cambridge, Wlk. Brytania

ELIXIR ułatwi biologom dostęp do biologicznych baz danych

Drugie warsztaty nt. systemów rekomendujących i baz danych, Wiedeń, Austria

Konferencja na temat inteligentnej analizy danych, Porto, Portugalia

Dostępność danych cyfrowych w przyszłości

Przedstawiciele firm farmaceutycznych, dostawcy zasobów danych i grupy akademickie osiągnęli porozumienie w sprawie nowej normy opisującej oddziaływanie związku chemicznego na jednostkę biologiczną, której szczegóły zaprezentowano w nowym artykule opublikowanym w czasopiśmie Nature Review Drug Discovery.

Mimo iż grupy farmaceutyczne, biotechnologiczne i akademickie generują ogromne ilości danych na temat biologicznych właściwości molekuł, takich jak leki, pestycydy czy dodatki do żywności, te użyteczne dane często nie są odpowiednio raportowane, co prowadzi do powtórzeń oraz straty czasu i zasobów. Obecnie kluczowe dane często nie pojawiają się w publikowanej literaturze lub są przedstawiane w niespójnych formatach.

Tutaj do akcji wkracza MIABE (Minimum Informacji o Jednostce Bioaktywnej) - rozwiązanie zaproponowane przez międzynarodowe konsorcjum różnych podmiotów, od przedsiębiorstw, poprzez firmy farmaceutyczne i dostawców komercyjnych danych biologicznych, po środowisko akademickie, na czele którego stoi Europejski Instytut Bioinformatyki (EBI) w Wlk. Brytanii, część Europejskiego Laboratorium Biologii Molekularnej (EMBL).

Nowa norma jest w gruncie rzeczy definicją wytycznych sprawozdawczych dotyczących jednostek bioaktywnych, a jej wypracowanie oznacza, że nastąpiło otwarcie śluzy i potok informacji o małych molekułach stanie się dostępny na zasadzie własności publicznej. W dziedzinie chemii przełoży się to miejmy nadzieję na ogromne postępy w opracowywaniu leków. Zespół ufa, że ten nowy standard umożliwi intensyfikację wymiany danych publicznych o udanych odkryciach leków i niepowodzeniach w tym zakresie.

Prace nad normą otrzymały również wsparcie ze środków unijnych na kwotę 1.476.384 EUR w ramach projektu PSIMEx (Inicjatywa w zakresie standardów proteomiki i międzynarodowa wymiana danych molekularnych) realizowanego w obrębie tematu "Zdrowie" Siódmego Programu Ramowego (7PR). Projekt PSIMEx, przewidziany do 2013 r., wspiera rozmaite działania, które wnoszą wkład w osiągnięcie nadrzędnego celu, jakim jest dostępność danych o interakcjach molekularnych w formacie cyfrowym. Partnerzy projektu z Chin, Francji, Hiszpanii, Niemiec, Szwajcarii, Szwecji, USA, Wlk. Brytanii i Włoch planują dalsze prace nad istniejącą normą interakcji molekularnych, opracowaną w 2002 r. w ramach inicjatywy na rzecz standardów proteomiki HUPO, która definiuje wspólnotowe standardy prezentacji danych w proteomice w celu ułatwienia ich porównywania, wymiany i weryfikacji.

Projekt PSIMEx stawia sobie również za cel promowanie wdrażania tej normy w całym łańcuchu od planowania doświadczeń, poprzez formatowanie i analizę danych, po przedstawianie ich w publikacjach zamieszczanych w czasopismach i publicznych bazach danych. Wiąże się to z organizowaniem szkoleń dla użytkowników w zakresie minimalnych wymogów, jakie musi spełniać publikacja danych o interakcjach molekularnych oraz szkoleń i wymiany dla administratorów baz danych uczestniczących w programie.

Twórcy normy MIABE podkreślają, że dla odpowiedniej analizy jakichkolwiek zgromadzonych danych nieodzowna jest ich porównywalność. Dogłębniejsze poznanie tego, co decyduje o skutecznym działaniu leków można zyskać poprzez zestawienie danych z dużej liczby programów odkrywania leków i jak wyjaśnia dr John Overington z EMBL-EBI: "Mamy nadzieję, że MIABE umożliwi wzrost ilości danych dostępnych do analizy o rząd wielkości. Doświadczenia z innymi standardami pokazały, że im więcej grup je przyjmuje, tym ilość użytecznych danych dostępnych dla naukowców wzrasta w postępie geometrycznym."

Opracowanie tego nowego standardu niesie ze sobą również konsekwencje ekonomiczne.
"Zwiększona dostępność danych zgodnych ze standardem pomoże firmom usprawnić procesy decyzyjne" - zauważa autor raportu z badań, dr Dominic Clark z EMBL-EBI. "Branża staje się coraz bardziej uzależniona od danych będących własnością publiczną. Dysponowanie zestawem zasad i standardów uprości integrację danych i pomoże w kontrolowaniu kosztów."

Niemniej udostępnianie danych na zasadzie własności publicznej nie polega jedynie na zyskaniu wiedzy o "udanych" jednostkach biologicznych. Identyfikowanie i opracowywanie molekuł z użytecznymi właściwościami bioaktywnymi, jak środki farmaceutyczne, pestycydy czy dodatki do żywności, nigdy nie było prostym zadaniem i jedynie kilka nowych leków objętych badaniami zakwalifikuje się do etapu zatwierdzonego zastosowania klinicznego, niemniej naukowcy potrzebują informacji o molekułach, które nie dotarły do ostatniego etapu i powodach tego stanu rzeczy.

Niektóre molekuły nie są wprowadzane na rynek na przykład z powodu braku skuteczności lub niespodziewanych skutków ubocznych bądź toksyczności. Pestycydy, które wywołują negatywne skutki uboczne u organizmów innych niż ich pierwotny cel albo dodatki do żywności, takie jak sterole roślinne, które stanowią przedmiot niezwykle rygorystycznych regulacji, są również często blokowane.

Niedawnym przykładem obrazującym pozytywne skutki szerokiego dostępu do informacji na temat bioaktywnych związków chemicznych było opublikowanie danych przez firmy farmaceutyczne GlaxoSmithKline i Novartis oraz przez St Jude Children's Research Hospital w USA, dotyczących ponad 14.000 związków chemicznych przeciwdziałających aktywnie pasożytowi odpowiedzialnemu za rozprzestrzenianie malarii. Teraz dane te są dostępne w bazie danych ChEMBL, gromadzącej informacje o bioaktywnych, małych molekułach podobnych do leków, które zostały opracowane przy wsparciu 7PR i unijnej inicjatywy w zakresie leków innowacyjnych (IMI). Dane z tej bazy danych zostały wykorzystane w przesiewowych badaniach chemogenomicznych, dzięki którym zidentyfikowano białka Schistosoma mansoni, przeciwko którym mogą działać istniejące leki. Zyskano przez to nadzieję, że znane metody terapeutyczne można by wykorzystać do leczenia schistosomatozy, zaniedbanej choroby tropikalnej, na którą choruje obecnie 210 mln ludzi w 76 krajach na świecie.

W następstwie opracowania normy MIABE chemicy mają nadzieję, że tego typu sukcesy będą się pojawiać bardziej systematycznie.

Za: CORDIS

komentuj publikację

Czy wiesz że...?

wersja BETA

Normalizacja bazy danych jest to proces mający na celu eliminację powtarzających się danych w relacyjnej bazie danych. Główna idea polega na trzymaniu danych w jednym miejscu, a w razie potrzeby linkowania do danych. Taki sposób tworzenia bazy danych zwiększa bezpieczeństwo danych i zmniejsza ryzyko powstania niespójności (w szczególności problemów anomalii). pełny tekst

Model bazy danych zbiór zasad (specyfikacji), opisujących strukturę danych w bazie danych. Określane są również dozwolone operacje. Definiuje się strukturę danych poprzez specyfikację reprezentacji dozwolonych w modelu obiektów (encji) oraz ich związków. W informatyce głównymi modelami baz danych są: pełny tekst

Temporalna baza danych - baza danych posiadająca informację o czasie wprowadzenia lub czasie ważności zawartych w niej danych. Temporalne bazy danych są często administrowane automatycznie, poprzez usuwanie nieaktualnych danych lub ich archiwizowanie. pełny tekst

Eksploracja danych (spotyka się również określenie drążenie danych, pozyskiwanie wiedzy, wydobywanie danych, ekstrakcja danych) (ang. data mining) - jeden z etapów procesu odkrywania wiedzy z baz danych (ang. Knowledge Discovery in Databases, KDD). Idea eksploracji danych polega na wykorzystaniu szybkości komputera do znajdowania ukrytych dla człowieka (właśnie z uwagi na ograniczone możliwości czasowe) prawidłowości w danych zgromadzonych w hurtowniach danych. pełny tekst

Moduł "Czy wiesz że...?" (wersja testowa, beta): definicje/pojęcia wygenerowane w obrębie tego modułu pochodzą z Wikipedii i udostępniane są na licencji Creative Commons: uznanie autorstwa, na tych samych warunkach, z możliwością obowiązywania dodatkowych ograniczeń. Dostęp do pełnej wersji każdego hasła (oraz dokładnch informacji na temat licencji, autora oraz edycji) możliwy jest po kliknięciu w odnośnik opisany jako "pełny tekst".