• Artykuły
  • Forum
  • Ciekawostki
  • Encyklopedia
  • Wyzwania przetwarzania w eksaskali w biologii obliczeniowej, Barcelona (Hiszpania)

    29.10.2010. 15:51
    opublikowane przez: Redakcja Naukowy.pl

    W dniach 13-15 grudnia 2010 r. w Barcelonie (Hiszpania) odbędzie się konferencja zatytułowana "Wyzwania przetwarzania w eksaskali w biologii obliczeniowej" (Exascale challenges in computational biology).

    Biologia molekularna zyskuje coraz większe zainteresowanie jako główna dziedzina badań strategicznych ze względu na jej znaczny potencjał. Opracowane w ostatnich latach systemy superkomputerowe wysokiej przepustowości wnoszą istotny wkład w tym obszarze. W latach 90. ubiegłego wieku, na przykład, wyzwaniem było tworzenie komputerów o wydajności rzędu teraflopów.

    W roku 2007 zbudowano pierwszy komputer 1000-krotnie przekraczający wydajność jednego teraflopa. Tak wielki postęp otworzył drzwi do badania złożonych kombinacji wariantów genetycznych, symulacji dynamiki molekularnej na wielką skalę oraz wysokoprzepustowego przeszukiwania wirtualnego.

    W konferencji uczestniczyć będą zainteresowane strony w dziedzinie superprzetwarzania biologicznego, aby współdzielić oraz omawiać kluczowe zagadnienia na tym polu. Głównym punktem programu będzie omówienie kwestii oczekiwanego zwiększenia mocy obliczeniowej do 1000-krotnej wydajności najbardziej zaawansowanych obecnie superkomputerów (Exascale).

    Podczas konferencji odbędą się cztery sesje tematyczne:
    - biologia systemowa,
    - genomika,
    - symulacje molekularne,
    - symulacja w medycynie.

    Za: CORDIS

    Czy wiesz ĹĽe...? (beta)
    Genomika – dziedzina biologii molekularnej i biologii teoretycznej (pokrewna genetyce i ściśle związana z bioinformatyką) zajmująca się analizą genomu organizmów. Głównym celem genomiki jest poznanie sekwencji materiału genetycznego oraz mapowanie genomu ale również określenie wszelkich zależności i interakcji wewnątrz genomu. (Learning by doing) Uczenie się poprzez pracę to pojęcie związane z teorią ekonomii. Odnosi się do zdolności pracowników do zwiększania ich wydajności poprzez wykonywanie regularnych czynności podczas pracy. Wzrastająca wydajność jest efektem praktyki, samoudoskonalania się pracownika oraz tylko w niewielkim stopniu zależna od rozwoju technologicznego. Kapitał ludzki jest więc w produkcji równie istotny jak kapitał rzeczowy. Wydajność pracy rośnie wraz ze wzrostem doświadczenia. Transaction Processing Performance Council (TPC) jest organizacją typu non-profit założoną w 1985 w celu zdefiniowania testów wydajnościowych w dziedzinie przetwarzania danych. Organizacja ta publikuje wyniki testów, które dzięki dobrze zdefiniowanej metodyce są uważane za obiektywne i weryfikowalne. Wyniki testów TPC są powszechnie stosowane dla porównywania wydajności systemów przetwarzania danych. Specyficzną cechą tych testów jest podawanie wyników, nie tylko w ilości transakcji w jednostce czasu, ale też obliczanie kosztu pojedynczych transakcji bazując na cenie katalogowej użytego systemu. Testy wydajnościowe TPC są stale rozwijane by uzyskać wyniki w sytuacjach zbliżonych do tych, w jakich pracują systemy podczas komercyjnego stosowania przez organizacje zajmujące się przetwarzaniem danych. Stąd na przykład wprowadzenie testów w podziale według kategorii "wielkość bazy danych", gdy eksperci stwierdzili, że liczba rekordów w bazie danych może istotnie wpływać na uzyskiwane wyniki wydajnościowe.

    Ekologia molekularna – interdyscyplinarna dziedzina biologii, w której metody genetyki molekularnej wykorzystywane są do badania zagadnień ekologicznych. W zależności od zakresu wykorzystuje również elementy m.in. biologii ewolucyjnej i behawioralnej. Wyróżniane są dwa różne, choć zazębiające się podejścia w ekologii molekularnej: opisowe, w którym dane o częstotliwości genów służą do opisu poziomu zmienności genetycznej w populacji, oraz mechanistyczne, zajmujące się opisem wpływających na to mechanizmów. Pole siłowe: W fizyce i chemii obliczeniowej pole siłowe to termin oznaczający zarówno funkcję, jak i zestaw parametrów mających na celu opisanie energii potencjalnej układu atomów lub cząsteczek. Zwykle termin ten pojawia się w kontekście dynamiki molekularnej oraz mechaniki molekularnej, gdzie odgrywa niezbędną rolę jako przybliżenia rzeczywistej funkcji potencjału. Do czasów obecnych opracowano bardzo wiele różnych pól siłowych. Niektóre z nich mają szerokie zastosowanie w prowadzeniu symulacji wielu różnych układów molekularnych (np. CHARMM, AMBER), podczas gdy inne zostały zoptymalizowane do prowadzenia wyspecjalizowanych obliczeń (np. OPLS).

    Mediokomputer – określenie grupy urządzeń z zakresu małej informatyki i średniej techniki obliczeniowej, obejmuących małe komputery wraz z zestawem urządzeń zewnętrznych zapewniających obsługę małych i średnich przedsiębiorstw w zakresie przetwarzania danych lub wchodzące w skład II peryferii dla dużych systemów komputerowych. Pojęcie to stosowano niegdyś w odniesieniu do klasy komputerów obejmujących mikrokomputery i minikomputery, a więc urządzeń o znacznie mniejszej mocy obliczeniowej, wydajności, szybkości, wielkości pamięci operacyjnej i zewnętrznej oraz konfiguracji urządzeń zewnętrznych, a także ceny, w porównaniu do dużych systemów komputerowych (np. Mainframe). Tianhe-2 (Droga Mleczna-2) – superkomputer o mocy obliczeniowej 33,86 PFLOPS, zbudowany przez NUDT w Chinach. W czerwcu 2013 roku znalazł się na pierwszym miejscu listy TOP500 – superkomputerów o największej mocy obliczeniowej na świecie, prześcigając wcześniejszego rekordzistę Titan, o mocy obliczeniowej 17,59 PFLOPS.

    In silico (łac. w krzemie) – termin naukowy stosowany w biologii, informujący o tym, że wykonane czynności (badania) zostały przeprowadzone za pomocą komputera. Powstał przez analogię do określeń in vivo i in vitro. Pierwotnie dotyczył jedynie symulacji komputerowych. Typowym przykładem analiz in silico są analizy genomów za pomocą programów komputerowych. Badania tego typu są podstawową metodą badawczą w genomice. Instytut Molekularnej Biologii Komórki i Genetyki Maxa Plancka (ang. Max Planck Institute for Molecular Cell Biology and Genetics, niem. Max-Planck-Institut für molekulare Zellbiologie und Genetik) (MPI-CBG) – instytut naukowo-badawczy w dziedzinie biologii molekularnej, biochemii, genetyki oraz biologii komórki oraz rozwoju należący do Towarzystwa Maxa Plancka, zlokalizowany w Dreźnie w Niemczech.

    Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - recenzowane czasopismo naukowe wydawane przez Elsevier, składające się z dziewięciu wyspecjalizowanych sekcji tematycznych, w ramach których wydawanych jest łącznie 100 numerów czasopisma rocznie. Czasopismo publikuje prace z dziedziny biologii doświadczalnej. Tematyka czasopisma skupia się na biochemii, biofizyce, biologii molekularnej, komórki oraz systemowej, genomice, bioinformatyce, metabolomice i proteomice. Czasopismo publikuje w języku angielskim.

    Rozproszona baza danych - baza danych istniejąca fizycznie na dwóch lub większej liczbie komputerów, traktowana jednak jak jedna logiczna całość, dzięki czemu zmiany w zawartości bazy w jednym komputerze są uwzględniane również w innych maszynach. Rozproszone bazy danych są stosowane ze względu na zwiększoną wydajność przetwarzania na wielu komputerach jednocześnie.

    Wydajność oprogramowania wyraża ilość pracy wykonanej w określonym przedziale czasu. Im więcej pracy program wykona w jednostce czasu, tym większa jest jego wydajność. Uściślając, wydajność programu jest mierzona liczbą jednostek danych wejściowych (rozmiarem danych), którymi w danym czasie program ten zarządza w celu przekształceniu ich na jednostki wyjściowe (dane). Transkryptomika - dziedzina nauk biologicznych (głównie biologii molekularnej i genetyki), pokrewna proteomice, genomice i metabolomice. Zajmuje się określeniem miejsca i czasu aktywności genów poprzez badanie transkryptomu. Nazwa została utworzona poprzez analogię ze słowa "genomika" i podobnie wskazuje na całościowe ujęcie danego problemu. Transkryptomika teoretyczna stanowi jeden z fundamentów bioinformatyki.

    PLOS Biology (do 2012 r. PLoS Biology) – recenzowane czasopismo naukowe, publikujące na zasadach wolnej licencji prace naukowe z dziedziny biologii. Profil czasopisma obejmuje szeroko pojętą biologię, od poziomu biologii molekularnej po ekologię, z uwzględnieniem tematyki na pograniczu biologii, chemii, medycyny i matematyki. Publikowane artykuły indeksowane są m.in. w Google Scholar, Scopus, PubMed, MEDLINE, CAS, Web of Science. Główna siedziba redakcji czasopisma mieści się w Stanach Zjednoczonych, a czasopismo publikowane jest w języku angielskim.

    Dodano: 29.10.2010. 15:51  


    Najnowsze