• Artykuły
  • Forum
  • Ciekawostki
  • Encyklopedia
  • Europejczycy opracowali oprogramowanie typu open-source dla bionaukowców

    28.06.2012. 17:17
    opublikowane przez: Redakcja Naukowy.pl

    Przetwarzanie danych z bioobrazowania właśnie stało się łatwiejsze dzięki nowemu oprogramowaniu typu open-source do wielowymiarowej wizualizacji, przetwarzania i analizy obrazów, opracowanym przez zespół fińskich i niemieckich naukowców. Oprogramowanie o nazwie BioImageXD, nad którym prace trwały 10 lat, umożliwia analizę komórek i funkcji tkanek, w tym sposobu poruszania się molekuł po powierzchni komórek i ich wiązania się. Badania, których wyniki zaprezentowano w czasopiśmie Nature Methods, zostały dofinansowane z grantu przyznanego z budżetu Siódmego Programu Ramowego (7PR).

    Naukowcy z Turku i Jyväskylä w Finlandii oraz z Drezna w Niemczech zapewniają naukom przyrodniczym przewagę, wyposażając je w oprogramowanie umożliwiające analizę składu powierzchni komórkowej. Oprogramowanie pozwala również naukowcom badać rozprzestrzenianie się komórek nowotworowych w trójwymiarowym (3D) środowisku oraz ustalać, na ile skutecznie wirusy i leki ukierunkowane przenikają do komórek, co jak do tej pory było niewykonalne.

    Bionauka i badania biomedyczne nabierają dynamiki, dzięki pracom nad obrazowaniem komórek i tkanek za pomocą innowacyjnych i wyspecjalizowanych mikroskopów. Najnowocześniejsza technologia zaopatrzyła także naukowców w narzędzia do doskonalszej analizy żywych komórek.

    Aby móc je prawidłowo wyświetlić, obrazy mikroskopowe muszą zostać przekształcone na modele 3D. Obrazy 3D dostarczają kluczowych informacji, tym niemniej wiarygodne dane naukowe wymagają wartości liczbowych, nadających się do wykorzystania w obliczeniach matematycznych, w których z kolei mogą być użyte obszerne zestawy danych.

    I tutaj do akcji wkraczają fińscy i niemieccy naukowcy, którzy wygenerowali precyzyjne specyfikacje softwareowe do przetwarzania danych z obrazów. Kluczowy element? Oprogramowanie musiało opierać się na zasadach open-source, aby być łatwo dostępne dla wszystkich naukowców. Rezultat? BioImageXD.

    BioImageXD może pomóc naukowcom w generowaniu całkowicie nowych metod analiz, przetwarzać jednocześnie niezliczone obrazy i analizować miliony molekuł. Według relacji zespołu testy porównawcze pokazały, że oprogramowanie BioImageXD jest szybsze i czulsze od innych, podobnych programów.

    Zespół badawczy z Uniwersytetu Jyväskylä, pracujący pod kierunkiem Jyrkiego Heino, rozpoczął prace nad BioImageXD około dziesięć lat temu. W tym okresie naukowcy usprawniali i optymalizowali oprogramowanie Pasi Kankaanpää, który pracuje obecnie w Centrum Biotechnologii w Turku jako koordynator Cell Imaging Core w Finlandii, kierował projektem.

    Badania otrzymały wsparcie z Akademii Fińskiej i Fińskiej Agencji Finansowania Technologii i Innowacji.

    Za: CORDIS

    Czy wiesz ĹĽe...? (beta)
    Definicja Otwartego Źródła (ang. Open Source Definition) - definicja używana przez Open Source Initiative aby określić, czy licencję programu można uznać za Otwarte Oprogramowanie (open source). Wolne i Otwarte Oprogramowanie (ang. Free Libre/Open Source Software, także FOSS, FLOSS, po polsku również WiOO) – neutralny skrót pozwalający objąć jednym mianem zarówno Wolne Oprogramowanie (ang. Free Software) jak i Otwarte oprogramowanie (ang. Open Source), używany najczęściej w dokumentach urzędowych i oficjalnych analizach. Oprogramowanie zamknięte, prawnie zastrzeżone (ang. proprietary software) – oprogramowanie objęte restrykcjami dotyczącymi używania, kopiowania lub modyfikacji, rozpowszechniane zwykle w postaci binarnej, bez kodu źródłowego. Pojęcie przeciwstawne oprogramowaniu Open Source lub Wolnemu Oprogramowaniu.

    Oprogramowanie do pracy grupowej (ang. groupware, oprogramowanie grupowe, oprogramowanie do pracy zespołowej) – oprogramowanie, którego celem jest wspomaganie pracy grupowej realizowanej zarówno przez użytkowników pracujących w jednym miejscu jak i rozproszonych geograficznie. Oprogramowanie takie umożliwia użytkownikom jednoczesną pracę na wspólnych danych oraz udostępnia mechanizmy pozwalające na koordynację działań oraz śledzenie ich przebiegu. Oprogramowanie zamknięte, prawnie zastrzeżone (ang. proprietary software) – oprogramowanie objęte restrykcjami dotyczącymi używania, kopiowania lub modyfikacji, rozpowszechniane zwykle w postaci binarnej, bez kodu źródłowego. Pojęcie przeciwstawne oprogramowaniu Open Source lub Wolnemu Oprogramowaniu.

    SPSS (oryginalnie: Statistical Package for the Social Sciences; obecnie ta nazwa nie jest używana) – rozwijane od 1968 r. oprogramowanie do statystycznej analizy danych. Poza badaniami naukowymi jest często wykorzystywane w badaniach rynku i opinii, badaniach epidemiologicznych. OLAP (ang. OnLine Analytical Processing) – oprogramowanie wspierające podejmowanie decyzji, które pozwala użytkownikowi analizować szybko informacje zawarte w wielowymiarowych widokach i hierarchiach. Narzędzia OLAP są często używane do wykonywania analiz trendów sprzedaży, czy też analiz finansowych (hurtownia danych). Są też przydatne do wstępnego przeglądania zbioru danych przez analityka we wstępnej fazie analiz statystycznych.

    GRASS GIS (Geographic Resources Analysis Support System) – opracowany przez US Army CERL program do tworzenia, analizy i przetwarzania danych geoprzestrzennych, działający w środowisku Uniksa. Jest programem Open Source.

    Dodano: 28.06.2012. 17:17  


    Najnowsze