• Artykuły
  • Forum
  • Ciekawostki
  • Encyklopedia
  • Europejska infrastruktura biobanków w prototypie systemu do 2010 r.

    27.06.2012. 18:37
    opublikowane przez: Redakcja Naukowy.pl

    Infrastruktura Biobanków i Zasobów Biomolekularnych (BBMRI) zrobiła milowy krok naprzód wraz z zakończeniem przeglądu ponad 300 głównych biobanków europejskich. Kierownicy projektu, profesor Kurt Zatloukal z Akademii Medycznej w Grazu, Austria, i profesor Eero Vuorio z Uniwersytetu w Turku, Finlandia rozmawiali z CORDIS News o aktualnych działaniach BBMRI zmierzających do udostępnienia naukowcom łącznej zawartości biobanków oraz opracowania prototypu systemu, który jak mają nadzieję, będzie operacyjny przed końcem 2010 r.

    Etap przygotowawczy BBMRI jest finansowany na kwotę 5 mln EUR z Siódmego Programu Ramowego (7PR) UE jako jedna z wielu ważnych infrastruktur badawczych o zasięgu paneuropejskim. Celem BBMRI jest zapewnienie naukowcom dostępu do ogólnoeuropejskiego zbioru biomedycznych próbek i danych sprawdzonych pod względem jakości, które będzie można wykorzystywać do opracowania terapii i profilaktyki chorób człowieka.

    "Po raz pierwszy dysponujemy realną mapą, czy też krajobrazem, rodzajów zasobów, jakie są faktycznie dostępne w Europie" - powiedział profesor Zatloukal o niedawnym przeglądzie biobanków. Tworząca się infrastruktura badawcza obejmuje 51 instytucji uczestniczących i 190 organizacji stowarzyszonych, które w sumie reprezentują 30 państw unijnych i krajów stowarzyszonych.

    Kolejnym krokiem w projekcie jest opracowanie prototypowego systemu we współpracy z najbardziej zaawansowanymi biobankami, które stwarzają najmniej trudności, po czym dołączanie kolejnych, kiedy będą gotowe. Partnerzy projektu spodziewają się, że prototyp, który wypełni lukę między etapem planowania a wdrażania, będzie funkcjonować przed końcem 2010 r.

    "To jedna z tych dziedzin, w której Europa wyraźnie wyprzedza wszystkich swoich konkurentów" - powiedział profesor Vuorio. "Dysponujemy większą liczbą próbek i danych je opisujących niż jakikolwiek inny obszar na świecie. Europa ma długą tradycję gromadzenia próbek, co stanowi jej główną przewagę. Prawdziwym celem jest teraz postarać się, aby jak najlepiej wykorzystać posiadaną przewagę."

    "Mamy znakomite możliwości w Europie, ponieważ wszystkie sześć infrastruktur nauk przyrodniczych, znajdujących się obecnie na etapie przygotowawczym, w tym także te włączone do nowej mapy drogowej, posiada duże możliwości synergii" - dodał profesor Zatloukal. Na przykład każda infrastruktura wymaga rozwiązań w zakresie bioinformatyki, a większość z nich potrzebuje biobanków, w czym może pomóc BBMRI. Infrastruktury mogą mieć "znaczny wpływ na zwiększenie europejskiej konkurencyjności w globalnym kontekście" - jak mówi.

    Profesor Vuorio podkreślił wagę odpowiedniego kodowania wszystkich próbek, aby chronić prywatność pacjentów, gdyż naukowcy - jak zauważył - są zainteresowani dużymi grupami, a nie pojedynczymi osobami. "Musimy usunąć wszystkie identyfikatory, aby naukowcy nie byli w stanie określić tożsamości [?] osoby, która jest źródłem próbek przeznaczonych do badań" - dodaje profesor Zatloukal. Celem jest zebranie wysoce rozproszonych danych, które są gromadzone w szpitalach uniwersyteckich i państwowych ośrodkach badawczych oraz zapewnienie powszechnego dostępu do nich. Interfejs internetowy wykorzystywany przez naukowców, którzy planują swoje projekty, udostępniać będzie wyłącznie dane dotyczące grup osób o tej samej charakterystyce - zauważył - a nie informacje związane z konkretną osobą.

    Odnosząc się do wyzwań, jakie stają obecnie przed partnerami projektu, profesor Vuorio powiedział: "Co zaskakujące, kwestie techniczne są najprostsze". Jednym z głównych wyzwań informatycznych jest maksymalizacja wartości próbek poprzez przypisanie im jak największej możliwej liczby istotnych informacji, co nie jest proste, ponieważ próbki zebrane dawno temu mogą nie być opatrzone danymi, które obecnie uznano by za kluczowe. "Robiono to na różne sposoby w różnych krajach i zazwyczaj w miejscowym języku" - wyjaśnił profesor Vuorio. Kolejnym problemem jest stworzenie zharmonizowanej bazy danych, wykorzystującej informacje przechowywane w systemach, które nie są obecnie kompatybilne.

    Ocena jakości samych próbek, aby można je było jak najlepiej wykorzystać, stanowi kolejne, poważne przedsięwzięcie. "Standaryzacja i ujednolicenie to kluczowe cele techniczne" - wyjaśnił profesor Vuorio. Poczynając od zbierania próbek wszystkie uczestniczące biobanki muszą uzgodnić standardowe sposoby postępowania z materiałem od samego początku. Co zaś się tyczy istniejących próbek, trudno jest zyskać dokładne informacje, jaki tryb postępowania z 20-letnimi próbkami przyjęto na początku.

    Niemniej największe trudności wiążą się z harmonizowaniem znacznie różniących się od siebie wymagań etycznych i prawnych poszczególnych państw członkowskich. Edukacja w zakresie badań biomedycznych i postaw różni się w poszczególnych krajach, podobnie jak interpretacje prawodawstwa unijnego takiego jak dyrektywa o ochronie danych osobowych. Co istotne, konieczne jest uzyskanie "świadomej zgody" każdej osoby, która jest dawcą próbek przeznaczonych do dalszych badań, a trudno powiedzieć, w jaki sposób próbki te zostaną wykorzystane w przyszłości. "Musimy teraz zebrać próbki, które stanowić będą podstawę do badań przez kolejne 10 do 20 lat - powiedział profesor Vuorio - ale trudno jest przewidzieć, co okaże się istotne."

    "Sądzę, że [nikt] z nas nie posiada wyraźnej wizji nauki za 20 lat" - dodaje profesor Zatloukal. "Potrzebujemy dobrej struktury zarządczej, aby zintegrować tak wysoce rozproszoną infrastrukturę i zarządzać nią, zapewniając jej jednocześnie elastyczność wystarczającą do reagowania na nowe wyzwania i pojawiające się potrzeby."

    Aby lepiej zrozumieć, w jaki sposób opinia publiczna w różnych częściach Europy postrzega badania biomedyczne, BBMRI prowadzi prace w grupach roboczych i włączyła podstawowe pytania dotyczące biobanków do ostatniej ankiety Eurobarometru. Ważne spotkanie zainteresowanych stron, w tym przedstawicieli organizacji pacjentów, stowarzyszeń medycznych i przemysłu medycznego, odbędzie się w Brukseli we wrześniu.

    Za: CORDIS

    Czy wiesz ĹĽe...? (beta)
    Modulacja delta, (modulacja DM) – jest to próbkowanie sygnału informacyjnego z dużą częstotliwością. Koncepcja Modulacji Delta polega na zmniejszeniu dynamiki zmian wartości kolejnych próbek, a zarazem na zwiększeniu korelacji między tymi próbkami. Częstotliwość DM jest znacznie większa od częstotliwości Nyquista, co skutkuje tym, że nie ma wyraźnych zmian sygnału między dwoma sąsiadującymi próbkami, a także różnica między wartościami tych próbek jest nieznaczna. Zmiany wartości sygnału od próbki do próbki są wówczas na tyle nieznaczne, że informacja o nich (a dokładniej o tym, czy sygnał wzrósł, czy zmalał) może być zakodowana za pomocą tylko jednego znaku binarnego. W statystyce, test U Manna–Whitneya (zwany również testem Manna-Whitneya-Wilcoxona lub czasem testem sumy rang Wilcoxona dla dwu próbek, albo po prostu testem Wilcoxona dla dwóch próbek) jest nieparametrycznym testem do sprawdzenia czy wartości próbek pobranych z dwóch niezależnych populacji są jednakowo duże. Jest jednym z najbardziej popularnych nieparametrycznych testów znamienności. Zaproponowany pierwotnie jako test przesunięcia dla dwóch równolicznych próbek przez Franka Wilcoxona w 1945, uogólniony następnie przez H. B. Manna i D. R. Whitneya (1947) dla przypadku różnolicznych próbek oraz do testowania równości stochastycznej. Monitor badań klinicznych (ang. Clinical Research Associate, CRA) – pracownik firmy sponsorującej badanie kliniczne lub jego przedstawiciel np. firma CRO (Contract Research Organization), którego głównym zadaniem jest monitorowanie badania. Monitor badań klinicznych jest odpowiedzialny za ocenę zgodności prowadzonego badania klinicznego z zasadami Dobrej Praktyki Klinicznej, zapewnienie przestrzegania protokołu badania, czuwanie nad bezpieczeństwem pacjentów uczestniczących w badaniu w tym prawidłowe raportowanie ciężkich zdarzeń niepożądanych, wyjazdy monitorujące do ośrodków badawczych, weryfikowanie danych wpisanych do Karty Obserwacji Klinicznej z historią choroby pacjenów, kontrolę gospodarki badanym produktem, raportowaniem po każdej wizycie monitorującej faktycznego stanu badania w poszczególnych ośrodkach badawczych, rejestrację badania w Urzędzie Rejestracji Produktów Leczniczych, Wyrobów Medycznych i Preparatów Biobójczych i Komisji Bioetycznej oraz rutynowymi kontaktami z zespołem badawczym każdego ośrodka uczestniczącego w badaniu. Jakość uzyskiwanych danych przez ośrodki badawcze jest na bieżąco kontrolowana przez Monitora Badań Klinicznych, jest to pierwsza osoba weryfikująca wiarygodność danych.

    Panda Security jest wiodącym światowym dostawcą rozwiązań zabezpieczających opartych na technologii cloud (chmura). Produkty firmy dostępne są w 195 krajach w 23 językach. Korzystają z nich miliony użytkowników na całym świecie. Panda Security to pierwsza firma z branży IT Security, która wykorzystała możliwości Cloud Computing wraz z technologią Kolektywnej Inteligencji. Ten innowacyjny model ochrony może każdego dnia automatycznie analizować i klasyfikować tysiące nowych próbek złośliwych programów. Gwarantuje to firmom i użytkownikom domowym najbardziej efektywną, proaktywną ochronę przeciwko zagrożeniom pochodzącym z internetu, przy minimalnym wpływie na wydajność systemu. Próbobiorniki (próbopobieraki) - klasa urządzeń różnej budowy i gabarytów służących do pobierania próbek materiałów będących w stanie stałym (a zwłaszcza kopalin znajdujących się w stanie sypkim lub ziarnistym, takich np. jak węgla, rudy miedzi, piasku, cementu) i ciekłych (np. do poboru próbek wody lub próbek ścieków przemysłowych i komunalnych).

    Open Global File System (w skrócie OpenGFS, OGFS) jest systemem plików z właściwościami dziennika (journaling), który umożliwia jednoczesny dostęp do wspólnej przestrzeni dyskowej przez wiele węzłów. OpenGFS koordynuje dostępem do urządzeń dyskowych tak aby węzły nie mogły zapisywać jednocześnie w tych samych obszarach urządzenia, jednocześnie zapewniając możliwość równoczesnego odczytu. Węzły maja bezpośredni dostęp do dysków co umożliwia zmniejszenie przeciążenia sieci. Memexp zastąpiono modułem OpenDLM (ang. Distributed Lock Manager). Poprzednia wersja memexp wymagała sporych zasobów obliczeniowych. System OGFS umożliwia rozrastanie się systemów plików oraz dołączanie nowych dysków twardych (poprzez osobny LVM - Logical Volume Manager). Uszkodzenia węzłów obsługiwane są przy pomocy odzyskiwania rejestru i izolowania uszkodzonego węzła. OpenGFS jest lokalnym systemem plików, który można rozszerzyć na rozproszony system plików. Można tak powiedzieć, gdyż OpenGFS wymaga, aby wszystkie nośniki danych (dyski, macierze dyskowe) na których będzie operował OpenGFS były widoczne jako jedno urządzenie, które można adresować w sposób ciągły (bez żadnych luk). DMP (Data Management Platform) jest to platforma do zarządzania danymi z różnych źródeł, w celu przetworzenia ich i udostępnienia dla platform zakupowych (DSP) i sprzedażowych (SSP). Daje centralną kontrolę nad procesami przetwarzania i analizy danych oraz realizacji kampanii, umożliwiając optymalizację działań marketingowych ukierunkowaną na dotarcie do większej liczby pożądanych klientów. Dane z platformy zawierają informacje, które reklamodawcy mogą wykorzystać do podjęcia decyzji czy chcą emitować reklamę właśnie temu użytnikowi.

    Polska Infrastruktura Gridowa PL-Grid, ogólnopolska infrastruktura obliczeniowa, zbudowana w latach 2009-2011, w ramach projektu naukowego PL-Grid - Polska Infrastruktura Informatycznego Wspomagania Nauki w Europejskiej Przestrzeni Badawczej. Celem jej budowy było umożliwienie przeprowadzania badań naukowych w oparciu o symulacje i obliczenia dużej skali z wykorzystaniem klastrów komputerowych oraz zapewnienie wygodnego dostępu do zasobów komputerowych dla zespołów badawczych także spoza środowisk, w których działają centra Komputerów Dużej Mocy (KDM). Zawór do dozowania próbek gazów – wielodrożny zawór, umożliwiający dozowanie do kolumny chromatograficznej próbek badanego gazu, który wypełnia zewnętrzne „pętle” o znanej pojemności (elementy wymienne). Stosowanie zaworów z pętlami jest metodą umożliwiającą dużą powtarzalność wyników, czego nie zapewniają iniekcje gazów strzykawkami chromatograficznymi przez membranę dozownika.

    Operacyjne bazy danych - bazy wykorzystywane wszędzie tam, gdzie istnieje potrzeba nie tylko na gromadzenie danych, ale również na możliwość ich modyfikowania. Ten typ baz przechowuje dane dynamiczne, tzn. takie, które ulegają ciągłym zmianom i przedstawiają aktualny stan rzeczy, której dotyczą. Zazwyczaj to ten typ bazy można spotkać w różnych organizacjach i firmach. Przykładem takiej bazy danych są np. bazy inwentaryzacyjne lub bazy obsługi zamówień.

    Metody obliczania pierwiastka kwadratowego: Wiele metod obliczania pierwiastka kwadratowego z dodatniej liczby rzeczywistej S wymaga wartości początkowej. Jeśli ta wartość jest zbyt odległa od aktualnej wartości pierwiastka, obliczenia będą znacznie wydłużone. w związku z tym jest wysoce pożądane aby mieć oszacowanie tej wielkości, które może być nawet bardzo niedokładne ale proste do wyznaczenia. Jeśli S ≥ 1, niech D będzie liczbą cyfr po lewej stronie przecinka dziesiętnego. Jeśli S < 1, niech D będzie ujemną liczbą zer bezpośrednio na prawo od przecinka dziesiętnego. Wtedy oszacowanie jest następujące:

    Paradoks wszechmogących - paradoks, który powstaje przy próbie odpowiedzi na pytanie: "Czy może istnieć więcej niż jedna istota wszechmogąca?". Jeśli tak jest, to każda z nich miałaby możliwość ograniczenia woli innej, w wyniku czego ta nie byłaby już wszechmogącą. Wszechmogący nie mogliby ograniczyć woli wszystkich pozostałych, gdyż ten, który by to zrobił, zostałby jedynym wszechmogącym. Z drugiej strony jeśli którakolwiek z istot wszechmogących chciałaby się ustrzec przed takim działaniem ze strony pozostałych, to sprawiłaby, że wszystkie z nich nie byłyby już wszechmogące, gdyż nie mogłyby wpływać na nią. Pierwsza istota wszechmogąca, która uniemożliwi innym wpływanie na nią samą, stanie się jednocześnie jedyną wszechmogącą. Jeśli wszystkie istoty uzgodniły między sobą, że nie będą na siebie wpływać, to żadna z nich nie byłaby wszechmogąca, gdyż nie mogłaby naruszyć warunków uzgodnienia. Z tego wynika, że nie może istnieć więcej niż jedna istota wszechmogąca. EuroFIR (European Food Information Resorce - Europejskie Źródło Informacji o Składzie Żywności) jest międzynarodowym stowarzyszeniem non-profit, które wspiera wykorzystanie istniejących oraz przyszłych źródeł danych dotyczących składu żywności poprzez współpracę i harmonizację jakości danych, ich funkcjonalności oraz spełnianie światowych standardów.

    Zakleszczenie, blokada wzajemna (ang. deadlock) jest pojęciem opisującym sytuację, w której co najmniej dwie różne akcje czekają na siebie nawzajem, więc żadna nie może się zakończyć. Gracze zdobyli pewne unikatowe warunki niezbędne do wykonania kolejnego ruchu, ale żaden nie ma wszystkich i gra nie może być kontynuowana. Zakleszczenie może być zobrazowane przykładem ludzi rysujących wykresy. Dwie osoby pragną narysować wykres, do czego jest potrzebna linijka i ołówek. W momencie, kiedy jedna z nich zabierze ołówek, druga zaś linijkę dochodzi do sytuacji konfliktowej. Pierwsza osoba potrzebuje linijki, drugi zaś ołówka. Oba żądania nie mogą być spełnione – powstaje zakleszczenie, które to zazwyczaj jest kłopotliwe, gdyż nie ma pewnych i zawsze sprawdzonych rozwiązań, ażeby go uniknąć. Notatki kodowe – stanowią ważny instrument w procesie kodowania otwartego, zgodnie teorią ugruntowaną, która wykorzystywana jest podczas analizy danych jakościowych. Są formułowane jako pojedyncze fragmenty danych, które zostały połączone w różne klasy lub kategorie wraz z systemem ich wyszukiwania. Kategorie kodowe dopuszczają kodowanie danych w celu testowania hipotez, wynikających z wcześniej przyjętych teorii. Badacze tworzą kody posiłkując się bezpośrednim wglądem w dane oraz ich dokładną analizą.

    Skały księżycowe to ogólny termin określający skały tworzące ziemski Księżyc. W porównaniu do skał budujących naszą planetę, są one niezwykle stare; ich wiek szacuje się na 3,16 mld lat (dla bazaltów tworzących księżycowe morza) do nawet 4,5 mld lat (w przypadku skał budujących tzw. wyżyny). Badania oparte na technologii zwanej "datowaniem kraterowym" pozwoliły ustalić, że ostatnie erupcje wulkaniczne na Księżycu miały miejsce około 1,2 mld lat temu, nie dysponujemy jednak próbkami skał w tym wieku. Dla porównania, wiek najstarszych ziemskich skał oceniany jest na 3,8 mld lat, co stanowi wartość zdecydowanie różniącą się od wieku najwcześniejszych skał księżycowych. Obecnie skały księżycowe na Ziemi, w zależności od źródła pochodzenia, można podzielić na trzy grupy: 1) zebrane podczas misji amerykańskiego projektu Apollo, 2) pozyskane przez lądowniki radzieckiego programu Łuna i 3) wyrzucone w przestrzeń kosmiczną podczas uderzeń meteorytów i przyciągnięte przez grawitację Ziemi (meteoryty księżycowe). Sześć misji Apollo dostarczyło w sumie 2415 próbek o łącznej masie 382 kg, trzy statki Łuna przywiozły 326 g gruntu księżycowego, a masa około stu odnalezionych meteorytów księżycowych przekracza 32 kg (wiele z nich zostało odnalezionych dzięki trwającemu programowi ANSMET, czyli ANtarctic Search for METeorites). Amazon Simple Storage Service (Amazon S3) - internetowy nośnik danych firmy Amazon, ma prosty w obsłudze interfejs WWW, który umożliwia dostęp do przechowywanych danych i zarządzanie nimi. Ilość przechowywanych danych jest praktycznie nielimitowana. Jakość i skalowalność infrastruktury Amazon S3 jest taka sama jak ta używana przez firmę Amazon do udostępniania i zarządzania własną, globalną siecią stron internetowych.

    Zmodyfikowana dyskretna transformacja cosinusowa (MDCT, ang. Modified Discrete Cosine Transform) – blokowa transformacja danych oparta na przekształceniu kosinusowym typu DCT-IV, należąca do rodziny transformacji zakładkowych. Ta ostatnia cecha oznacza, że kolejne bloki próbek sygnału poddawane przekształceniu pobierane są nadmiarowo, z zakładką (część próbek jest wspólna), co pozwala wyeliminować tzw. efekt blokowy występujący przy zastosowaniu tej transformacji w kompresji sygnału.

    Dodano: 27.06.2012. 18:37  


    Najnowsze